根據本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書，我們將以註冊方式向某些購買者直接發行（i）6,536,682股普通股，面值每股0.0001美元，（ii）購買2,196,944股普通股或 “預先注資認股權證” 的預籌認股權證，以及（iii）購買8,733,626股普通股的認股權證，或 “認股權證” 和在行使預先注資的認股權證和購買認股權證或 “證券” 時不時發行的 “購買權證” 和普通股。

普通股和預先注資的認股權證將與隨附的購買權證一起出售，以購買每出售一股普通股或預先注資認股權證發行的一股普通股。普通股、預先注資的認股權證和購買認股權證可立即分開，並將單獨發行。認股權證的行使價為每股1.02美元，將在發行後立即行使，並將自發行之日起五年內到期。預先注資的認股權證將在發行後立即行使，直至全部行使，並且可以行使我們的一股普通股。每份預先注資認股權證的購買價格等於在本次發行中出售普通股和隨附的購買權證的合併購買價格減去0.001美元，等於每份預先籌資的認股權證的行使價為每股普通股0.001美元。

我們的普通股在納斯達克資本市場上市，股票代碼為 “BNGO”。2024年4月3日，我們普通股的收盤價為每股1.02美元。購買權證或預先注資的認股權證沒有成熟的公開交易市場，我們預計市場不會發展。此外，我們不打算在任何證券交易所或認可的交易系統上申請購買認股權證或預先注資的認股權證上市。

我們已聘請H.C. Wainwright & Co., LLC或配售代理作為本次發行的獨家配售代理。配售代理人沒有義務從我們這裏購買任何證券，也沒有義務安排購買或出售任何特定數量或金額的證券。我們已同意向配售代理支付下表中列出的費用。有關這些安排的更多信息，請參閲本招股説明書補充文件中的 “分配計劃”。

我們的業務和對普通股的投資涉及重大風險。本招股説明書補充文件第S-6頁開頭的 “風險因素” 標題下描述了這些風險，並以引用方式納入本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書的文件中。

美國證券交易委員會和任何州證券委員會均未批准或不批准本次發行，也沒有透露本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書的準確性或充分性。任何與此相反的陳述均屬刑事犯罪。

本次發行的證券預計將於2024年4月8日左右交割，但須滿足某些成交條件。

本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書是我們使用 “現架” 註冊程序向美國證券交易委員會（“SEC”）提交的S-3表格註冊聲明的一部分。本招股説明書補充文件描述了本次發行的具體條款，還補充和更新了隨附的招股説明書以及以引用方式納入本招股説明書補充文件和隨附招股説明書的文件中包含的信息。隨附的招股説明書提供了更多一般信息，其中一些可能不適用於本次發行。如果本招股説明書補充文件中包含的信息與隨附的招股説明書或以引用方式納入的任何文件中包含的信息之間存在差異，則應依賴本招股説明書補充文件中的信息。通常，當我們提及招股説明書時，我們指的是本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書的總和。

我們沒有，配售代理也沒有授權任何人向您提供與本招股説明書補充文件、隨附的招股説明書以及我們授權與本次發行相關的任何免費書面招股説明書中包含或以引用方式納入的信息不同或不一致的信息。我們和配售代理均不對他人可能向您提供的任何其他信息負責，也無法保證其可靠性。在任何不允許要約或出售、提出要約或招標的人沒有資格或向任何非法向其提出要約或招攬的司法管轄區，我們不是、配售代理人也沒有提出出售這些證券的要約。您應假設，本招股説明書補充文件、隨附的招股説明書、本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書中以引用方式納入的文件以及我們授權在本次發行中使用的任何免費書面招股説明書中出現的信息，僅在相應文件發佈之日準確無誤，無論這些文件何時交付。自那時以來，我們的業務、財務狀況、經營業績和前景可能發生了變化。在做出投資決策之前，您應完整閲讀本招股説明書補充文件、隨附的招股説明書、本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書中以引用方式納入的文件，以及我們授權在本次發行中使用的任何免費書面招股説明書。您還應閲讀並考慮我們在標題為 “在哪裏可以找到其他信息” 和 “以引用方式納入某些信息” 的部分中向您推薦的文件中的信息。

我們僅在允許要約和銷售的司法管轄區出售我們的證券並尋求購買要約。本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書的分發以及我們在某些司法管轄區的證券發行可能會受到法律的限制。持有本招股説明書補充文件和隨附招股説明書的美國境外人員必須瞭解本次發行我們的證券以及本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書在美國境外的分配，並遵守與之相關的任何限制。本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書不構成本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書中任何人提出的出售要約或購買要約，也不得與該人提出此類要約或招股説明書非法的任何司法管轄區的任何證券的出售要約或購買要約一起使用。

除非另有提及或除非上下文另有説明，否則本招股説明書中所有提及 “Bionano”、“公司”、“我們”、“我們的” 和類似提及的內容均指Bionano Genomics, Inc.及其子公司，或根據上下文的要求，僅指Bionano Genomics, Inc.。“Bionano Laboratories”、“BioDiscovery” 和 “Purigen” 分別指我們的全資子公司Lineagen, Inc.（以Bionano實驗室的名義開展業務）、BioDiscovery, LLC和Purigen Biosystems, Inc.。

我們的設計徽標 “Bionano” 以及我們的其他註冊和普通法商品名稱、商標和服務標誌均為 Bionano Genomics, Inc. 的財產。本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書中出現的商標、商品名稱和服務商標均為其各自所有者的財產。我們使用或展示其他公司的商標、商品名稱或服務商標無意暗示與任何其他公司或產品的關係，或對我們的認可或贊助。

投資我們的證券涉及高度的風險。您應仔細考慮以下風險因素以及我們在截至2023年12月31日止年度的10-K表年度報告中標題為 “風險因素” 的部分中討論的風險因素，這些文件經我們隨後的文件進行了更新，這些文件以引用方式全部納入本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書，以及本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書中包含或以引用方式納入本招股説明書中的所有其他信息補充説明書和隨附的招股説明書。這些文件中描述的風險和不確定性並不是我們面臨的唯一風險和不確定性。其他風險和不確定性，包括我們目前認為不重要的風險和不確定性，可能會損害我們的業務。如果下文討論或以引用方式納入的任何風險確實發生，我們的業務、財務狀況、經營業績或現金流可能會受到重大不利影響。這可能會導致我們證券的價值下跌，您可能會損失全部或部分投資。

為了籌集額外資金，我們將來可能會以可能與本次發行的每股價格不同的價格額外發行普通股或其他可轉換為普通股或可交換為普通股的證券。我們可能會以低於投資者在本次發行中支付的每股價格出售任何其他產品的股票或其他證券，並且未來購買股票或其他證券的投資者可能擁有優於現有股東的權利。在未來交易中，我們在未來交易中出售額外普通股或可兑換成普通股的證券的每股價格可能高於或低於投資者在本次發行中支付的每股價格。

此外，我們還有大量的已發行股票期權、限制性股票單位和可行使普通股的認股權證。只要未償還的股票期權或認股權證得到行使，或者限制性股票單位的歸屬和結算，在本次發行中購買我們證券的投資者將來可能會進一步稀釋。此外，我們的已發行股票總額中有很大一部分有資格向市場出售，即使我們的業務表現良好，這也可能導致我們普通股的市場價格大幅下跌。

我們的管理層將有廣泛的自由裁量權來使用我們從本次發行中獲得的淨收益，包括用於標題為 “所得款項的使用” 部分中描述的任何目的，並且作為投資決策的一部分，您將沒有機會評估淨收益是否得到適當使用。由於決定我們使用本次發行淨收益的因素的數量和可變性，它們的最終用途可能與其當前的預期用途有很大差異。我們的管理層可能會以不會改善我們的經營業績或提高普通股價值的方式使用所得款項。我們未能有效使用這些資金可能會對我們的業務產生重大的不利影響，延遲候選產品的開發並導致我們的普通股價格下跌。

我們的股價一直波動並將繼續波動。在過去的12個月中，我們普通股的每日收盤價格變化很大，介於2023年4月13日的11.60美元的高價和2024年4月4日的0.99美元低價（經反向股票拆分調整後）之間。在此期間，普通股每股價格從盤中低點0.98美元到盤中高點每股11.80美元（經反向股票拆分調整後）不等。

我們普通股的交易價格可能高度波動，並可能因各種因素而出現大幅波動，其中一些因素是我們無法控制的，包括交易量有限。我們無法預測市場參與者的行為，因此無法保證我們的普通股市場將隨着時間的推移保持穩定或升值。我們普通股的市場價格可能會受到許多因素的影響，包括但不限於：

因此，您可能無法以或高於購買價格出售我們的普通股。此外，股票市場，尤其是生命科學技術公司（包括診斷、基因組和生物技術相關領域的公司）的市場，經歷了極端的價格和交易量波動，這些波動往往與這些公司的經營業績無關或不成比例。無論我們的實際經營業績如何，廣泛的市場和行業因素都可能對我們證券的市場價格產生負面影響。過去，證券集體訴訟通常是在公司證券市場價格波動一段時間之後對公司提起的。由於我們股價的波動，我們未來可能會成為證券訴訟的目標。此類訴訟如果提起，可能會導致鉅額成本，分散管理層的注意力和資源，這將損害我們的業務、經營業績或財務狀況。

除非您在行使購買權證或預先注資認股權證時收購我們的普通股，否則您對我們在行使購買權證或預先注資認股權證時可發行的普通股沒有任何權利，包括獲得股息支付、投票或迴應要約的權利。行使購買權證或預先注資的認股權證後，您僅有權對記錄日期在行使日期之後的事項行使普通股股東的權利。

儘管我們的普通股在納斯達克資本市場上市，但我們股票的活躍交易市場可能無法持續下去。如果我們普通股的活躍市場無法持續下去，那麼在不壓低股票市場價格或根本不出售股票的情況下，您可能很難出售股票，包括在本次發行中可能購買的股票。普通股的任何不活躍交易市場也可能損害我們通過出售股票籌集資金以繼續為運營提供資金的能力，並可能損害我們使用股票作為對價收購其他公司或技術的能力。

本次發行中出售的購買權證或預先注資的認股權證沒有成熟的公開交易市場，我們預計市場不會發展。此外，我們無意申請在任何證券交易所或認可的交易系統上架購買權證或預先注資的認股權證。如果沒有活躍的市場，購買認股權證或預先注資的認股權證的流動性將受到限制。

本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書，包括此處和其中以引用方式納入的文件，以及我們授權與本次發行相關的任何免費書面招股説明書，均包含1995年《私人證券訴訟改革法》所指的前瞻性陳述。這些陳述基於我們管理層當前對未來事件、狀況和結果的信念、期望和假設，以及我們目前獲得的信息。包含這些前瞻性陳述的討論可在標題為 “業務”、“風險因素” 和 “管理層對財務狀況和經營業績的討論和分析” 的章節中找到，這些章節以引用方式納入了我們最新的10-K表年度報告和向美國證券交易委員會提交的最新10-Q表季度報告，以及隨後向美國證券交易委員會提交的文件中反映的任何修正案。

本招股説明書補充文件或隨附的招股説明書中關於我們的預期、信念、計劃、目標、假設或未來事件或業績的任何陳述，或以引用方式納入此處或其中的任何陳述，以及任何免費撰寫的招股説明書都不是歷史事實，而是前瞻性陳述。根據《證券法》第27A條和經修訂的1934年《證券交易法》（“交易法”）第21E條的定義，這些前瞻性陳述可能包括但不限於有關以下內容的陳述：

