附件10.1
研究服務協議
本研究服務協議(“協議”)於2022年2月4日(“生效日期”)簽訂,由特拉華州的Ampio製藥公司和科羅拉多州的有限責任公司創傷性研究有限責任公司簽訂,前者的地址是科羅拉多州恩格爾伍德80112號因弗內斯公園大道373號,後者的地址是80110號東牛津巷900號(以下簡稱“承包商”)。業主和承包商在本文中可單獨稱為“一方”,並統稱為“雙方”。
1.服務的接洽。雙方可以簽訂一個或多個研究項目分配(其形式作為本協議的附件A)(每個已執行的研究項目分配,一份“研究項目分配”)。一旦執行,每個研究項目轉讓將對各方具有約束力,並併入本協議。承包商應在每個研究項目任務中規定的完成日期前提供研究服務(下稱“服務”)。
2.補償。在期限內,公司將向承包商支付每個研究項目轉讓中規定的費用,用於根據本協議提供的服務和任何此類研究項目轉讓(“承包商服務費”)。承包商只有在收到承包商發票後三十(15)天內,才能報銷研究項目分配中明確規定的費用或公司事先書面批准的費用,前提是承包商提供了公司可能合理要求的授權費用的文件。除承包商未糾正的違反本協議以外的任何原因終止本協議時,承包商將僅根據研究項目分配中所述的在終止前已及時和適當完成的工作的基礎向承包商支付服務費。如果由於承包商違反本協議而終止本協議,承包商將有權不再從公司獲得任何進一步的付款。
3.研究項目。
3.1服務將在David Bar博士或(“首席調查員”)的指導下進行,並將在承包商選擇的一個或多個其他合適的設施進行。首席調查員應適當地監督所有提供與服務有關的服務的人員,並應確保他們遵守本協議的條款和研究項目任務中確定的任何要求。
3.2業主與首席調查員進行協商和溝通的指定代表應為Mike Martino或業主不時以書面形式指定給承包商和首席調查員的其他人員。
3.3在任期內,公司代表可親自或通過電話與首席調查員和其他承包商代表就服務進行非正式磋商。承包商在諮詢過程中進行的工作應在首席調查員的合理控制下進行,但應在合理的基礎上對工作進行觀察。
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3.4首席調查員應公司指定代表的要求,在任期內每年提交最多四份口頭報告。在本協議終止後九十(90)天內,首席調查員應編寫一份最終報告,總結通過履行服務所開展的所有活動和取得的成就。
4.唱片。承包商應保存與服務直接相關的準確財務和科學記錄,這些記錄應全面、恰當地反映在服務執行中完成的所有工作和取得的結果(包括適用法律和法規要求的所有數據),並應在協議終止後的整個期限內和一年內向公司或其授權代表提供此類記錄,或在合理通知後,在正常營業時間內法律要求的較長時間內提供此類記錄。在銷燬或以其他方式處置任何此類記錄之前,承包商應向公司提供合理的機會,讓公司自費擁有這些記錄。
5.獨立承包商關係。雙方在本合同項下的關係是獨立承包人的關係。本協議的任何內容都不打算、也不應被解釋為在雙方之間建立夥伴關係、代理關係、合資企業關係或僱傭關係。承包商應控制履行本協議項下承包商義務的方式和方法,包括保留代表承包商行事的第三方,例如瑞典部門、瑞典實驗室和聖安東尼部門的工作人員(“承包商代理人”),但前提是承包商應促使承包商代理人遵守本協議第6節的規定,承包商應對承包商代理人的表現負責。承包商將無權享受公司可能向其員工提供的任何福利,包括但不限於團體健康或人壽保險、利潤分享或退休福利。承包商無權代表公司作出任何陳述、合同或承諾,除非公司經理以書面形式明確要求或授權這樣做。承包商單獨負責並將及時提交與履行本協議項下的服務和收取本協議項下的費用有關的所有需要向任何聯邦、州或地方税務機關提交或支付的納税申報單和付款。承包商單獨負責並必須充分記錄在履行本協議項下的服務過程中發生的費用。承包商補償的任何部分將不會被公司扣留,用於支付任何社會保障税、聯邦税、州税或任何其他員工工資税。在公司辦公場所內或使用公司設備時,承包商應遵守公司有關商業和辦公室行為的所有適用政策, 健康和安全,以及使用公司的設施、用品、信息技術、設備、網絡和其他資源。
6.機密信息。
6.1保密信息的定義。本協議中所指的任何和所有技術和非技術信息,包括專利、版權、商業祕密和專有信息、技術、草圖、圖紙、模型、發明、專有技術、工藝、設備、設備、算法、軟件程序、軟件源文件和公式,與公司、其供應商和客户當前、未來和擬議的產品和服務有關,包括但不限於公司各自的研究、試驗工作、開發、設計細節和規格、工程、財務信息、採購要求、採購、
