附錄 3.1

指定證書

of

A 系列初級參與優先股

的

SYNLOGIC, INC.

（根據特拉華州通用公司法第 151 條）

Synlogic, Inc. 是一家根據特拉華州通用公司法組建和存在的公司（ 公司），特此證明公司董事會（董事會）已按照《通用公司法》第 151 條的要求於 2024 年 2 月 20 日 通過了以下決議：

決定，根據經修訂的 重述的公司註冊證書（公司註冊證書）的規定賦予董事會的權力，特此創建公司一系列面值為每股0.001美元的優先股，並決定 名稱和金額以及股票的權力、優惠和相對權利、參與權、可選權和其他特殊權利此類系列及其資格、限制或限制如下如下：

第 1 節名稱和金額。該系列的股票應被指定為A系列初級參與優先股 （A系列青少年參與優先股），構成A系列初級參與優先股的股票數量為61,500股。通過 董事會的決議，此類股份數量可以增加或減少； 提供的，任何減少都不會使A系列初級參與優先股的股票數量減少到少於當時已發行的股票數量加上 行使未償還期權、權利或認股權證或公司發行的任何已發行證券轉換為A系列初級參與優先股時預留髮行的股票數量。

第 2 部分。股息和分配。

(A) 在股息方面排名高於A系列初級參與優先股的公司 （優先股）（或公司任何其他股票）的任何系列優先股（面值0.001美元）的持有人的權利的前提下，A系列初級參與優先股 股票的持有人有權在董事會宣佈退出時獲得股息合法用於該目的的資金，在3月的最後一天，即6月以現金支付的季度股息，每年的9月和12月（每個這樣的 日均為季度股息支付日），從首次發行股份或部分股息之後的第一個季度股息支付日開始

股 A 系列初級參與優先股，每股金額（如果有）（四捨五入至最接近的美分），但須遵守下文規定的調整規定，等於 1,000 乘以所有現金分紅的每股總額，1,000 乘以所有非現金分紅或其他分配的總每股金額（以實物支付），但普通股應付股息除外，公司每股面值0.001美元（普通股）或已發行股份的細分自前一個季度股息支付日起，或就第一個季度股息支付日而言，自首次發行A系列初級參與優先股的任何股份或部分股份以來，在普通股 股上申報的普通股（通過重新分類或其他方式）。如果 公司應隨時申報或支付以普通股形式支付的普通股股息，或者將普通股的已發行股份（通過 重新分類或其他方式，而不是通過支付普通股股息）進行細分、合併或合併為更多或更少數量的普通股，則在每種情況下，A系列初級股票參與者的金額根據前述規定，優先股 是在此類事件發生前夕獲得授權的應通過將該金額乘以分數來調整句子，分數的分子是該事件發生後立即發行的普通股數量， 其分母是該事件發生前夕已發行的普通股數量。

(B) 公司應在宣佈普通股（普通股應付股息除外 ）的股息或分配，立即按照本第2節（A）段的規定宣佈對A系列初級參與優先股進行分紅或分配。

(C) 根據本第 2 節 (A) 段到期的股息應從 A 系列初級參與優先股發行之日算起 開始累計並累計，除非此類股票的發行日期早於第一個季度股息支付日的 記錄日期，在這種情況下，此類股票的股息應從發行之日起開始累計此類股票，或者除非發行日期是季度股息支付日或之後的某個日期確定有權獲得季度股息的A系列初級參與優先股持有人的 記錄日期，在該季度股息支付日之前，無論哪種情況，此類股息均應開始 累積並自該季度股息支付日起累積。應計但未付的股息不應計息。對A系列初級參與優先股股票支付的股息，其金額低於此類股票應計和支付時此類股息的總金額，應按比例分配 逐股分享當時所有此類股票的發行基準。董事會 可以確定一個記錄日期，以確定A系列初級參與優先股股票的持有人有權獲得據此宣佈的股息或分配，該記錄日期不得超過固定支付日期的60天。

第 3 節投票權。A系列初級參與型 優先股的持有人應擁有以下投票權：

(A) 在遵守下文規定的調整條款的前提下， A系列初級參與優先股的每股股東應有權就提交公司股東表決的所有事項獲得1,000張選票。如果公司應隨時宣佈或支付以普通股形式支付的普通股的任何股息 ，或者將普通股的已發行股份（通過重新分類或其他方式而不是通過支付普通股股息）進行細分、合併或合併為 或多或少的普通股，則在每種情況下，股票持有人的每股選票數 A系列青少年參與優先股在此類活動前夕有權獲得可通過 將該數字乘以分數進行調整，分數的分子是該事件發生後立即發行的普通股數量，其分母是該事件發生前立即流通的 普通股數量。

(B) 除非公司註冊證書（包括創建一系列優先股或任何類似股票的任何其他指定證書 ）中另有規定，否則A系列初級參與優先股的股份持有人以及擁有一般 表決權的公司普通股和任何其他股本的持有人應作為一個類別共同對提交給公司股東表決的所有事項進行投票。