在某些情況下，您可以通過諸如 “預測”、“相信”、“繼續”、“可能”、“估計”、“期望”、“打算”、“可能”、“計劃”、“潛在”、“預測”、“項目”、“應該”、“將” 或這些術語的負數或複數以及旨在識別有關前瞻性陳述的類似表述來識別前瞻性陳述未來，儘管並非所有前瞻性陳述都包含這些詞語。這些陳述涉及已知和未知的風險、不確定性和其他因素，這些因素可能導致我們的實際業績、活動水平、業績或成就與這些前瞻性陳述所表達或暗示的信息存在重大差異。此外，“我們相信” 的陳述和類似的陳述反映了我們對相關主題的信念和觀點。這些陳述基於截至本招股説明書補充文件發佈之日我們獲得的信息，儘管我們認為此類信息構成了此類陳述的合理依據，但此類信息可能有限或不完整，不應將我們的陳述理解為表明我們已經對所有可能可用的相關信息進行了詳盡的調查或審查。這些陳述本質上是不確定的，提醒投資者不要過分依賴這些陳述。

您應參考本招股説明書補充文件、隨附的招股説明書和任何相關的自由寫作招股説明書中標題為 “風險因素” 的章節中描述的風險和不確定性，以及以引用方式納入本招股説明書補充文件和隨附招股説明書的其他文件中類似標題下的風險和不確定性，以討論可能導致我們的實際業績與我們的前瞻性陳述所表達或暗示的業績存在重大差異的重要因素。鑑於這些風險、不確定性和其他因素（其中許多是我們無法控制的），我們無法向您保證，本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書中的前瞻性陳述將被證明是準確的，您不應過分依賴這些前瞻性陳述。儘管我們認為前瞻性陳述中反映的預期是合理的，但我們不能保證前瞻性陳述中反映的未來業績、活動水平、業績或事件和情況能夠實現或發生。此外，如果我們的前瞻性陳述被證明不準確，則不準確性可能是實質性的。鑑於這些前瞻性陳述中存在重大不確定性，您不應將這些陳述視為我們或任何其他人對我們將在任何指定時間範圍內實現目標和計劃的陳述或保證，或根本不這樣做。

除非法律要求，否則即使將來有新的信息，我們也沒有義務公開更新這些前瞻性陳述，也沒有義務修改任何前瞻性陳述以反映本招股説明書補充文件發佈之日之後發生的事件或事態發展。

扣除配售代理費和我們應付的預計發行費用後，我們預計將從本次發行中獲得約880萬美元的淨收益。

我們目前打算將本次發行的淨收益以及我們現有的現金和現金等價物以及可供出售的證券用於一般公司用途，包括營運資金、研發費用、償還或贖回現有債務以及資本支出。

截至2023年12月31日，我們有1790萬美元的現金、現金等價物和短期投資。根據我們目前的業務計劃，我們認為，此次發行的淨收益加上我們現有的現金、現金等價物和短期投資，將僅足以為2024年第三季度的運營費用和資本支出需求提供資金。但是，該估計假設包括的金額等於（i）根據2023年10月11日與High Trail特殊情況有限責任公司簽訂的證券購買協議（“High Trail註冊票據”）2430萬美元發行的註冊票據（“High Trail註冊票據”）的未償本金總和，外加（ii）根據註冊票據條款在賬户控制協議中作為限制性現金持有的約70萬美元。我們的這一估計是基於可能被證明是錯誤的假設，而且我們可以比目前預期的更快地使用我們的資本資源，這要求我們通過公開、私募股權、債務融資或其他來源，例如戰略合作，比計劃更快地尋求額外資金。我們籌集額外資本套利潛在風險的各種方法，見 “風險因素——與我們的財務狀況和額外資本需求相關的風險——我們的經常性損失、負現金流和鉅額累計赤字使人們對我們繼續經營的能力產生了嚴重懷疑，而且——我們未來的資本需求不確定，將來我們可能需要額外的資金來推進我們的OGM系統、離子淨化系統、VIA軟件和其他產品的商業化，技術和服務，如並繼續我們的研究和開發工作。如果我們未能獲得額外資金，我們將被迫推遲、減少或取消我們的商業化和開發工作”，這是我們最新的10-K表年度報告。

如果在本次發行中出售的所有購買認股權證均以現金形式行使，每股行使價等於本次發行的買方每股1.02美元，我們將獲得約890萬澳元的額外收益。我們無法預測何時或是否會行使購買權證。購買權證也有可能到期且永遠無法行使。

我們對本次發行淨收益的預期使用代表了我們基於當前計劃和業務狀況的意圖，隨着我們的計劃和業務條件的發展，這種意圖可能會發生變化。我們使用本次發行的淨收益的金額和時間將取決於許多因素，例如我們研發工作的時間和進展、任何合作和商業化努力的時機和進展、技術進步以及我們產品的競爭環境。我們還可能將本次發行的部分淨收益用於授權、收購或投資補充業務、技術、產品或資產。但是，我們目前沒有這方面的計劃、承諾或義務。截至本招股説明書補充文件發佈之日，我們無法確定地具體説明出售我們在本協議下提供的證券所得淨收益的所有特定用途。因此，我們的管理層將對此類收益的使用保留廣泛的自由裁量權。在這些用途之前，我們打算將淨收益主要投資於貨幣市場共同基金、美國政府及其機構的債務、包括商業票據和可轉讓存款證和公司債券在內的貨幣市場工具。

本次發行的淨收益，加上我們現有的現金和現金等價物以及可供出售的證券，將不足以使我們實現現金流收支平衡，我們預計未來需要根據有利的市場條件或戰略考慮，機會性地尋求額外資金。

我們從未申報或支付過股本的現金分紅。我們目前打算保留任何未來收益用於業務運營，並且不打算在可預見的將來申報或支付任何現金分紅。未來支付股息的任何決定都將由董事會自行決定，但須遵守適用的法律，並將取決於我們的財務狀況、經營業績、資本要求、總體業務狀況以及董事會認為相關的其他因素。

以下是特此發行的普通股、預先注資認股權證和購買認股權證的重要條款和條款摘要。本摘要完全受預先注資的認股權證和購買權證形式的約束和限定，這些認股權證將作為與本次發行相關的8-K表最新報告的附錄提交給美國證券交易委員會，並以引用方式納入註冊聲明，本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書構成其中的一部分。潛在投資者應仔細閲讀預先注資認股權證形式和購買權證形式的條款和規定，以完整描述預先注資認股權證和購買認股權證的條款和條件。請參閲本招股説明書補充文件中標題為 “在哪裏可以找到其他信息” 的部分。

我們將發行6,536,682股普通股和預先注資認股權證，以購買最多2,196,944股普通股。本次發行中出售的每股普通股或預先注資的認股權證都將包括購買一股普通股的購買權證。普通股和預先注資的認股權證將同時出售。普通股和預先注資的認股權證可立即分開，並將單獨發行。還根據本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書發行了行使預先注資認股權證和購買認股權證（如果有）後可不時發行的普通股。

截至本招股説明書補充文件發佈之日，我們經修訂和重述的公司註冊證書授權我們發行4億股普通股，面值每股0.0001美元，以及1,000萬股優先股，面值每股0.0001美元。有關更多信息，請參閲隨附的招股説明書中的 “股本描述”。我們的普通股在納斯達克資本市場上市，股票代碼為 “BNGO”。

期限和行使價。特此發行的每份預先注資認股權證的初始行使價等於每股0.001美元。預先注資的認股權證可立即行使，在全部行使之前不會過期。如果發生影響我們的普通股和行使價格的股票分紅、股票分割、資本重組、重組或類似事件，則行使時可發行的普通股的行使價和數量將進行適當的調整。

可鍛鍊性。預先注資的認股權證可由每位持有人選擇全部或部分行使，方法是向我們交付正式執行的行使通知，同時全額支付行使時購買的普通股數量（下文討論的無現金行使除外）。持有人（及其關聯公司）在行使後立即擁有已發行普通股的4.99％（如果持有人當選，則為9.99％）的範圍內，不得行使預先注資認股權證的任何部分，除非持有人至少提前61天通知我們，持有人在行使預先注資認股權證後可以將已發行股票的所有權金額增加到持有人預先注資認股權證數量的9.99％ 因此，我們在行使生效後立即流通的普通股股份所有權百分比根據預先注資的認股權證的條款確定。不會發行與行使預先注資的認股權證相關的普通股的部分股票。代替部分股票，我們將四捨五入到下一個整股。

無現金運動。在任何時候，持有人可以選擇在行使總行使價時獲得根據預先注資認股權證中規定的公式確定的普通股淨數，而不是向我們支付行使總行使價時原本打算向我們支付的現金。

可轉移性。根據適用法律，預先注資的認股權證可以在收到書面通知後轉讓，並將預先注資的認股權證連同相應的轉讓文書交還給我們。

交易所上市。預先注資的認股權證沒有成熟的公開交易市場，我們預計市場不會發展。此外，我們不打算在任何證券交易所或國家認可的交易系統上架預先注資的認股權證。如果沒有活躍的交易市場，預先注資的認股權證的流動性將受到限制。

作為股東的權利。除非預先注資認股權證中另有規定或憑藉該持有人對我們普通股的所有權，否則預先注資認股權證的持有人在行使預先注資的認股權證之前，不享有普通股持有人的權利或特權，包括任何投票權。

基本交易。如果進行基本面交易，如預先注資認股權證所述，通常包括對我們的普通股進行任何重組、資本重組或重新分類，出售、轉讓或以其他方式處置我們的全部或幾乎所有財產或資產，我們與他人合併或合併，收購超過50％的已發行普通股，或任何個人或團體成為由其代表的超過50％的投票權的受益所有人我們的已發行普通股，持有者預先注資的認股權證將有權在行使預先注資的認股權證時獲得持有人在行使此類基本交易前夕行使預先注資認股權證時本應獲得的證券、現金或其他財產的種類和金額。

期限和行使價。特此發行的每份認購權證的初始行使價等於每股1.02美元。購買權證可立即行使，並將在發行之日起五年後下午 5:00（紐約時間）到期。如果發生影響我們的普通股和行使價格的股票分紅、股票分割、資本重組、重組或類似事件，則行使時可發行的普通股的行使價和數量將進行適當的調整。

可鍛鍊性。購買權證可由每位持有人選擇全部或部分行使，方法是向我們交付正式執行的行使通知，同時全額支付行使時購買的普通股數量（下文討論的無現金行使除外）。持有人（及其關聯公司）在行使後立即擁有已發行普通股的4.99％（如果持有人當選，則為9.99％）的範圍內，不得行使購買權證的任何部分，除非持有人至少提前61天通知我們，持有人在行使購買權證後可以將已發行股票的所有權增加到股票數量的9.99％ 因此，我們在該行使生效後立即流通的普通股所有權百分比根據購買權證的條款確定。不會發行與行使購買權證相關的普通股的部分股票。代替部分股票，我們將四捨五入到下一個整股。

無現金運動。如果在行使購買權證時沒有有效的註冊聲明登記，或者其中包含的招股説明書不適用於發行將在行使購買權證時發行的股票，則持有人可以選擇在行使總行使價時向我們支付本來打算向我們支付的現金付款，而是選擇在行使時獲得根據以下條件確定的普通股淨股數認股權證中規定的公式。