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製造、客户名單、業務預測、銷售和銷售以及營銷計劃和信息。服務執行的所有數據或結果應為保密信息,並由公司獨家擁有。保密信息還包括任何第三方的專有或保密信息,這些第三方在開展公司的業務或履行本協議項下的各自服務時可能向公司或承包商披露此類信息。
6.2保密義務和不使用義務。承包商僅將保密信息用於履行服務規定的義務,僅為公司的利益服務。承包商同意,其對待所有機密信息的謹慎程度與對待其自身機密信息的程度相同,但在任何情況下都應採取不低於合理謹慎的態度。承包商同意,其只能向需要了解機密信息以執行研究項目任務的員工以及先前同意遵守與本協議基本相似的條款和條件的員工披露機密信息,無論是作為僱用條件還是為了獲取機密信息。任何未經授權使用或披露保密信息的行為,承包商應立即通知業主。承包商同意協助公司糾正任何此類未經授權使用或披露保密信息的行為。在提供本合同項下的服務時,如果承包商希望向第三方披露保密信息,承包商必須事先徵得公司的書面同意,並向公司提供一份已簽署的保密協議副本,以約束該第三方遵守至少與第6條中包含的保密條款同樣嚴格的條款。
6.3不履行保密義務和不使用義務。當承包商能夠證明:(A)在業主向承包商傳達信息時或之後,機密信息在業主傳達給承包商時或之後處於公共領域;(B)在業主向承包商傳達時或之後,承包商合法地擁有機密信息而不承擔任何保密義務;(C)承包商的僱員或代理人獨立於業主傳達給承包商的任何信息而開發的;(C)承包商的僱員或代理人開發的保密信息應終止。
6.4授權披露。本協議不應限制承包商在適用法律要求的範圍內或任何司法、監管、執法或政府機構要求的範圍內披露保密信息,但承包商應在法律允許的範圍內向公司發出關於該要求或請求的通知,以便公司可以尋求(由公司承擔費用)保護令或其他適當的救濟。
6.5第三方信息的披露。任何一方不得向另一方傳達任何信息,侵犯任何第三方的專有權利。
6.6出版和學術權利。未經業主事先書面同意,承包商不得就本協議或本協議細節的存在發佈任何新聞稿或進行任何公開演示或公告;但此類限制不適用於承包商組織內或法律要求的披露或報告。任何一方不得使用對方的名稱或其高級管理人員、董事、
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或員工未經另一方事先書面同意,擅自在任何廣告、銷售、促銷或宣傳材料中使用。服務的結果可以在科學文獻中發表,也可以用於提交給監管機構。雙方的意圖是,公司和首席調查員將共同發佈或展示服務的結果,除非事先獲得公司的具體許可,承包商可以單獨發佈結果。對於承包商發佈的單獨結果,承包商必須在提交前三十(30)天向公司提供一份供發佈或演示的材料副本,以便公司可以:(A)審查此類材料的背景信息的準確性,(B)確定此類發佈不會損害公司正在進行的專利權或任何機密信息,以及(C)採取必要行動保護公司專利權。
7.公司財產的所有權。
7.1公司是公司財產的唯一和獨家所有人。“公司財產”是指(A)由公司向承包商提供的、承包商在為公司或與公司合作的生效日期之前生產的、或在生效日期之後由承包商在履行本協議時或根據任何研究項目任務生產的所有材料(包括但不限於所有文件、數據、報告、圖紙、分析、設備、產品、原型、服務和其他工作);以及(B)在生效日期之前或之後產生的所有版權、專利、商業祕密、發明和其他專有或知識產權。承包商履行本協議或根據任何研究項目任務或履行任何服務。“公司財產”一詞不包括承包商在履行服務之前獲得的任何一般知識、方法、流程、產品、設備或經驗,也不包括從無關來源獲得的與履行服務平行的經驗。在法律允許的最大範圍內,公司在生效日期之前或之後生產的所有財產應被視為為公司利益而出租的作品,正如美國聯邦和國際版權法對該術語的定義。在公司財產可能不被視為出租工程的範圍內,承包商在此不可撤銷地無條件地將其在公司財產中的所有權利、所有權和權益出售、轉讓和轉讓給公司,而無需額外的對價。承包商應迅速簽署並交付業主合理要求的所有文件和文書,以證明此類轉讓,承包商應獲得為履行本義務而產生的合理費用的補償。此外,承包商在此以不可撤銷的方式放棄並放棄任何不可轉讓的權利,包括任何“道德”權利, 該承包商或其任何僱員、管理人員或代理人可能擁有公司的任何財產。