(C) 除非本文規定 另有規定或法律另有要求，否則A系列初級參與優先股的持有人沒有特別投票權，也無需他們的同意（除非他們有權向本文規定的 普通股持有人進行投票）來採取任何公司行動。

第 4 部分。某些限制。

(A) 每當拖欠第 2 節 規定的 A 系列初級參與優先股的季度股息或其他應付股息或分配時，此後以及直到已發行的 A 系列初級參與優先股的所有應計和未付股息和分配（無論是否申報）均應全額支付，公司 不得：

(i) 對A系列初級參與優先股的任何股票（股息或清算、解散或清盤時的 ）申報或支付股息，或進行任何其他分配；

(ii) 申報或支付與A系列初級參與優先股平價（無論是股息還是在 清算、解散或清盤時）排名的股票的股息，或進行任何其他分配，但A系列初級參與優先股和所有應支付或拖欠股息的 平價股票按比例支付的股息除外，股息與所有此類股票的持有人總金額成比例然後有資格；或

(iii) 贖回、購買或以其他方式收購A系列初級參與優先股的任何股票（無論是分紅還是在清算、解散或清盤時）作為對價的股份，前提是公司可以隨時贖回、購買或以其他方式收購任何此類次級股票的股份，以換取公司排名次要的任何股票（分紅以及在解散、清算或清盤時）轉至 A 系列初級 參與優先股。

(B) 公司不得允許公司的任何子公司以對價購買或以其他方式收購 公司的任何股票，除非公司能夠根據本第 4 節 (A) 段在此時以這種方式購買或以其他方式收購此類股份。

第 5 節。重新收購的股份。 公司以任何方式購買或以其他方式收購的任何A系列青少年參與優先股的股份應在收購後立即報廢並取消。公司應採取一切必要行動，使所有這些股票成為授權但未發行的優先股 股，這些股票可以作為新系列優先股的一部分重新發行，但須遵守本協議或公司註冊證書中規定的發行條件和限制，包括創建一系列 優先股或任何類似股票的任何指定證書，或法律另有要求。

第 6 節。清算、解散或清盤。

(A) 在公司自願或以其他方式進行任何清算、解散或 清盤時，不得向A系列初級參與優先股（無論是股息還是清算、解散或清盤時）的持有人分配A系列初級參與優先股，除非在此之前，A系列初級參與優先股的持有人應獲得每股金額（A系列 清算優先股），但須遵守下文規定的調整準備金等於1,000乘以總數向普通股持有人分配的每股金額加上等於任何應計 和未付股息的金額。如果公司應隨時申報或支付以普通股形式支付的普通股股息，或者將普通股 的已發行股份（通過重新分類或其他方式，而不是通過支付普通股股息）進行細分、合併或合併為更多或更少數量的普通股，則在每種情況下，A系列初級股票持有人的總金額 根據該事件，參與的優先股有權在此類事件發生之前立即獲得前一句應通過將該金額乘以分數來進行調整，分數的分子是該事件發生後立即發行的普通股數量 ，其分母是該事件發生前夕已發行的普通股數量。

(B) 如果沒有足夠的可用資產來全額支付A系列清算優先股和公司所有其他類別和系列股票（如果有）的清算 優先股的清算 優惠，則可用於此類分配的資產應按比例分配給A系列初級參與優先股的持有人和此類平價股的持有人根據他們各自的清算偏好。

(C) 本第 6 節所指的公司合併或合併或與其他實體的合併或 任何其他實體與公司的合併或合併均不應被視為公司的清算、解散或清盤。

第 7 節。合併、合併等如果公司進行任何合併、合併、合併或其他 交易，將普通股交換成或變更為其他股票或證券、現金和/或任何其他財產，則在任何此類情況下，A系列初級參與優先股的每股應同時進行類似的交換或變更為每股金額，但須遵守下文規定的調整規定，等於1,000乘以總金額股票、證券、現金和/或任何其他財產（應付款）以 為例，將每股普通股變更或交換成哪個或換成哪一股。如果公司應隨時申報或支付以普通股形式支付的普通股股息，或者對普通股的已發行股進行細分 或合併或合併為更多或更少數量的普通股，則在每種情況下 中規定的金額（通過重新分類或其他方式，而不是通過支付普通股股息）A系列初級參與優先股的股份交換或變更應為通過將該金額乘以分數進行調整，分數的分子是該事件發生後立即發行的 股普通股數量，其分母是該事件發生前夕已發行的普通股數量。

第 8 節修正案。在任何 A 系列初級參與優先股已發行和流通期間，不得以任何方式修改 公司註冊證書，包括合併或合併，否則將改變、更改或廢除 A 系列初級參與優先股的權力、優惠或特殊權利，從而對其產生不利影響 ，如果沒有至少三分之二的A系列初級參與優先股的持有人投贊成票，將其作為單一投票班級。

第 9 節。等級。除非任何此類系列的條款另有規定，否則A系列初級參與優先股在股息支付方面以及在 清算、解散和清盤時，其排名應排在所有其他系列優先股的次要地位，並且在這類 事項上排名優先於普通股。

為此，本指定證書由公司正式授權的官員於2024年2月20日代表公司 簽署，以昭信守。