可轉移性。在適用法律的前提下，購買權證可以在收到書面通知後轉讓，並將購買權證連同適當的轉讓文書交還給我們。

交易所清單。認股權證沒有成熟的公開交易市場，我們預計市場不會發展。此外，我們不打算在任何證券交易所或國家認可的交易系統上上市認股權證。如果沒有活躍的交易市場，認股權證的流動性將受到限制。

作為股東的權利。除非認股權證中另有規定或憑藉該持有人對我們普通股的所有權，否則購買權證的持有人在行使購買權證之前不享有普通股持有人的權利或特權，包括任何投票權。

基本交易。如果是基本交易，如購買權證所述，通常包括對我們的普通股進行任何重組、資本重組或重新分類，出售、轉讓或以其他方式處置我們的全部或幾乎所有財產或資產，我們與他人合併或合併，收購超過50％的已發行普通股，或者任何個人或團體成為我們所代表的超過50％的投票權的受益所有人已發行普通股，其持有人認股權證在行使購買權證時有權獲得持有人在行使此類基本交易前夕行使購買權證本來可以獲得的證券、現金或其他財產的種類和金額。儘管如此，在基本交易完成後的30天內，我們可以根據購買權證形式描述的條款和條件從該認股權證持有人那裏回購任何認股權證，方法是向持有人支付相當於基本交易當日購買權證剩餘未行使部分的布萊克·斯科爾斯價值（定義見每份購買權證）的金額。

以下是美國或美國聯邦所得税的重大考慮因素的一般性討論：購買、所有權和處置根據本次發行發行的普通股，或股份，根據本次發行購買我們普通股的認股權證的購買、行使、處置和失效，或購買認股權證，購買、所有權和處置根據本發行發行的普通股的預籌認股權證的購買、所有權和處置發行，或預先注資的認股權證，以及所有權和處置我們在行使購買權證或預先注資認股權證或認股權證時可發行的普通股。本文將股票、購買認股權證、認股權證和預先注資的認股權證統稱為我們的 “證券”。我們證券的所有潛在持有人應就購買、所有權和處置我們的證券的美國聯邦、州、地方和非美國的税收後果諮詢其税務顧問。

本次討論並未全面分析與購買、所有權和處置我們的證券有關的所有潛在美國聯邦所得税後果。本次討論基於經修訂的1986年《美國國税法》（我們稱之為《守則》）的現行條款、根據該法頒佈的現行美國財政部條例、美國國税局（我們稱之為國税局）公佈的行政聲明和裁決，以及司法裁決，均在本招股説明書補充文件發佈之日生效。這些權限可能會發生變化和不同的解釋，可能具有追溯效力。任何變更或不同的解釋都可能改變本討論中描述的對持有人的税收後果。無法保證法院或美國國税局不會對本文所述的一項或多項税收後果提出質疑，而且我們尚未獲得也不打算就購買、所有權或處置我們證券的持有人面臨的美國聯邦所得税後果作出裁決。

在本次討論中，我們假設持有人持有我們的證券作為《守則》第1221條所指的 “資本資產”（通常是為投資而持有的財產）。本討論並未涉及根據特定持有人的個人情況可能與該持有人相關的美國聯邦所得税的所有方面，也沒有涉及任何替代最低限額、醫療保險繳款、遺產税或贈與税的後果，或美國州、地方或非美國税或任何其他美國聯邦税法的任何方面。本討論也未涉及與受特殊税收規則約束的持有人相關的後果，例如擁有或已經擁有或被認為擁有或已經擁有超過5％的股本（下文特別規定的範圍除外）的持有人、為避開美國聯邦所得税而累積收益的公司、免税組織、政府組織、銀行、金融機構、投資基金、保險公司、經紀商、交易商或交易商、受投資監管的證券、大宗商品或貨幣交易商公司或真實的房地產投資信託、擁有美元以外的 “本位貨幣” 的個人、符合納税條件的退休計劃、《守則》第897（l）（2）條定義的 “合格外國養老基金” 以及所有權益均由合格外國養老基金持有的實體、通過行使員工股票期權或其他作為補償持有或接收我們證券的持有人、作為對衝的一部分持有我們證券的持有人、洗牌、跨越或其他風險降低策略、轉換交易或其他綜合策略投資、根據該守則的建設性出售條款被視為出售我們證券的持有人、受該法第451（b）條規定的特殊税收會計規則約束的持有人、受控外國公司、被動外國投資公司和某些前美國公民或長期居民。

此外，本討論未涉及合夥企業（或出於美國聯邦所得税目的被視為合夥企業的實體或安排，或被忽視的實體）或通過此類合夥企業持有我們證券的個人的税收待遇。如果合夥企業（包括出於美國聯邦所得税目的被視為合夥企業的任何實體或安排）持有我們的證券，則此類合夥企業中合夥人的美國聯邦所得税待遇通常將取決於合夥人的身份和合夥企業的活動。此類合夥人和合夥企業應就購買、所有權和處置我們證券的税收後果諮詢其税務顧問。

儘管並非完全沒有疑問，但我們認為，出於美國聯邦所得税的目的，預先注資的認股權證應被視為股票，並且預先注資認股權證的持有人通常應按照與股票持有人相同的方式納税，如下所述。因此，行使預先注資的認股權證不應確認任何收益或損失，行使後，預先注資認股權證的持有期應結轉到收到的股份。同樣，預先注資認股權證的納税基礎應結轉到行使時收到的股份，行使價增加每股0.001美元。但是，我們的描述對美國國税局沒有約束力，而且

國税局可能會將預先注資的認股權證視為收購我們股票的認股權證。如果是這樣，您投資於我們的預先注資認股權證的收益金額和性質可能會發生變化。因此，每位持有人應就根據本次發行收購預先注資認股權證的相關風險（包括潛在的替代特徵）諮詢自己的税務顧問。除非下文特別説明，否則本討論的其餘部分通常假設出於美國聯邦所得税的目的，上述描述得到尊重。但是，以下討論的某些部分提到了與收購、所有權和處置預先注資的認股權證相關的潛在後果，無論這些認股權證可能被描述為美國聯邦所得税目的的股票。

股票或預先注資認股權證的每位購買者必須根據每份股票或預先注資認股權證（如適用）以及每份相關購買權證在發行時各自的相對公允市場價值分配其購買價格。這種收購價格的分配將為每股股票、預先注資的認股權證和購買權證建立持有人的初始納税基礎，用於美國聯邦所得税。持有人在股票、預先注資認股權證和購買認股權證之間分配的收購價格對美國國税局或法院沒有約束力，也無法保證美國國税局或法院會同意持有人的分配。每位持有人應就股票、預先注資認股權證和購買認股權證之間的購買價格的分配諮詢自己的税務顧問。

通常，“美國持有人” 是指我們證券（出於美國聯邦所得税目的被視為合夥企業的合夥企業或實體或安排除外）的受益所有人，即出於美國聯邦所得税的目的：

美國持有人通常不會確認行使購買權證和相關認股權證的收益或損失（除非收到的現金代替發行部分認股權證）。美國持有人在認股權證中的初始税基將等於（a）該美國持有人在購買權證中的税基和（b）該美國持有人在行使該購買權證時支付的行使價之和。美國持有人在行使購買權證時獲得的認股權證股份的持有期通常應從該美國持有人行使該認股權證之日的第二天開始。

在某些情況下，購買權證可以在無現金的基礎上行使。美國聯邦對以無現金方式行使認股權證的所得税待遇尚不明確，可能與上述後果有所不同。無現金活動可能是應納税事件。我們敦促美國持有人就以無現金方式行使購買權證的後果，包括其持有期限和認股權證股份的納税基礎，諮詢其税務顧問。

我們預計不會申報或支付任何未來的分紅。但是，如果我們確實對股票或認股權證股票進行了分配，則根據美國聯邦所得税原則，此類分配將構成從我們當前或累計收益和利潤中支付的股息，並且在收到時將作為普通收入計入您的收入。但是，就個人獲得的股息而言，

股息通常按較低的適用長期資本利得税率徵税，前提是滿足一定的持有期和其他要求。如果分配超過我們當前和累計的收益和利潤，則超出部分將被視為美國持有人投資的免税回報，但不超過該美國持有人調整後的股票或認股權證的納税基礎（如適用）。任何剩餘的餘額將被視為出售或交換此類股票或認股權證的資本收益，但須遵守 “—股票、預籌認股權證、購買權證或認股權證股份的出售或其他應納税處置” 中描述的税收待遇。

在出售、交換或以其他應納税處置股票、預先注資認股權證（行使方式除外）、購買認股權證（非行使）或認股權證股份時，美國持有人確認的資本收益或虧損等於出售、交換或其他應納税處置時獲得的任何財產的現金金額與公允市場價值與該美國持有人調整後的股票、預籌認股權證、購買的税基之間的差額認股權證或認股權證。如果美國持有人在出售、交換或其他應納税處置時此類股票、預先注資認股權證、購買認股權證或認股權證的持有期超過一年，則該資本收益或損失將為長期資本收益或虧損。某些非美國公司持有人（包括個人）認可的長期資本收益通常將受到降低的美國聯邦所得税税率的限制。資本損失的可扣除性受到某些限制。

購買權證到期或到期後，美國持有人將確認的損失金額等於該美國持有人在購買權證中的納税基礎。任何此類損失通常都是資本損失，如果購買權證持有超過一年，則為長期資本損失。資本損失的扣除受到限制。

每份預先注資認股權證和購買權證的條款規定，在某些情況下，調整可行使預先注資認股權證或購買權證的認股權證數量和/或預先注資認股權證或購買權證的行使價。根據調整的情況，此類調整可以被視為對預先注資認股權證或購買認股權證的美國持有人的建設性分配，前提是這種調整會增加此類美國持有人在我們 “收益和利潤” 或資產中的比例權益，具體視此類調整的情況而定。此外，未能規定此類調整（或充分調整）也可能導致向預先注資認股權證或購買認股權證或股票的美國持有人進行視同分配。無論是否實際分配現金或其他財產，任何此類推定性分配都可能需要納税。但是，一般而言，根據具有防止稀釋持有人權益的善意合理調整公式進行的此類調整不應被視為推定性分配。通常，此類視同分配的納税方式與 “——股票或認股權證股份的分配” 中所述的實際分配相同，唯一的不同是尚不清楚此類被認定分配是否有資格享受適用於支付給非公司持有人的某些股息的降低税率或適用於支付給公司持有人某些股息的股息所得扣除額。通常，只要將任何此類建設性分配視為股息，美國持有人在標的股票中的納税基礎就會增加。擬議的美國財政部條例涉及向可轉換證券（例如預先注資認股權證或購買認股權證）持有人進行建設性分配的金額、時間安排和預扣義務。這些擬議法規對在最終確定之日當天或之後進行的推定性分配有效，但對於在該日期之前進行的推定性分配，通常可以依據這些擬議的法規。美國持有人應就此類法規的適用以及與建設性分配可能性相關的其他税收考慮因素諮詢自己的税務顧問。

當美國持有人收到我們的證券付款（包括推定股息）或從出售或以其他應納税處置我們的證券獲得收益時，美國持有人可能需要進行信息報告和備用預扣税。某些美國持有人免繳備用預扣税，包括C公司和某些免税組織。如果美國持有人未以其他方式獲得豁免，則該持有人將需要繳納備用預扣税，並且該持有人：

備用預扣税不是額外税。只要及時向美國國税局提供所需信息，根據備用預扣税規定預扣的任何金額都可以作為退款或抵免美國持有人的美國聯邦所得税義務。美國持有人應就其獲得備用預扣税豁免的資格以及獲得此類豁免的程序諮詢其税務顧問。