7.2承包商無條件地向公司授予非獨家的、永久的、不可撤銷的、全球範圍內的、全額支付的權利和許可,有權通過多個級別的從屬被許可人,根據任何用於或併入公司財產或以其他方式開發公司財產所必需的承包商的任何版權、專利、商業祕密、發明和其他知識產權或專有權利,進行再許可:(A)以任何媒介或格式複製、創作衍生作品、分發、公開表演、公開展示、傳播和以其他方式使用公司財產,無論是現在已知的還是以後發現的,(B)使用、製造、製造、出售、要約出售、進口、及(C)不受限制地行使本公司財產的任何及所有其他現有或未來權利。
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7.3承包者聲明並保證其僱員、代理人(包括首席調查員)和為承包者或與承包者相關的任何其他服務人員有合同義務將公司財產的所有權利、所有權和利益傳達給公司,並且承包商允許訪問機密信息或公司財產的所有第三方將簽訂保密、保密和發明轉讓協議,其條款至少與本協議中的條款一樣保護機密信息和公司財產。
8.返還公司財產。承包商同意應公司的要求,在任何時候及時向公司交付公司財產的原件和任何副本。當任何一方因任何原因終止本協議時,承包商同意立即向公司交付或由公司選擇銷燬公司財產的原件和任何副本。如果公司提出要求,承包商同意書面證明承包商已退還或銷燬所有此類公司財產。
9.材料轉移。
9.1預計在服務過程中,公司將向承包商提供各種化學和生物材料,包括但不限於化合物、細胞系、組織和流體樣本,以及由公司擁有或專有(或由獲得該等材料的第三方專有)的相關技術和數據(“公司材料”)。公司應提供公司所需的任何材料。根據雙方簽訂的單獨材料轉讓協議履行服務。業主有權自行決定將公司提供給承包商的材料分發給其他人,並將其用於自己的目的。
9.2未經公司事先書面同意,首席調查員應僅將公司材料用於與服務有關的用途,不得將其用於任何其他目的,事先書面同意不得無理拒絕。承包商不得向首席調查員直接監督下的實驗室人員以外的任何個人或實體分發、發佈或以任何方式披露公司材料。除研究項目分配明確規定外,承包商不得對任何公司材料進行反向工程、反編譯、解碼、拆解或以其他方式嘗試確定特定配方或成分。
9.3承包商應確保,除非獲得公司書面許可,否則任何人不得將公司材料帶到或發送到任何其他地點。公司材料由承包商和公司提供,僅用於實驗室動物或體外實驗的研究用途。公司材料、任何經其處理或從中衍生的化學或生物材料均不得用於人體。
9.4本協議和由此產生的公司材料轉讓構成僅將公司材料用於服務目的的許可。除本協議另有規定外,接受方同意,根據本第9條的規定,不應被視為授予任何專利下的任何權利。應業主的要求,承包商應歸還所有未使用的業主材料,無論是否在合同期限內。
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9.5公司提供的任何材料都是試驗性的,不應對適銷性或特定用途的適用性或任何其他明示或默示的保證作出保證。對於使用公司材料不會侵犯任何專利或其他專有權,不作任何陳述或保證。
9.6在任何情況下,公司對承包商使用公司材料,或因本協議或公司材料的使用、搬運或儲存而引起或與之相關的任何種類或性質的損失、索賠、損害或責任概不負責。
9.7承包商應按照適用於公司材料的所有法律、政府法規和指導方針使用公司材料。
10. | 任期和解約期。 |
10.1學期。本協議自上文規定的生效日期起生效,並將一直持續到下述規定的終止(下稱“條款”)為止。
10.2由公司終止。業主可在提前九十(90)天書面通知承包商後,隨時終止本協議,無論是否有理由。
10.3承包商終止合同。承包商可在提前九十(90)天書面通知業主後,隨時終止本協議,不論是否有任何理由。
10.4生存。第4、5、6、7、9.5、10、11、13和17-23節在本協議終止或到期後繼續有效。
11.通知。一方被要求或被允許向另一方發出的任何通知,應以親自遞送或掛號信、要求的回執、按下文第11條規定的適當地址或另一方不時以書面指定的其他地址寄給另一方的方式發出。任何這類通知的面交日期或郵寄日期應被視為其交付日期。
IFO公司: | 因弗內斯公園大道373號,套房200 | |
| 安格爾伍德,科羅拉多州80112 | |
| 收信人:首席執行官邁克爾·A·馬蒂諾 | |
如果給承包商: | 牛津東街900號 | |
| 安格爾伍德,科羅拉多州80110 | |
| 收信人:大衞·巴爾博士 | |
12. | 回覆12投訴和擔保。 |
12.1質量。承包商聲明並向業主保證,根據本協議執行的服務應以當前良好且健全的專業程序和做法所要求的技能和謹慎程度進行,並符合執行工作時普遍接受的專業標準,以便
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確保所提供的服務符合本協議和相關研究項目任務中預期的目的。
12.2合規性。承包商聲明並向公司保證,在履行服務的過程中以及與本合同項下的所有活動相關的情況下,承包商將遵守適用的法律、規則、法規、指導方針和普遍接受的標準,包括但不限於美國食品和藥物管理局(FDA)的法規,並且承包商過去、將來、將來都不會以任何身份使用根據1992年《仿製藥執法法》或任何其他相當於後續法規、規則或法規的FDA禁止或取消資格的人員的服務。承包商同意,如果承包商或任何此類人員已被取消資格或取消資格,或已就取消資格或取消資格提起訴訟,則無論此類取消資格或程序是否發生在服務執行期間或之後,承包商均應立即書面通知業主。業主有權在收到承包商的通知後終止本協議,該通知稱承包商收到了關於解除禁令的訴訟通知或訴訟威脅,或根據本條款第12.2條的規定被禁止。此外,承包人同意在合同期限內始終遵守《Ampio PharmPharmticals,Inc.商業行為和道德準則》和《Ampio PharmPharmticals,Inc.內幕交易政策》,其中一份作為附件B,另一份作為附件C。
12.3將軍。承包商向業主表示並保證:(A)承包商有權訂立本協議,授予本協議中授予的權利,並充分履行本協議中承包商的所有義務;(B)承包商與公司訂立本協議,承包商履行服務,不會也不會與承包商受其約束的任何其他協議項下的任何違約或違約發生衝突或導致違約;(C)公司將獲得對公司所有財產的良好和有效的所有權,沒有任何類型的產權負擔和留置權;和(D)承包商有權約束瑞典和聖安東尼,控制瑞典部門、瑞典實驗室和聖安東尼部門的活動,並且該承包商與瑞典和聖安東尼簽訂了與本協議不相牴觸的協議。
12.4侵犯知識產權。承包商向公司表示,根據本合同提供、生產或執行的材料、產品、服務或其他工作任務不會侵犯任何個人或實體的版權、專利、商業祕密或許可證,或以其他方式侵犯其知識產權或專有權利。承包商同意賠償、辯護並使公司及其高級管理人員、董事、員工和代理人免受因任何此類侵權(無論承包商是否知道)以及針對公司提起的任何訴訟、要求或索賠而產生的任何和所有責任、成本和損害。承包商還同意支付因此類訴訟、要求或索賠而產生的任何判決或合理的和解提議,並支付所有損害賠償和律師費。如果存在此類索賠,承包商同意為公司採購繼續使用該材料的權利,將其替換為非侵權材料,或將其修改為非侵權材料。
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13.賠償。
13.1按公司。業主同意賠償、辯護承包商及其受託人、董事、高級管理人員、僱員、代理人和承包商(合稱“承包商受賠方”)因第三方索賠、要求、成本或判決而遭受的責任和損失(包括合理的律師費和費用),並使其免受最終判給或最終支付的損害賠償,只要此類損失源於:(I)承包商根據研究項目任務、公司指示和適用法律使用公司材料直接造成的第三方人身傷害;(Ii)任何公司受賠人(定義見下文)的疏忽、魯莽或故意不當行為;或(Iii)公司嚴重違反本協議。業主的賠償義務不適用於承包商根據下文第13.2條可賠償的任何損失。
13.2由承包商提供。承包商同意賠償、捍衞公司及其股東、董事、高級管理人員、僱員、代理人和承包商(“公司受賠方”)遭受的第三方損失,並使其不受損害,只要此類損失是由於以下原因引起的:(I)任何承包商受賠方未能遵守研究項目任務、本協議條款或適用法律;(Ii)任何承包商受賠方的疏忽、魯莽或故意不當行為;或(Iii)承包商實質性違反本協議。
14.保險。公司應自費為其高級管理人員、董事、僱員和代理人的行為和不作為維持業務和一般責任,包括但不限於因其贊助服務而可能產生的索賠、責任、損害和判決。所有此類保險的發放形式和金額應符合衞生保健行業的合理和慣例。應要求,應向承包商提供此保險範圍的書面文件。