就本討論而言，“非美國持有人” 是指我們證券的受益所有人，既不是美國持有人，也不是出於美國聯邦所得税目的被視為合夥企業的合夥企業或實體或安排。

非美國持有人通常不會確認行使購買權證的收益或損失以及相關認股權證的收益（除非收到的現金代替發行部分認股權證股份，並且存在某些其他條件，如 “——我們證券的銷售、交易或其他應納税處置收益” 中所述）。請參閲 “—適用於美國持有人的税收注意事項—購買權證的行使”。但是，如果按照 “—適用於美國持有人的税收注意事項——行使購買權證” 中所述的無現金行使購買權證形成應納税交易所，則 “我們證券的銷售、交換或其他應納税處置收益” 中描述的規則將適用。

如果非美國持有人允許購買權證在未行使的情況下到期，則該非美國持有人將確認的資本損失金額等於該持有人在購買權證中的納税基礎。請參閲 “—適用於美國持有人的税收注意事項—認股權證失效”。

請參閲 “—適用於美國持有人的税收注意事項——認股權證的某些調整” 中有關適用於預先注資認股權證或購買權證建設性分配的規則的討論。如果對行使認股權證時將發行的認股權證數量進行調整，或調整預先注資認股權證或購買權證的行使價，導致建設性分配，如 “—適用於美國持有人的税收考慮——對預先注資認股權證和購買權證的某些調整” 中所述的規則將適用。對於此類推定性分配中被視為股息的任何部分（如 “——股票或認股權證股份的分配” 中所述），需要預繳的美國聯邦所得税可以從認股權證股票、隨後支付或貸記的銷售收益或向非美國持有人支付或可分配的其他金額中預扣。

我們預計不會申報或支付任何未來的分紅。但是，如果我們對股票或認股權證進行分配，則根據美國聯邦所得税原則，此類分配將構成股息，但以我們的當前或累計收益和利潤中支付的範圍為限。如果分佈超過

我們當前和累計的收益和利潤，超出部分將被視為非美國持有人投資的免税回報，但不超過該非美國持有人調整後的股票或認股權證的納税基礎（如適用）。任何剩餘的盈餘部分將被視為出售或交換此類股票或認股權證的資本收益，但須遵守下文 “—我們證券的銷售、交換或其他應納税處置收益” 中所述的税收待遇。

支付給非美國持有人的股息通常需要預扣美國聯邦所得税，税率為股息總額的30％，或者根據美國與此類非美國持有人居住國之間的適用所得税協定為該協議而規定的較低税率。

被視為與非美國持有人在美國境內開展的貿易或業務有效相關的股息，如果適用的所得税協定有此規定，且歸因於非美國持有人在美國境內維持的常設機構或固定基地的股息，如果非美國持有人滿足適用的認證和披露要求，則通常免徵30％的預扣税。但是，扣除特定扣除額和抵免額後，此類美國有效關聯收入按適用於美國人的相同美國聯邦所得税税率徵税（定義見守則）。在某些情況下，非美國持有人（即公司）獲得的任何與美國有效關聯的收入也可能需要繳納額外的 “分支機構利得税”，税率為30％，或根據美國與該非美國持有人居住國之間的適用所得税協定為該協定規定的較低税率。

要申請預扣税減免或豁免，非美國持有人通常需要提供 (a) 一份正確執行的美國國税局表格 W-8BEN 或 IRS W-8BEN-E 表格（或後續表格），並滿足適用的認證和其他要求，以申請美國與此類非美國持有人居住國之間的適用所得税協定的好處，或 (b) 一份正確執行的美國國税局 W-8ECI 表格，説明由於股息實際上與此類非美國持有人的交易行為或在美國境內的業務。我們敦促非美國持有人就其根據相關所得税協定獲得福利的權利諮詢其税務顧問。

根據所得税協定有資格獲得較低的美國預扣税率的非美國持有人可以通過及時向美國國税局提出適當的退款申請來獲得任何超額預扣金額的退款或抵免。

分配還將在 “—備份預扣和信息報告” 和 “—國外賬户” 中進行討論。

根據 “—備份預扣税和信息報告” 和 “—外國賬户” 中的討論，一般而言，非美國持有人對該非美國持有人出售、交換或其他應納税處置我們的證券所得收益無需繳納任何美國聯邦所得税，除非：

我們必須每年向美國國税局和每位非美國持有人報告支付給此類非美國持有人的證券股息總額以及與此類股息相關的預扣税款（如果有）。非美國持有人必須遵守特定的認證程序，以確定持有人不是美國人（定義見守則），以避免按適用税率對我們證券的任何股息進行備用預扣税。如果非美國持有人通過提供有效的國税局表格 W-8BEN 或美國國税局表格 W-8BEN-E（或繼任表格）或 IRS W-8ECI 表格，證明其非美國身份，或以其他方式規定豁免，則該非美國持有人在支付我們的證券股息時通常無需繳納美國備用預扣税；前提是我們沒有實際知識或理由知道該非美國持有人是美國人（如《守則》所定義）。按照 “—股票或認股權證股份的分配” 中所述，支付給需繳納美國預扣税的非美國持有人的股息通常無需繳納美國備用預扣税。

信息報告和備用預扣税通常適用於非美國持有人通過或通過任何美國或外國經紀商的美國辦事處處置我們證券的收益，除非持有人證明其非美國持有人身份並滿足某些其他要求，或以其他方式規定了豁免。通常，如果交易是通過非美國經紀人辦公室在美國境外進行的，則信息報告和備用預扣税不適用於向非美國持有人支付的處置收益。但是，出於信息報告的目的，通過在美國擁有大量所有權或業務的經紀商的非美國辦事處進行的處置通常將以類似於通過經紀商美國辦事處進行處置的方式進行處置。非美國持有人應就信息報告和備用預扣税規則的適用事宜諮詢其税務顧問。

信息申報表的副本可以提供給非美國持有人居住或根據特定條約或協議的規定設立的國家/地區的税務機關。

備用預扣税不是一項額外税。根據備用預扣税規則，從向非美國持有人支付的款項中預扣的任何金額均可抵免非美國持有人的美國聯邦所得税應納税額（如果有），並且該持有人有權獲得退款，前提是及時向美國國税局提供所需信息。

該守則通常對股息徵收30％的美國聯邦預扣税，並視下文關於美國財政部發布的擬議法規的討論而定，處置我們的證券的總收益支付給 “外國金融機構”（定義見該守則），除非該機構與美國政府達成協議，除其他外，扣留某些款項，收集和向美國税務機關提供有關持有賬户的大量信息由某個 “特定” 的美聯儲州人” 或 “美國擁有的外國實體”（均按照《守則》的定義），或以其他方式有資格獲得

這些規則的豁免。30% 的美國聯邦預扣税也適用於股息，根據下文關於美國財政部發布的擬議法規的討論，將適用於處置我們向 “非金融外國實體”（定義見《守則》）的證券的總收益，除非該實體向預扣税代理人提供證明，證明其沒有 “美國實質性所有者”（定義見守則），並提供有關每個實體的信息該實體的實質性美國所有者，或其他方面有資格獲得這些規則的豁免。在某些情況下，非美國持有人可能有資格獲得此類税款的退款或抵免。美國與適用的外國之間的政府間協議可能會修改本段所述的要求。

上述預扣條款目前適用於為我們的證券支付的股息。美國財政部發布了擬議法規，該法規如果以目前的形式最終確定，將取消適用於我們證券出售或其他處置總收益的30％的美國聯邦預扣税。美國財政部在這些擬議法規的序言中表示，在最終法規發佈之前，納税人通常可以依賴擬議的法規。

每位潛在投資者都應就特定的美國聯邦、州和地方以及非美國的税務顧問諮詢其税務顧問購買、持有和處置我們證券的税收後果，包括適用法律的任何擬議變更的後果。

根據本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書，我們已聘請H.C. Wainwright & Co., LLC或配售代理作為我們的獨家配售代理人，在合理的最大努力基礎上，參與本次發行。本次發行的條款受市場條件以及我們、配售代理人和潛在投資者之間的談判的約束。委託協議不導致配售代理人承諾購買任何證券，配售代理人無權根據訂約協議約束我們。配售代理人沒有承諾購買根據本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書發行的任何證券。配售代理人不購買我們在本次發行中提供的證券，也無需出售任何特定數量或美元金額的證券，但將在合理的最大努力基礎上協助我們進行本次發行。此外，配售代理人不保證能夠在任何潛在的發行中籌集新資金。配售代理可以聘請分代理商或選定的交易商來協助發行。我們已經直接與投資者簽訂了與此次發行相關的證券購買協議，我們只會向簽訂證券購買協議的投資者出售證券。我們不得出售根據本招股説明書補充文件發行的全部證券。

我們預計將在2024年4月8日左右交付根據本招股説明書補充文件發行的證券，前提是滿足慣例成交條件。

下表按每股、每份預先注資的認股權證和總額顯示了在向我們支付費用之前的發行價格、配售代理費和收益。

我們已同意就本次發行向配售代理支付（i）相當於本次發行總收益6.0％的現金費，（ii）最高50,000美元的配售代理律師費用和開支以及其他自付費用，（iv）35,000美元的非賬目支出補貼，（v）15,950美元的清算費用。

我們估計，不包括上述配售代理費和開支，我們應付的與本次發行相關的總費用約為60萬美元。

此外，我們已授予配售代理人優先拒絕權，但有某些例外情況，根據該權利，如果我們或我們的子公司在本協議完成9個月週年之前的任何時候通過某些公開發行或私募股權或債務證券（不包括任何市場融資工具）籌集資金，則配售代理人有權擔任聯席賬面管理人或聯合配售代理人（視情況而定），至少佔經濟的35％ 提供。

根據本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書，我們已同意在發行結束之日起四十五（45）天內進行封鎖。這意味着，在適用的封鎖期內，我們不得發行、簽訂任何協議來發行或宣佈我們的任何普通股或任何可兑換、行使或可交換為普通股的證券，但某些例外情況除外。

除某些例外情況外，我們還同意，在發行結束之日後的一（1）週年紀念日之前，不以（i）以轉換價格發行或出售任何可轉換為普通股、可交換或行使或包括有權獲得額外普通股（A）的債務或股權證券，

行使價格或匯率或其他價格，該價格基於普通股的交易價格或報價，和/或隨普通股的交易價格或報價而變化，或 (B) 轉換、行使或交換價格可能會在該債務或股權證券首次發行後的某個未來某個日期或與我們的業務或市場直接或間接相關的特定事件或或有事件發生時重置對於我們的普通股，或（ii）簽訂或生效根據任何協議進行交易，包括但不限於股票信貸額度或 “市場” 貸款，但有某些例外情況。

此外，只要High Trail註冊票據仍處於未償還狀態，（i）我們需要維持股票儲備和所需的融資計劃，（ii）我們和我們的每家子公司都不得直接或間接進行任何受某些例外情況限制的浮動利率交易，（iii）我們受某些限制期的限制，在此期間我們不會發行受某些例外情況的股票或股票掛鈎證券，以及（iv）我們不得發行任何票據或票據或票據或債券的限制其他可能導致違約或違約的證券，沒有所需持有人的同意。