15.利益衝突。承包商應採取合理的謹慎和努力,防止任何可能導致與公司任何利益衝突的行為或條件。在合同期限內,承包商不得接受任何與公司產生利益衝突或以任何方式影響本協議項下提供的服務的僱傭或諮詢工作。業主理解承包商單獨或與其他研究人員一起參與代表其他贊助商進行的研究。
16.棄權。任何一方未能堅持要求另一方嚴格遵守本協議的任何條款、契約或條件,不應被視為放棄該條款、契約或條件,也不應被視為在任何時間或任何其他時間放棄或放棄任何權利或權力。
17.治國理政。本協議受科羅拉多州法律管轄。
18.任務。本協議可由公司就收購(以任何方式)轉讓,包括通過與另一家公司合併或將其幾乎所有相關業務出售給另一家公司。本協議只能由業主在徵得承包商同意的情況下轉讓,不得無理扣留。未經業主事先書面同意,承包商不得轉讓服務或本協議的任何部分。
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19.整個協議。本協議構成雙方之間與本主題有關的全部協議,並取代關於該主題的所有先前或同時的口頭或書面協議。本協議的條款將適用於承包商為公司承擔的所有研究項目任務和服務。經雙方授權代表書面同意後,方可更改本協議。
20.2016年《保護商業祕密法》。承包商確認已收到《美國法典》第18編第1833(6)(1)條規定的下列通知:“根據任何聯邦或州商業祕密法,個人不應因以下情況而承擔刑事或民事責任:(A)以保密方式向聯邦、州或地方政府官員直接或間接或向律師披露商業祕密;以及(Ii)僅出於舉報或調查涉嫌違法的目的;或(B)在訴訟或其他程序中提起的申訴或其他文件中,如果此類備案是密封的。”
21.非懇求。雙方同意,在本協議終止或期滿後的十二(12)個月內,除非為另一方的利益或經另一方事先書面同意,否則不會以任何方式直接或間接地終止與另一方或其任何附屬公司或子公司的關係,不論原因為何(“限制期”):(A)提出僱用、誘使或試圖誘使另一方或其任何附屬公司或子公司的任何高級職員、僱員或代理人終止其與另一方或其任何附屬公司或子公司的關係;(B)直接或間接招攬或試圖招攬另一方的任何僱員;或(C)(I)召喚、招攬、轉移或帶走另一方或其任何供應商的任何客户、企業或潛在客户,及/或(Ii)以任何理由招攬、引誘或試圖説服另一方的任何其他顧問離開另一方的服務。為免生疑問,第21條的任何規定都不限制或禁止一方擁有和公佈現有職位空缺,或面試和僱用另一方的人員,只要他們不是直接徵求和/或迴應一方提供的一般職位空缺。如果與限制的地域或實質性範圍或限制的期限有關的規定超過了法院或主管管轄權將強制執行的最大區域或期限,當事各方同意,這些區域和期限應被視為具有管轄權的法院將在應召集此類法院的任何國家強制執行的最大區域或期限。
22.不顯示分辨率(_U)。
22.1除以下規定外,雙方之間因本協議引起或與本協議有關的任何爭議,或本協議的違反、終止或有效性,應通過具有約束力的仲裁來最終解決,仲裁應根據J.A.M.S./Endispute綜合仲裁規則和程序迅速進行。仲裁應受《美國仲裁法》第9編第16節管轄,對仲裁員所作裁決的判決可由任何有管轄權的法院作出。仲裁地點為科羅拉多州丹佛市。
22.2仲裁應在本合同任何一方提出書面仲裁請求之日起60天內開始。關於仲裁程序,仲裁員有權命令每一方當事人和任何第三方證人出示文件。此外,每一方當事人都有權進行最多三次書面陳述,
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仲裁員可酌情在移動一方提出好的理由的情況下允許補充證詞。但是,仲裁員無權命令回答質詢或對接納請求作出答覆。關於任何仲裁,仲裁當事各方應不遲於仲裁日期前七個工作日向另一方提供可在仲裁中作證的所有人員的身份,以及一方當事人的證人或專家可能提出或考慮或使用的所有文件的副本。仲裁員的決定和裁決應在選定仲裁員後六個月內作出和作出。仲裁員的決定應為任何損害賠償裁決或賠償責任裁決提供合理的依據。仲裁員無權判給超過實際補償性賠償金的損害賠償金,不得增加實際賠償金或判給懲罰性賠償金,雙方特此不可撤銷地放棄對此類損害賠償的任何索賠。