根據《證券法》第2（a）（11）條的定義，配售代理人可以被視為承銷商，其收到的任何佣金以及在擔任委託人期間轉售其出售的股票而獲得的任何利潤都可能被視為承保折扣或佣金。作為承銷商，配售代理人必須遵守《證券法》和《交易法》的要求，包括但不限於《證券法》的第415（a）（4）條以及《交易法》的第10b-5條和第M條。這些規章制度可能會限制作為委託人的配售代理人購買和出售股票的時間。根據這些規章制度，配售代理人：

我們已同意向配售代理人賠償某些負債，包括《證券法》產生的某些負債，並繳納配售代理人可能需要為這些負債支付的款項。

我們的普通股在納斯達克資本市場上市，股票代碼為 “BNGO”。2024年4月3日，我們在納斯達克資本市場上公佈的普通股最後一次銷售價格為每股1.02美元。

將來，配售代理人可能會不時在正常業務過程中向我們提供各種諮詢、投資和商業銀行及其他服務，為此它可能會收取慣常的費用和佣金。除本招股説明書補充文件中披露的內容外，我們目前與配售代理商沒有任何服務安排。

曾在本次發行中擔任我們法律顧問的Cooley LLP將移交與本次發行相關的某些與美國聯邦法律有關的法律事務。紐約州紐約州海恩斯和布恩律師事務所就此次發行擔任配售代理人的法律顧問。

截至2023年12月31日和2022年12月31日以及以引用方式納入本招股説明書補充文件中的各年度的合併財務報表是根據獨立註冊會計師事務所BDO USA, LLP（n/k/a BDO USA，P.C.）的報告納入的，該報告是根據該公司作為審計和會計專家的授權在此處註冊的。合併財務報表報告包含關於公司繼續經營能力的解釋性段落。

本招股説明書補充文件和隨附的招股説明書是我們根據《證券法》向美國證券交易委員會提交的S-3表格註冊聲明的一部分，不包含註冊聲明和註冊聲明附錄中以引用方式列出或納入的所有信息。有關我們以及我們在本招股説明書補充文件下提供的證券的更多信息，請您參閲註冊聲明以及作為註冊聲明一部分提交的證物和附表。我們向美國證券交易委員會提交年度、季度和當前報告、委託書和其他信息。美國證券交易委員會維護着一個網站，其中包含有關以電子方式向美國證券交易委員會提交的發行人的報告、代理和信息聲明以及其他信息，包括Bionano。美國證券交易委員會網站的地址是 www.sec.gov。

我們在www.bionanogenomics.com上維護着一個網站。我們網站中包含或可通過我們的網站訪問的信息不構成本招股説明書補充文件或隨附的招股説明書的一部分。

美國證券交易委員會允許我們 “以引用方式納入” 本招股説明書補充文件，這意味着我們可以通過向您推薦另一份單獨向美國證券交易委員會提交的文件來向您披露重要信息。本招股説明書補充文件中以引用方式納入的文件的美國證券交易委員會文件號為001-38613。本招股説明書補充文件中以引用方式納入的文件包含有關我們的重要信息，您應閲讀這些信息。

以下文件以引用方式納入本文檔：

儘管前幾段有聲明，但本招股説明書補充文件中不得以引用方式納入我們根據《交易法》向美國證券交易委員會 “提供” 的任何文件、報告或證據（或上述任何內容的一部分）或任何其他信息。

我們還以引用方式將我們在本招股説明書補充文件發佈之日之後但在普通股發行終止之前根據《交易法》第13（a）、13（c）、14或15（d）條向美國證券交易委員會提交的所有文件（根據8-K表第2.02項或第7.01項提供的當前報告以及以此類表格提交的與此類項目相關的證物）以引用方式納入本招股説明書補充文件本招股説明書補充文件及隨附的招股説明書所涵蓋的股票。這些文件包括定期報告，例如10-K表年度報告、10-Q表季度報告和8-K表最新報告，以及委託書。

我們將根據書面或口頭要求向其免費提供招股説明書的每個人，包括任何受益所有人，提供本招股説明書補充文件中以引用方式納入本招股説明書補充文件但未隨本招股説明書補充文件一起交付的任何或全部文件的副本，包括以引用方式特別納入此類文件的證物。您應將任何文件請求發送給Bionano Genomics, Inc. 9540 Towne Center Drive, Suite 100，加利福尼亞州聖地亞哥 92121；電話：(858) 888-7600。

就本文件而言，此處或以引用方式納入本文檔的文件中包含的任何聲明將被視為已修改或取代，前提是本文檔或任何其他隨後提交的被視為以引用方式納入本文檔的文件中包含的聲明修改或取代了該聲明。

我們可能會不時在一次或多次發行中發行和出售本招股説明書中描述的任何證券組合，總額不超過4億澳元。我們還可能提供在轉換、贖回、回購、交換或行使本協議下注冊的任何證券（包括任何適用的反稀釋條款）後可能發行的證券。

本招股説明書概述了我們可能提供的證券。每次我們發行證券時，我們都將在本招股説明書的一份或多份補充文件中提供所發行證券的具體條款。我們還可能授權向您提供一份或多份與這些產品相關的免費撰寫招股説明書。招股説明書補充文件和任何相關的免費寫作招股説明書也可能添加、更新或更改本招股説明書中包含的信息。在投資所發行的任何證券之前，您應仔細閲讀本招股説明書、適用的招股説明書補充文件和任何相關的免費書面招股説明書，以及任何以引用方式納入的文件。

除非附有招股説明書補充文件，否則本招股説明書不得用於完成任何證券的銷售。

我們的普通股在納斯達克資本市場上市，交易代碼為 “BNGO”。2023年3月8日，我們上次公佈的普通股銷售價格為每股1.31美元。適用的招股説明書補充文件將包含適用的招股説明書補充文件所涵蓋的納斯達克資本市場或任何證券市場或其他證券交易所（如果有）的任何其他上市信息（如果有）。

我們可能會通過不時指定的代理直接向投資者出售這些證券，或通過承銷商或交易商連續或延遲出售這些證券。有關銷售方法的更多信息，請參閲本招股説明書中標題為 “分配計劃” 的部分。如果有任何代理人或承銷商參與出售本招股説明書所涉及的任何證券，則這些代理人或承銷商的姓名以及購買額外證券的任何適用費用、佣金、折扣或期權將在招股説明書補充文件中列出。此類證券的公眾價格以及我們預計從此類出售中獲得的淨收益也將在招股説明書補充文件中列出。

投資我們的證券涉及高度的風險。您應仔細閲讀本招股説明書第6頁 “風險因素” 標題下描述的風險和不確定性，以及適用的招股説明書補充文件和任何相關的免費寫作招股説明書中包含的風險和不確定性，以及以引用方式納入本招股説明書的其他文件中類似標題下的風險和不確定性。

美國證券交易委員會和任何州證券委員會均未批准或不批准這些證券，也沒有確定本招股説明書補充文件是否真實或完整。任何與此相反的陳述都是刑事犯罪。

本招股説明書是我們使用 “貨架” 註冊程序向美國證券交易委員會（SEC）提交的S-3表格註冊聲明的一部分。在此貨架註冊程序下，我們可能會不時發行和出售一次或多次發行，總金額為4億美元的本招股説明書中描述的證券組合。

本招股説明書向您概述了我們可能提供的證券。每次我們根據本招股説明書發行證券時，我們都會提供一份招股説明書補充文件，其中將包含有關此類證券和發行條款的具體信息。我們還可能授權向您提供一份或多份免費撰寫的招股説明書，其中可能包含與這些產品相關的重要信息。招股説明書補充文件以及我們可能授權向您提供的任何相關的免費寫作招股説明書還可以添加、更新或更改本招股説明書或我們以引用方式納入本招股説明書的任何文件中包含的信息。如果本招股説明書中的信息與適用的招股説明書補充文件或免費寫作招股説明書之間存在任何不一致之處，則應酌情依賴招股説明書補充文件或免費寫作招股説明書。在投資所提供的任何證券之前，您應閲讀本招股説明書、任何適用的招股説明書補充文件和任何相關的免費書面招股説明書，以及此處以 “以引用方式納入某些信息” 標題下所述的以引用方式納入的信息。

除非附有招股説明書補充文件，否則不得使用本招股説明書來完成證券的銷售。

除了本招股説明書、任何適用的招股説明書補充文件或由我們或代表我們編寫或我們向您推薦的任何相關免費書面招股説明書中包含或以引用方式納入的信息或陳述外，我們或任何代理人、承銷商或交易商均未授權任何人提供任何信息或作出任何陳述。本招股説明書、本招股説明書的任何適用補充文件或任何相關的自由寫作招股説明書均不構成除與其相關的註冊證券以外的任何證券的出售要約或購買要約，本招股説明書、本招股説明書的任何適用補充文件或任何相關的自由寫作招股説明書均不構成向其在任何司法管轄區向其出售證券的要約或徵集購買要約在該司法管轄區內提出此類要約或招攬是非法的。

即使本招股説明書、任何適用的招股説明書補充文件或任何相關的免費寫作招股説明書已交付，您不應假設本招股説明書、任何適用的招股説明書補充文件或任何相關的免費寫作招股説明書中包含的信息在文件以引用方式納入之日後的任何日期都是正確的，或證券將在以後出售。

本招股説明書包含此處描述的某些文件中包含的某些條款的摘要，但要獲得完整的信息，請參考實際文件。所有摘要全部由實際文件作了限定。此處提及的某些文件的副本已經提交、將要提交或將作為本招股説明書一部分的註冊聲明的證物併入其中，您可以按下文 “在哪裏可以找到更多信息” 標題下所述獲得這些文件的副本。

投資我們的證券涉及高度的風險。在決定是否投資我們的證券之前，您應仔細考慮適用的招股説明書補充文件和任何相關的免費書面招股説明書中在 “風險因素” 標題下描述的風險和不確定性，這些風險和不確定性載於我們最新的10-K表年度報告和隨後的10-Q表季度報告中，以及隨後向美國證券交易委員會提交的文件中反映的任何修正案，這些修正案以引用方式納入本文件全部招股説明書連同本招股説明書中的其他信息、以引用方式納入的文件以及我們可能授權用於特定發行的任何免費書面招股説明書。這些文件中描述的風險不是我們面臨的唯一風險，而是我們認為使普通股投資具有投機性或風險性的重要因素。可能還有其他未知或不可預測的經濟、商業、競爭、監管或其他因素可能會對我們的未來業績產生重大不利影響。過去的財務表現可能不是未來業績的可靠指標，不應使用歷史趨勢來預測未來時期的結果或趨勢。如果其中任何風險確實發生，我們的業務、財務狀況、經營業績或現金流可能會受到嚴重損害。這可能會導致我們證券的交易價格下跌，從而導致您的全部或部分投資損失。另請仔細閲讀以下標題為 “關於前瞻性陳述的特別説明” 的部分。

本招股説明書和任何隨附的招股説明書補充文件，以及本招股説明書或任何隨附的招股説明書補充文件中以引用方式納入的文件，包含經修訂的1933年《證券法》第27A條、《證券法》、經修訂的1934年《證券交易法》第21E條或《交易法》所指的 “前瞻性陳述”。這些陳述與未來事件或我們未來的運營或財務業績有關，涉及已知和未知的風險、不確定性和其他因素，這些因素可能導致我們的實際業績、業績或成就與前瞻性陳述所表達或暗示的任何未來業績、業績或成就存在重大差異。根據《證券法》第27A條和《交易法》第21E條的定義，這些前瞻性陳述可能包括但不限於有關以下內容的陳述：

在某些情況下，您可以通過 “預期”、“相信”、“可能”、“估計”、“預期”、“可能”、“計劃”、“潛力”、“預測”、“項目”、“應該”、“將”、“將” 等術語以及旨在識別前瞻性陳述的類似表述來識別前瞻性陳述。這些陳述反映了我們目前對未來事件的看法，基於假設，受風險和不確定性的影響。鑑於這些風險和不確定性，您不應過分依賴這些前瞻性陳述。我們將在適用的招股説明書補充文件、我們可能授權用於特定發行的任何免費書面招股説明書、我們最新的10-K表年度報告和隨後的10-Q表季度報告中以及任何一份 “風險因素” 標題下更詳細地討論了其中許多風險和不確定性，並以引用方式將其納入本招股説明書的全部內容中其修正案反映在隨後向美國證券交易委員會提交的文件中。此外，這些前瞻性陳述僅代表我們截至包含適用陳述的文件發佈之日的估計和假設。除非

根據法律規定，我們沒有義務更新或修改任何前瞻性陳述以反映新信息或未來事件或發展。因此，您不應假設我們隨着時間的推移保持沉默意味着實際事件是按照此類前瞻性陳述中明示或暗示的方式發生的。您應該閲讀本招股説明書、適用的招股説明書補充文件，以及我們向美國證券交易委員會提交的以引用方式納入的文件，以及我們授權完全用於特定發行的任何免費書面招股説明書，同時要了解我們的實際未來業績可能與我們的預期存在重大差異。我們通過這些警示性陳述對上述文件中的所有前瞻性陳述進行限定。

對於出售特此提供的證券的淨收益的使用，我們將保留廣泛的自由裁量權。除非我們可能授權向您提供的任何招股説明書補充文件或任何相關的免費寫作招股説明書中另有規定，否則我們目前打算將出售特此發行的證券的淨收益用於一般公司用途，其中可能包括臨牀試驗和其他研發費用、資本支出、營運資金以及一般和管理費用。儘管截至本招股説明書發佈之日，我們目前沒有關於任何收購的計劃、承諾或協議，但我們也可能將部分淨收益用於收購或投資與我們自身互補的業務、產品和技術。我們將在適用的招股説明書補充文件或免費撰寫的招股説明書中列出根據招股説明書補充文件或免費書面招股説明書出售的任何證券所得淨收益的預期用途。在這些用途之前，我們打算將淨收益主要投資於貨幣市場共同基金、美國政府及其機構的債務、包括商業票據和可轉讓存款證和公司債券在內的貨幣市場工具。

以下對我們資本存量的描述、公司註冊證書和章程的某些規定以及特拉華州法律的某些條款均為摘要。以下描述不完整，完全受我們的公司註冊證書和章程（作為本招股説明書一部分的註冊聲明的證物提交）以及《特拉華州通用公司法》的相關條款的約束和限制。

截至本招股説明書發佈之日，我們的公司註冊證書授權我們發行4億股普通股，面值每股0.0001美元，以及1,000萬股優先股，面值每股0.0001美元。

我們的普通股有權對提交股東投票的所有事項（包括董事選舉）記錄在案的每股股票獲得一票，並且沒有累積投票權。我們經修訂和重述的公司註冊證書經修訂後設立了機密董事會，該董事會分為三類，任期錯開三年。在每次股東年會上，只有一個類別的董事需要通過多數票選出，其他類別的董事將延續各自三年任期的剩餘任期。

除非我們的公司註冊證書中另有明確規定或適用法律另有要求，否則所有普通股都具有相同的權利和特權，排名平等，按比例分配，並且在包括下述事項在內的所有方面都相同。

分紅。根據可能適用於任何當時已發行優先股的優先股的優惠，普通股持有人有權從合法可用資金中獲得股息（如果有），正如我們董事會不時宣佈的那樣。

清算權。如果我們進行清算、解散或清盤，我們的普通股持有人有權在償還所有債務和其他負債後按比例分配給股東的淨資產，但前提是向任何已發行優先股持有人發放的任何清算優先權得到清償。

我們普通股的持有人無權獲得先發制人的權利，也不受轉換、贖回或償債基金條款的約束。我們普通股持有人的權利、優惠和特權受我們未來可能指定和發行的任何系列優先股持有人的權利的約束，並可能受到其不利影響。

我們的董事會可能會授權發行具有投票權或轉換權的優先股，這可能會對普通股持有人的投票權或其他權利產生不利影響。優先股的發行在為可能的收購和其他公司目的提供靈活性的同時，可能會推遲、推遲或阻止我們的控制權變更，否則可能會使我們的普通股持有人受益，並可能對普通股的市場價格以及普通股持有人的投票權和其他權利產生不利影響。我們目前沒有計劃發行任何優先股。

我們受特拉華州通用公司法第203條的約束。第203條通常禁止特拉華州上市公司自交易之日起三年內與 “利益股東” 進行 “業務合併”，除非：

DGCL 第 203 條將業務組合定義為包括：

一般而言，第203條將利益股東定義為實益擁有公司15％或以上已發行有表決權股票的任何實體或個人，以及與該實體或個人有關聯或控制或控制的任何實體或個人。

除其他外，我們經修訂和重述的公司註冊證書，以及經修訂和重述的章程：

上述規定使另一方難以通過更換董事會來獲得對我們的控制權。由於我們董事會有權留住和解僱高管，因此這些條款也可能使現有股東或其他方更難實現管理層變動。此外，對未指定優先股的授權使我們董事會有可能發行具有投票權或其他權利或優惠的優先股，這可能會阻礙任何改變我們控制權的嘗試取得成功。

這些條款旨在減少我們對未經請求的收購提案的脆弱性，並阻止可能在代理人爭奪中使用的某些策略。但是，此類條款可能會阻礙其他人對我們的股票進行要約，並可能起到阻止敵對收購或推遲我們控制權或管理層變更的作用。因此，這些條款還可能抑制實際或傳聞中的收購嘗試可能導致我們股票市場價格的波動。

我們受《特拉華州通用公司法》第203條的約束，該條款禁止特拉華州公司在任何感興趣的股東成為利益股東之日起的三年內與該股東進行任何業務合併，但某些例外情況除外。

我們的普通股過户代理人和註冊機構是美國股票轉讓與信託公司有限責任公司。我們根據本招股説明書可能提供的任何系列優先股的過户代理將在與該系列相關的招股説明書補充文件中進行命名和描述。

我們的普通股在納斯達克資本市場上市，股票代碼為 “BNGO”。適用的招股説明書補充文件將包含有關納斯達克資本市場或此類招股説明書補充文件所涵蓋的任何其他優先股交易所（如果有）的信息（如果有）。

我們可能會不時以一個或多個系列的形式發行債務證券，無論是優先債務還是次級債務，或者作為優先或次級可轉換債務。雖然我們在下面總結的條款將普遍適用於我們根據本招股説明書可能提供的任何債務證券，但我們將在適用的招股説明書補充文件中更詳細地描述我們可能提供的任何債務證券的特定條款。根據招股説明書補充文件發行的任何債務證券的條款可能與下述條款不同。除非上下文另有要求，否則每當我們提及契約時，我們也指的是任何規定特定系列債務證券條款的補充契約。

我們將根據契約發行債務證券，我們將與契約中指定的受託人簽訂該契約。該契約將符合經修訂的1939年《信託契約法》或《信託契約法》的資格。我們已將契約形式作為註冊聲明的附錄提交給本招股説明書，包含所發行債務證券條款的補充契約和形式的債務證券將作為本招股説明書一部分的註冊聲明的附錄提交，或者將以引用方式納入我們向美國證券交易委員會提交的報告中。

以下債務證券和契約重要條款摘要受契約中適用於特定系列債務證券的所有條款的約束，並參照這些條款對其進行了全面限定。我們敦促您閲讀適用的招股説明書補充文件和與我們在本招股説明書下可能提供的債務證券有關的任何相關的免費書面招股説明書，以及包含債務證券條款的完整契約。

該契約不限制我們可能發行的債務證券的數量。它規定，我們可以發行不超過我們可能授權的本金的債務證券，並且可以採用我們可能指定的任何貨幣或貨幣單位。除了對合並、合併和出售契約中包含的全部或幾乎所有資產的限制外，契約條款不包含任何旨在保護任何債務證券持有人免受我們的業務、財務狀況或涉及我們的交易變化的契約或其他條款。

我們可能會將根據契約發行的債務證券作為 “折扣證券” 發行，這意味着它們可以以低於其規定的本金的折扣出售。由於利息支付和債務證券的其他特徵或條款，這些債務證券以及其他未以折扣價發行的債務證券，出於美國聯邦所得税的目的，可能會以 “原始發行折扣”（OID）發行。任何適用的招股説明書補充文件將更詳細地描述適用於使用OID發行的債務證券的美國聯邦所得税重要注意事項。

我們將在適用的招股説明書補充文件中描述所發行的一系列債務證券的條款，包括：

我們將在適用的招股説明書補充文件中規定一系列債務證券可以轉換為普通股或其他證券或可兑換成我們的普通股或其他證券的條款。我們將包括有關轉換或交換時結算以及轉換或交換是強制性的、由持有人選擇還是由我們選擇的條款。我們可能會納入一些條款，根據這些條款，該系列債務證券的持有人獲得的普通股或其他證券的數量將進行調整。

除非我們在適用於特定系列債務證券的招股説明書補充文件中另有規定，否則該契約將不包含任何限制我們合併或整合，或出售、傳輸、轉讓或以其他方式處置全部或基本全部資產的能力的契約。但是，此類資產的任何繼承人或收購者（我們的子公司除外）都必須酌情承擔我們在契約或債務證券下的所有義務。

除非我們在適用於特定系列債務證券的招股説明書補充文件中另有規定，否則以下是我們可能發行的任何系列債務證券的契約違約事件：

如果任何系列債務證券的違約事件發生並仍在繼續，則受託人或該系列未償債務證券本金總額至少25％的持有人可以通過書面通知我們，如果此類持有人發出通知，則申報受託人的未付本金、溢價（如果有）和應計利息（如果有），到期並立即付款。如果上文最後一個要點中規定的違約事件發生在我們身上，則每期未償債務證券的本金和應計利息（如果有）應到期支付，受託人或任何持有人無需發出任何通知或採取其他行動。

除非我們根據契約糾正了違約或違約事件，否則持有受影響系列未償債務證券本金過半數的持有人可以免除與該系列及其後果有關的任何違約或違約事件，但與本金、溢價（如果有）或利息支付有關的違約事件或違約事件除外。任何豁免均應糾正違約或違約事件。

在不違反契約條款的前提下，如果契約下的違約事件發生並持續下去，則受託人沒有義務應適用系列債務證券的任何持有人的要求或指示行使該契約規定的任何權利或權力，除非這些持有人向受託人提供了合理的賠償。任何系列未償債務證券本金過半數的持有人有權指示就該系列債務證券向受託人提起任何補救措施進行任何訴訟的時間、方法和地點，或行使賦予受託人的任何信託或權力，前提是：

任何系列債務證券的持有人只有在以下情況下才有權根據契約提起訴訟或任命接管人或受託人，或者尋求其他補救措施：

如果我們拖欠債務證券的本金、溢價（如果有）或利息，則這些限制不適用於債務證券持有人提起的訴訟。

我們將定期向受託人提交有關我們遵守契約中特定契約的聲明。

我們和受託人可以在未經任何持有人同意的情況下就特定事項更改契約：

此外，根據契約，經受影響每個系列未償債務證券本金總額至少佔多數的持有人的書面同意，我們和受託人可以更改一系列債務證券持有人的權利。但是，除非我們在適用於特定系列債務證券的招股説明書補充文件中另有規定，否則我們和受託人只能在徵得任何受影響未償債務證券的每位持有人同意的情況下進行以下更改：