22.3每一方都約定並同意該方將本着善意參加仲裁。第22條同樣適用於臨時、初步或永久禁令救濟的請求,但在臨時或初步禁令救濟的情況下,任何一方都可以出於避免直接和不可彌補的損害的有限目的而在法庭上進行訴訟,而無需事先進行仲裁。
22.4每一方(A)在此不可撤銷地接受任何有管轄權的美國地方法院的司法管轄,以便在任何此類訴訟中執行裁決或決定,(B)在任何此類訴訟、訴訟或程序中,放棄並同意不以動議或其他方式作為抗辯或其他方式主張在任何此類訴訟、訴訟或程序中聲稱其本人不受上述法院管轄、其財產豁免或免於扣押或執行(受適用法律保護的除外)、該訴訟、訴訟或訴訟是在不方便的法院提起的、訴訟的地點、訴訟或程序不適當,或本協議或本協議的標的物不得在該法院或由該法院強制執行,並且(C)特此放棄並同意不尋求任何其他司法管轄權法院的任何複審,該法院可能被要求強制執行任何該法院的判決。締約雙方特此同意將法律程序文件以掛號郵遞方式送達,送達地址應為發出通知的地址。每一方同意其服從管轄權並同意以郵寄方式送達法律程序文件是為了另一方的明示利益。在任何該等訴訟、訴訟或法律程序中,任何一方敗訴的最終判決,可在其他司法管轄區借就判決而提出的訴訟、訴訟或法律程序強制執行,或以該其他司法管轄區的法律所規定或依據的任何其他方式強制執行。
23.對應者。本協議可以一式兩份簽署。
[簽名頁如下]
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雙方自生效之日起已簽署本協議,特此為證。
公司: | 承包商: | ||
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Ampio製藥公司 | 創傷研究有限責任公司 | ||
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由以下人員提供: | 邁克爾·A·馬蒂諾 | 由以下人員提供: | |
姓名: | 邁克爾·A·馬蒂諾 | 姓名: | 大衞·巴爾-或者 |
標題: | 董事長兼首席執行官 | |
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附件A
研究項目作業
本研究項目轉讓(以下簡稱“研究項目轉讓”)是Ampio製藥公司(下稱“公司”)與創傷研究有限責任公司(下稱“承包商”)之間於2022年2月4日簽訂的特定研究服務協議(以下簡稱“協議”)的後續協議,自2022年2月4日(“研究項目轉讓生效日期”)起生效。這項研究項目任務受協議條款的約束。本研究項目作業中任何與該協議不一致的項目均無效。
Ampio製藥公司和TR LLC研究合作:
研究計劃計劃
大衞·巴爾,醫學博士,梅麗莎·A·豪斯堡,博士,傑森·S·威廉姆斯,博士
Ampio FTE:格雷戈裏·W·託馬斯,拉斐爾·巴爾-或,克里斯汀·赫特,MS
執行摘要
離體將進行研究使用Ampion(AR-100和AR-300)研究1)軟骨形成,以支持疾病改善骨關節炎藥物(DMOAD)的應用;2)炎症組的作用機制,以支持骨關節炎(OA)以外的靶向適應症和開發應用。這些目標將得到A的支持)體外工作;B)RNA(轉錄組學)、蛋白質(蛋白質組學)和代謝物(代謝組學);c)生物信息學,旨在提供支持有效過渡到臨牀開發的臨牀前研究計劃。
安培恩已被臨牀證明可以減輕疼痛,早期研究支持推遲膝骨關節炎(OAK)患者的全膝關節置換術。離體支持這一假設的研究安培恩促進軟骨生成和軟骨修復將支持安培恩程序。
此外,安培恩減少多種細胞類型中的促炎介質,並可能通過抑制炎症小體發揮作用,炎症小體是一種多蛋白複合體,當異常激活時與炎性疾病有關。對這一途徑的研究具有深遠的治療意義,有可能將靶向適應症擴大到骨關節炎之外。離體研究將支持發展安培恩在辦公自動化之外的程序。
研究報告將在完成工作後4-6周內滾動提交,並將每季度提交一份總結所有工作的完整報告。傳遞成本是估算的,並將由技術轉讓團隊使用Ampio Finance分配的特定工作代碼進行購買。
目錄
執行摘要 | 12 |
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1.AMPION對軟骨細胞生物學影響的研究 | 16 |
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背景 | 16 |