每份契約都規定，我們可以選擇解除我們對一個或多個系列債務證券的義務，但特定債務除外，包括以下義務：

為了行使我們的解除權，我們必須向受託人存入足以在付款到期日支付該系列債務證券的所有本金、任何溢價（如果有）和利息的款項或政府債務。

我們將僅以完全註冊的形式發行每個系列的債務證券，不包括息票，除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有規定，否則我們將以1,000美元及其任何整數倍的面額發行債券。該契約規定，我們可以以臨時或永久的全球形式發行一系列債務證券，並以賬面記賬證券的形式發行，這些證券將存放在存託信託公司（DTC）或我們指定並在該系列的適用招股説明書補充文件中註明的另一家存託機構，或以其名義存放。如果系列債務證券以全球形式發行並以賬面記賬形式發行，則與任何賬面記賬證券相關的條款將在適用的招股説明書補充文件中列出。

根據契約條款和適用的招股説明書補充文件中描述的適用於全球證券的限制，持有人可以選擇將債務證券兑換成相同系列、任何授權面額、期限和本金總額的其他債務證券。

根據契約條款和適用的招股説明書補充文件中規定的適用於全球證券的限制，債務證券持有人可以在證券登記處或我們為此目的指定的任何過户代理人辦公室出示經過正式認可的債務證券進行交換或進行轉讓登記，或者在我們或證券登記處要求，在證券登記處或我們為此目的指定的任何過户代理人的辦公室出示債務證券。除非持有人出示進行轉讓或交換的債務證券中另有規定，否則我們不會對任何轉讓或交換登記收取服務費，但我們可能要求支付任何税款或其他政府費用。

我們將在適用的招股説明書補充文件中列出證券註冊商，以及我們最初為任何債務證券指定的除證券註冊機構之外的任何過户代理人。我們可能隨時指定其他

轉讓代理人或撤銷對任何過户代理人的指定，或批准任何過户代理人行事的辦公室的變更，但我們需要在每個系列債務證券的每個付款地點設立一個過户代理人。

如果我們選擇贖回任何系列的債務證券，我們將不需要：

除了在契約違約事件發生和持續期間，受託人承諾僅履行適用契約中明確規定的職責。在契約下發生違約事件時，受託人必須像謹慎的人在處理自己的事務時一樣謹慎行事。在遵守本條款的前提下，受託人沒有義務應任何債務證券持有人的要求行使契約賦予的任何權力，除非為其可能產生的成本、費用和負債提供合理的擔保和賠償。

除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有説明，否則我們將在任何利息支付日向在正常利息記錄日營業結束時以其名義登記債務證券或一種或多種前身證券的人支付任何債務證券的利息。

我們將在我們指定的付款代理人辦公室支付特定系列債務證券的本金和任何溢價和利息，但除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有説明，否則我們將通過郵寄給持有人的支票或通過電匯向某些持有人支付利息。除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有説明，否則我們將指定受託人的公司信託辦公室作為我們支付每個系列債務證券的唯一付款機構。我們將在適用的招股説明書補充文件中列出我們最初為特定系列債務證券指定的任何其他付款代理人。我們將在每個支付地點為特定系列的債務證券保留付款代理人。

我們為支付任何債務證券的本金或任何溢價或利息而向付款代理人或受託人支付的所有款項都將償還給我們，此後債務證券的持有人只能向我們償還，此後債務證券的持有人只能向我們償還這筆款項。

契約和債務證券將受紐約州內部法律管轄，並根據紐約州內部法律進行解釋，但《信託契約法》適用的範圍除外。

以下描述以及我們可能授權向您分發的任何適用的招股説明書補充文件和免費撰寫的招股説明書中可能包含的其他信息，概述了我們在本招股説明書中可能提供的認股權證的實質性條款和規定，認股權證可能包括購買普通股、優先股或債務證券的認股權證，可能分成一個或多個系列發行。認股權證可以獨立發行，也可以與任何招股説明書補充文件提供的普通股、優先股或債務證券一起發行，也可以附在這些證券上或與這些證券分開。雖然我們在下文總結的條款將普遍適用於我們在本招股説明書中可能提供的任何認股權證，但我們將在適用的招股説明書補充文件和任何適用的免費書面招股説明書中更詳細地描述我們可能提供的任何系列認股權證的特定條款。根據招股説明書補充文件提供的任何認股權證的條款可能與下述條款有所不同。但是，任何招股説明書補充文件都不會從根本上改變本招股説明書中規定的條款，也不會提供在本招股説明書生效時未註冊和描述的證券。

我們已經提交了認股權證協議的表格和認股權證形式，其中包含認股權證的條款，這些認股權證作為註冊聲明的證據，本招股説明書是其中的一部分。我們將作為本招股説明書一部分的註冊聲明作為證物提交，或者將以引用方式納入我們向美國證券交易委員會提交的報告中的認股權證協議形式（如果有），包括認股權證形式，描述我們提供的特定系列認股權證的條款。以下認股權證和認股權證協議的實質性條款摘要受認股權證協議和認股權證中適用於我們在本招股説明書中可能提供的特定系列認股權證的所有條款的約束，並通過引用這些條款進行了全面限定。我們敦促您閲讀與我們在本招股説明書中可能提供的特定系列認股權證相關的適用招股説明書補充文件，以及任何相關的免費書面招股説明書，以及包含認股權證條款的完整認股權證協議和認股權證證書。

我們將在適用的招股説明書補充文件中描述與一系列發行認股權證有關的條款，包括：

在行使認股權證之前，認股權證持有人將不享有行使認股權證時可購買的任何權利，包括：

每份認股權證將授權持有人以我們在適用的招股説明書補充文件中描述的行使價購買我們在適用的招股説明書補充文件中規定的證券。除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有規定，否則認股權證持有人可以在我們在適用的招股説明書補充文件中規定的到期日的指定時間之前隨時行使認股權證。到期日營業結束後，未行使的認股權證將失效。

除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有規定，否則認股權證持有人可以通過交付代表待行使認股權證的認股權證以及特定信息來行使認股權證，並按照適用的招股説明書補充文件的規定，以即時可用的資金向認股權證代理人支付所需金額。我們將在認股權證的背面和適用的招股説明書補充文件中列出認股權證持有人在行使認股權證時必須向認股權證代理人提供的信息。

收到所需的款項以及認股權證在認股權證代理人的公司信託辦公室或適用的招股説明書補充文件中規定的任何其他辦公室正確填寫並正式執行後，我們將發行和交付行使此類證券。如果行使的認股權證少於認股權證所代表的所有認股權證，則我們將為剩餘金額的認股權證簽發新的認股權證。如果我們在適用的招股説明書補充文件中如此説明，則認股權證的持有人可以按認股權證行使價的全部或部分交出證券。

除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有規定，否則認股權證和認股權證協議以及由認股權證或認股權證協議引起或與之相關的任何索賠、爭議或爭議，將受紐約州法律管轄，並根據紐約州法律進行解釋。

根據適用的認股權證協議，每位認股權證代理人將僅充當我們的代理人，不會與任何認股權證的任何持有人承擔任何義務或代理或信託關係。一家銀行或信託公司可以充當多份認股權證的認股權證代理人。如果我們根據適用的認股權證協議或認股權證發生任何違約，包括提起任何法律或其他訴訟或向我們提出任何要求的義務或責任，認股權證代理人將不承擔任何義務或責任。未經相關認股權證代理人或任何其他認股權證持有人同意，任何認股權證持有人均可通過適當的法律行動強制執行其行使認股權證的權利，並獲得行使認股權證時可購買的證券。

我們可以以註冊形式發行證券，也可以以一種或多種全球證券的形式發行證券。我們在下面更詳細地描述了全球證券。我們將那些在我們或任何適用的受託人或存託機構為此目的保存的賬簿上以自己的名義註冊證券的人稱為這些證券的 “持有人”。這些人是證券的合法持有人。我們將那些通過他人間接擁有未以自己名義註冊的證券的受益權益的人稱為這些證券的 “間接持有人”。正如我們在下文討論的那樣，間接持有人不是合法持有人，以賬面記賬形式或街道名稱發行的證券的投資者將是間接持有人。

正如我們將在適用的招股説明書補充文件中規定的那樣，我們只能以賬面記錄形式發行證券。這意味着證券可以由一種或多種以金融機構名義註冊的全球證券代表，該金融機構代表參與存託人賬面記錄系統的其他金融機構持有這些證券。這些參與機構被稱為參與者，反過來又代表自己或其客户持有證券的實益權益。

只有以其名義註冊證券的人才被承認為該證券的持有人。全球證券將以存託人或其參與者的名義登記。因此，對於全球證券，我們將只承認存管人為證券的持有人，我們將向存管機構支付證券的所有款項。存管機構將其收到的款項轉交給參與者，而參與者又將款項轉給作為受益所有人的客户。存管機構及其參與者是根據他們與彼此或與客户達成的協議這樣做的；根據證券條款，他們沒有義務這樣做。

因此，全球證券的投資者不會直接擁有證券。相反，他們將通過參與存管人賬面記錄系統的銀行、經紀人或其他金融機構擁有全球證券的實益權益，或通過參與者持有權益。只要證券以全球形式發行，投資者將是證券的間接持有者，而不是合法持有者。

在 “—全球證券終止的特殊情況” 中所述的某些情況下，全球證券可能會被終止，或者發行非全球發行的證券。在這些情況下，投資者可以選擇以自己的名義或 “街道名稱” 持有證券。投資者以街道名義持有的證券將以投資者選擇的銀行、經紀商或其他金融機構的名義登記，而投資者只能通過其在該機構開設的賬户持有這些證券的實益權益。

對於以街道名義持有的證券，我們或任何適用的受託人或存託機構將僅承認以其名義註冊證券的中介銀行、經紀商和其他金融機構為這些證券的持有人，我們或任何此類受託人或存託機構將向他們支付這些證券的所有款項。這些機構將收到的款項轉交給作為受益所有人的客户，但這僅僅是因為他們在客户協議中同意這樣做，或者因為法律要求他們這樣做。以街道名義持有證券的投資者將是這些證券的間接持有人，而不是持有者。

我們的義務以及我們或受託人僱用的任何適用受託人或第三方的義務僅適用於證券的合法持有人。對於以街名或任何其他間接方式持有全球證券實益權益的投資者，我們不承擔任何義務。無論投資者選擇成為證券的間接持有人，還是因為我們僅以全球形式發行證券而別無選擇，情況都將如此。

例如，一旦我們向法定持有人付款或發出通知，即使根據與其參與者或客户達成的協議或法律要求該合法持有人將其轉交給間接持有人，但沒有這樣做，我們對付款或通知不承擔任何進一步的責任。同樣，我們可能希望獲得持有人的批准才能修改契約，以減輕我們違約的後果或我們遵守契約特定條款的義務或用於其他目的。在這種情況下，我們只會尋求證券的合法持有人的批准，而不是間接持有人的批准。合法持有人是否以及如何聯繫間接持有人取決於合法持有人。