| |
目標 | 16 |
| |
材料與方法 | 16 |
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預算和時間表 | 23 |
| |
2.AMPION對炎症體抑制作用的研究 | 24 |
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背景 | 24 |
| |
目標 | 24 |
| |
材料與方法 | 24 |
| |
預算和時間表 | 25 |
| |
3.蛋白質組學與代謝組學分析 | 27 |
| |
背景 | 27 |
| |
目標 | 27 |
| |
材料與方法 | 27 |
| |
預算和時間表 | 29 |
| |
4.BIOINFORMATICS | 31 |
| |
背景 | 31 |
| |
目標 | 32 |
| |
資源與材料 | 33 |
| |
方法論 | 34 |
| |
預算和時間表 | 35 |
| |
5.BUDGET摘要 | 36 |
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6.BUDGET審批 | 37 |
1.Ampion對軟骨細胞生物學影響的研究
背景
骨關節炎的病理包括一系列複雜的細胞事件,導致軟骨逐漸喪失、滑膜纖維化或僵硬,以及骨贅或骨刺的形成。滑膜關節的大部分功能活動和結構框架由被稱為軟骨細胞的細胞控制。在正常情況下,這些細胞調節細胞外基質(ECM)的週轉,維持組織的動態平衡。然而,機械力、老化和潛在的慢性炎症驅動軟骨細胞的差異性變化和凋亡,導致關節退行性疾病。
目前的治療方案,如皮質類固醇和非甾體抗炎藥,試圖緩解疼痛和炎症,但如果長期使用,可能會被證明是有害的。為了評估Ampion治療作為疾病改進的一種途徑,一系列體外培養將進行旨在關注藥物對軟骨細胞生物學影響的調查。
目標
1.開發並確認將模擬關節軟骨軟骨細胞生物學的模型。
2.調查使用安培恩在保存軟骨和軟骨再生或軟骨重建術中的治療。
材料與方法
1.軟骨細胞/軟骨生成模型
a.基本原理。
為了實現我們的項目目標,必須有一個模型來評估軟骨細胞細胞標誌物的表達和功能。離體人類軟骨細胞模型,既來自正常組織,也來自骨關節炎組織,將被用來模擬軟骨生物學,並在以後
受到炎症和/或機械激活的挑戰,表現出疾病的跡象。軟骨細胞培養的挑戰之一是眾所周知的,這些細胞在從體內移出後會迅速“去分化”。因此,它們需要被仔細地概括到它們的原始狀態。因此,將對幾個協議選項進行評估,以確認它們顯示出必要的功能動態。這些將包括但不限於將細胞擴展到工作細胞庫,然後:
1) | 在軟骨生長因子存在的情況下進行培養, |
2) | 三維(3D)培養技術,以及 |
3) | 對上述文化的時間分析。 |
這些模型將在細胞中進行測試,安培恩(AR-100和AR-300),並考慮具體指標。
b.材料和試劑。
i. | 市場上可獲得的軟骨細胞來源於正常和/或骨性關節炎膝關節組織和伴生生長介質。 |
二、 | 軟骨細胞分化介質。 |
三、 | 三維細胞培養基質。 |
四、 | 消耗性細胞培養器皿,包括培養皿、吸管等。 |
v. | 用於細胞分化的重組細胞因子。 |
c.方法論。
I.細胞的堆積。
1.所有購買的細胞將按照標準或推薦的方案進行擴展,然後為實驗準備好細胞庫。這些儲存庫將由儲存在液氮中的個人使用的小瓶組成。
二、軟骨細胞的單層培養。
1. | 最簡單的評估模型將是在標準組織培養塑料上單層培養軟骨細胞。 |
2. | 銀行細胞將使用基礎培養液配方作為對照進行培養,並與含有軟骨形成信號的培養液(即TGFP)進行比較。 |
3. | 職業選手。 |
答:這種模式將允許最高的藥物測試吞吐量。
4. | 反對意見。 |
a. | 有證據表明,這種模型可能會導致最高水平的可變性,這將被捕獲並記錄在研究報告中。 |
b. | 使用這種方法,細胞也會受到去分化偽影和較差的軟骨形成特性的影響。 |
三、微團培養。
1. | 為了改善軟骨細胞的功能,高密度軟骨細胞“顆粒”將在組織培養板和/或低結合管中培養。 |
2. | 這些培養將進行7至21天的評估。 |
3. | 職業選手。 |
a. | 按照這種方法,細胞將很容易在培養中作為自由漂浮的顆粒進行處理、加工和操縱。 |