如果您通過銀行、經紀人或其他金融機構持有證券，無論是由於證券由一種或多種全球證券代表而採用賬面記賬形式，還是以街道名稱持有證券，則應向自己的機構查詢，以瞭解：

全球證券是一種代表存管機構持有的一種或任何其他數量的個人證券的證券。通常，由相同全球證券代表的所有證券將具有相同的條款。

以賬面記賬形式發行的每種證券都將由我們發行的全球證券代表，以我們選擇的金融機構或其代理人的名義進行存款和註冊。我們為此目的選擇的金融機構稱為存託機構。除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有規定，否則DTC將是所有以賬面記賬形式發行的證券的存託機構。

除非出現特殊的終止情況，否則不得將全球證券轉讓給存管人、其指定人或繼承保管人以外的任何人或以其名義登記。我們將在下文 “——全球安全終止的特殊情況” 中描述這些情況。根據這些安排，存託人或其提名人將成為全球證券所代表的所有證券的唯一註冊所有人和合法持有人，投資者只能擁有全球證券的受益權益。受益權益必須通過在經紀人、銀行或其他金融機構開立賬户的方式持有，而經紀商、銀行或其他金融機構又在存託機構或其他有賬户的機構開立賬户。因此，以全球證券為其證券的投資者將不是該證券的合法持有人，而只是全球安全受益權益的間接持有人。

如果特定證券的招股説明書補充文件表明該證券將作為全球證券發行，則除非全球證券終止，否則該證券將始終以全球證券為代表。如果終止，我們可能會通過其他賬面記錄清算系統發行證券，或者決定不再通過任何賬面記錄清算系統持有證券。

作為間接持有人，投資者與全球證券相關的權利將受投資者金融機構和存管機構的賬户規則以及與證券轉讓有關的一般法律的管轄。我們不承認間接持有人是證券持有人，而是隻與持有全球證券的存管機構打交道。

如果證券僅作為全球證券發行，則投資者應注意以下幾點：

投資者的所有權鏈中可能有多個金融中介機構。我們不監控任何這些中介機構的行為，也不對這些中介機構的行為負責。

在下文所述的幾種特殊情況下，全球證券將終止，其中的權益將換成代表這些利益的實物證書。在那次交易之後，直接持有證券還是以街道名義持有證券將由投資者決定。投資者必須諮詢自己的銀行或經紀人，以瞭解如何將他們在證券中的權益轉移到自己的名下，這樣他們才能成為直接持有人。我們在上面描述了持有人和街道名投資者的權利。

除非我們在適用的招股説明書補充文件中另有規定，否則全球安全將在出現以下特殊情況時終止：

適用的招股説明書補充文件還可能列出終止全球證券的其他情況，這些情況僅適用於適用的招股説明書補充文件所涵蓋的特定系列證券。當全球證券終止時，存託機構，無論是我們還是任何適用的受託人，都沒有責任決定將成為初始直接持有人的機構的名稱。

我們可能會通過承保的公開募股、直接向公眾銷售、協商交易、大宗交易或這些方法的組合不時出售本協議涵蓋的證券。本招股説明書中提供的這些證券的分配也可以通過發行衍生證券（包括但不限於和認股權證）來實現。我們可能會向或通過承銷商或交易商、代理人或直接向一個或多個購買者出售證券。我們可能會不時通過一項或多筆交易分發證券：

我們還可以按照《證券法》第415條的定義在 “市場發行” 中出售本註冊聲明所涵蓋的股權證券。此類證券可以在現有交易市場中以固定價格以外的交易市場進行此類發行，方法是：

這類 “市場發行”（如果有）可以由承銷商作為委託人或代理人進行。

一份或多份招股説明書補充文件（以及我們可能授權向您提供的任何相關的免費書面招股説明書）將描述證券的發行條款，在適用範圍內包括：

只有招股説明書補充文件中提及的承銷商才是招股説明書補充文件所提供的證券的承銷商。

如果使用承銷商進行出售，他們將以自己的賬户收購證券，並可能不時以固定公開發行價格或出售時確定的不同價格通過一次或多筆交易轉售證券。承銷商購買證券的義務將受適用的承保協議中規定的條件的約束。我們可以通過由管理承銷商代表的承保集團或沒有辛迪加的承銷商向公眾提供證券。在某些條件下，承銷商將有義務購買招股説明書補充文件中提供的所有證券，但購買額外證券的任何期權所涵蓋的證券除外。任何公開發行價格以及允許或重新允許或支付給經銷商的任何折扣或優惠可能會不時發生變化。我們可能會使用與我們有實質關係的承銷商。我們將在招股説明書補充文件中描述任何此類關係的性質，並指定承銷商。

我們可能會直接出售證券，也可以通過我們不時指定的代理人出售證券。我們將列出參與證券發行和銷售的任何代理人，並將在招股説明書補充文件中描述我們將向該代理人支付的任何佣金和其他報酬。除非招股説明書補充文件另有規定，否則我們的代理商將在其任命期間盡最大努力採取行動。

根據規定在未來特定日期付款和交割的延遲交割合同，我們可以授權代理人或承銷商向某些類型的機構投資者徵求要約，以招股説明書補充文件中規定的公開發行價格向我們購買證券。我們將在招股説明書補充文件中描述這些合同的條件以及我們為招標這些合同而必須支付的佣金。

我們可能會向代理人和承銷商提供與本次發行相關的民事責任的賠償，包括《證券法》規定的負債，或者為代理人或承銷商可能為這些負債支付的款項提供補償。代理人和承銷商可以在正常業務過程中與我們進行交易或為我們提供服務。

除普通股外，我們可能提供的所有證券都將是新發行的證券，沒有成熟的交易市場。任何代理人或承銷商都可以交易這些證券，但沒有義務這樣做，並且可以隨時停止任何做市活動，恕不另行通知。我們無法保證任何證券交易市場的流動性。目前，除了我們在納斯達克資本市場上市的普通股外，任何已發行的證券都沒有市場。我們目前沒有在任何證券交易所或報價系統上市的債務證券、優先股或認股權證的計劃；任何與任何特定債務證券、優先股或認股權證有關的此類上市將視情況在適用的招股説明書補充文件或其他發行材料中進行描述。

根據《交易法》M條例第103條，任何承銷商均可進行超額配股、穩定交易、空頭回補交易和罰款出價。超額配股涉及超過發行規模的銷售，從而形成空頭頭寸。穩定交易允許出價購買標的證券，只要穩定出價不超過規定的最高限額。空頭回補交易涉及在分配完成後在公開市場上購買證券以彌補空頭頭寸。當交易商最初出售的證券是在穩定或回補交易中購買以彌補空頭頭寸時，罰款投標允許承銷商從交易商那裏收回賣出特許權。這些活動可能導致證券價格高於原本的價格。如果開始，承銷商可以隨時停止任何活動。這些交易可以在任何交易所或場外交易市場或其他地方進行。

任何在納斯達克資本市場上合格做市商的代理人和承銷商均可根據M條例第103條，在發行定價前的工作日內，開始要約或出售證券之前，在納斯達克資本市場進行證券的被動做市交易。被動做市商必須遵守適用的交易量和價格限制，並且必須被認定為被動做市商。通常，被動做市商的出價必須不超過此類證券的最高獨立出價；但是，如果所有獨立出價都降至被動做市商的出價以下，則在超過某些購買限額時必須降低被動做市商的出價。被動做市可能會將證券的市場價格穩定在高於公開市場上可能出現的水平，如果開始，則可能隨時停止。

根據金融業監管局（FINRA）的指導方針，任何FINRA成員或獨立經紀交易商獲得的最大對價或折扣不得超過根據本招股説明書和任何適用的招股説明書補充文件發行的證券總額的8％。

與任何特定發行有關的任何封鎖條款的具體條款將在適用的招股説明書補充文件中描述。

除非適用的招股説明書補充文件中另有説明，否則本招股説明書及其任何招股説明書補充文件所提供的證券的有效性將由Cooley LLP轉移。我們將在適用的招股説明書補充文件中提及的律師，可以為我們或任何承銷商、交易商或代理人移交其他法律事務。

截至2022年12月31日和2021年12月31日以及當時截至該年度的合併財務報表已納入本招股説明書以及本招股説明書所構成的註冊聲明，是根據獨立註冊會計師事務所BDO USA, LLP的報告，經該公司作為審計和會計專家授權在本招股説明書中註冊成立。合併財務報表報告包含關於公司繼續經營能力的解釋性段落。

本招股説明書是我們根據《證券法》向美國證券交易委員會提交的S-3表格註冊聲明的一部分，不包含註冊聲明中以引用方式列出或納入的所有信息。每當本招股説明書中提及我們的任何合同、協議或其他文件時，提及的內容可能不完整，您應參閲註冊聲明中的證物或以引用方式納入本招股説明書的報告或其他文件的附錄，以獲取此類合同、協議或其他文件的副本。

我們向美國證券交易委員會提交年度、季度和當前報告、委託書和其他信息。我們的美國證券交易委員會文件可通過互聯網在美國證券交易委員會的網站向公眾公開，網址為 http://www.sec.gov。我們的10-K表年度報告、10-Q表季度報告和8-K表最新報告，包括對這些報告的任何修改，以及我們根據《交易法》第13（a）或15（d）條向美國證券交易委員會提交或提供給美國證券交易委員會的其他信息，也可以在我們網站的投資者部分免費訪問。在我們以電子方式向美國證券交易委員會提交此類材料或將其提供給美國證券交易委員會之後，這些文件將在合理可行的情況下儘快公佈。

我們的網站地址是 www.bionanogenomics.com。我們網站上包含或可通過我們的網站訪問的信息不是本招股説明書的一部分，也未以引用方式納入本招股説明書，在本招股説明書中包含我們的網站地址僅是無效的文本參考。

美國證券交易委員會允許我們 “以引用方式納入” 本招股説明書中，這意味着我們可以通過向您推薦另一份單獨向美國證券交易委員會提交的文件來向您披露重要信息。本招股説明書中以引用方式納入的文件的美國證券交易委員會文件號為001-38613。本招股説明書中以引用方式納入的文件包含您應閲讀的有關我們的重要信息。

以下文件以引用方式納入本文檔：

我們還以引用方式將我們在首次提交本招股説明書所依據的註冊聲明之日後根據《交易法》（i）第13（a）、13（c）、14或15（d）條向美國證券交易委員會提交的所有文件（根據表格8-K第2.02項或第7.01項提供的當前報告以及在該表格上提交的與此類項目相關的證物）以引用方式納入本招股説明書 a. 註冊聲明生效之前的一部分，以及 (ii) 註冊聲明生效之後但在終止之前本招股説明書涵蓋的所有證券發行中。這些文件包括定期報告，例如10-K表年度報告、10-Q表季度報告和8-K表最新報告，以及委託書。就本文件而言，此處或以引用方式納入本文檔的文件中包含的任何聲明將被視為已修改或取代，前提是本文檔或任何其他隨後提交的被視為以引用方式納入本文檔的文件中包含的聲明修改或取代了該聲明。

我們將根據書面或口頭要求向其免費提供招股説明書的每個人，包括任何受益所有人，提供本招股説明書中以引用方式納入本招股説明書但未隨招股説明書一起交付的任何或全部文件的副本，包括以引用方式特別納入此類文件的證物。如有任何文件請求，您應致函Bionano Genomics, Inc.，位於加利福尼亞州聖地亞哥市中心大道9540號100號92121或致電 (858) 888-7600 聯繫我們，提出任何文件請求。

就根據上述規定可能允許董事、高級管理人員或控制註冊人的人員補償根據《證券法》產生的責任而言，註冊人被告知，美國證券交易委員會認為，這種賠償違反《證券法》中規定的公共政策，因此不可執行。