4. | 反對意見。 |
a. | 一些關鍵標誌物或軟骨細胞功能可能需要長達21天的時間才能明顯檢測出來。 |
四、3D文化。
1. | 將軟骨細胞放置在海藻酸鹽和膠原膠中進行三維培養。 |
2. | 與微團培養一樣,這些培養將進行7至21天。 |
3. | 職業選手。 |
a. | 有證據表明,3D培養是建立軟骨細胞特性的最佳模型。 |
4. | 反對意見。 |
a. | 一些關鍵的功能標記可能需要長達21天的時間才能完全表達。 |
b. | 凝膠必須在細胞分析之前被降解。 |
c. | 凝膠成分可能不適合進行質譜分析。 |
2.軟骨細胞模型及藥物幹預
a. | 基本原理。 |
上面列出的軟骨細胞培養階段將被用來確定被認為適合於內部“生物測定”使用的技術。值得注意的是,這些生物檢測不會嚴格按照USP標準進行驗證。相反,我們將利用這一階段來確定證明1)可重複的指標和2)為有意義的藥物測試和統計分析提供足夠的動態範圍的指標。為了加快藥物發現過程,這些實驗將使用適當的控制措施以及安培恩(AR-100和/或AR-300視情況而定)。
b.材料和試劑。
i. | 消耗性細胞培養器皿,包括玻璃板、蓋片等。 |
二、 | 免疫染色抗體和試劑。 |
三、 | 用於激活細胞的重組細胞因子。 |
四、 | 定量聚合酶鏈式反應平板和試劑 |
c.方法論
i. | 模型中軟骨細胞功能和標誌物的確認或確認。 |
1.軟骨細胞表型將使用如下標記來確定。
A.提出軟骨細胞表型分析。
i. | 分解代謝:基質金屬蛋白酶的表達和ROS產生酶。 |
二、 | 合成代謝:Col2al、TGFb、BMP、IGF-1。 |
三、 | 肥厚性:Col IO和Runx2 |
四、 | 去分化:大學 |
B.其他重要的標誌。
i. | 蛋白水解酶包括但不限於基質金屬蛋白酶-1、基質金屬蛋白酶-3和基質金屬蛋白酶-13。 |
二、 | Sox9. |
三、 | 阿格利坎。 |
C.使用以上的引物對和/或市場上可獲得的陣列,通過RT-PCR進行分析和定量。
D.通過免疫染色、Western印跡和/或細胞內Western印跡分析和量化以上選擇的抗體。
2. | 細胞分泌學和蛋白質組學分析將通過創傷研究質譜儀核心中心進行。 |
3. | 培養中ECM的完整性和/或組成也將通過創傷研究、質譜分析和阿爾辛藍染色進行蛋白質組學分析。 |
4. | 將標記物表達與去分化細胞和/或生理鹽水對照進行比較。還應確定適當的陽性對照和陰性對照,並用於比較分析(非甾體類抗炎藥、地塞米松等)。 |
二、 | 探索免疫或機械刺激模型。 |
1. | 在標記物開發和確認之後,模型將使用促炎細胞因子和/或使用TR壓力室的機械應力來挑戰。 |
2. | 然後對已證實的標記的表達進行評估安培恩並設對照組。 |
3.間充質幹細胞模型
a. | 基本原理。 |
軟骨形成和/或軟骨細胞生物學的模型也可以從原代幹細胞培養中衍生出來。遵循這些方法,體外培養軟骨細胞可以從間充質幹細胞產生,這裏將提到作為上述替代方法的軟骨細胞。這些細胞將在上面描述的軟骨細胞模型之後進行探索。
b. | 材料和試劑。 |
1.骨髓間充質幹細胞。
11.傳代和分化培養基。
111.上面列出的培養器皿和染色/檢測材料。
c. | 方法論。 |
1.總之,骨髓間充質幹細胞的微團培養將進行21天,以產生軟骨細胞樣細胞。
11.將如上所述確定衡量標準和標記。
4.滑膜細胞模型
a.基本原理。
滑膜細胞是滑膜關節中最豐富的細胞類型之一。這些細胞包括滑膜襯裏和產生滑液的功能,滑液為關節提供潤滑,也為軟骨細胞提供營養。滑膜細胞有兩種不同的類型:A型巨噬細胞樣和B型成纖維細胞樣。由於這些細胞直接與軟骨細胞相互作用,並可能參與骨性關節炎的病理過程,我們還建議在建立上述模型後,也應進行這些細胞的共培養。
b.材料和試劑。
i. | 初級滑膜細胞。存在商業上可用的來源,應該包括A型和B型細胞。 |
二、 | 伴生擴展媒介。 |
三、 | 組織培養板嵌入物。 |
四、 | 激活細胞的細胞因子。 |
c.方法論。
1.滑膜細胞與軟骨細胞的共培養。
1. | 為了評估軟骨細胞和滑膜細胞之間的潛在相互作用,可以在Ampion存在的情況下進行這些細胞類型的共培養,並對上述指標進行量化。 |
2. | 為了實現這一點,含有軟骨細胞凝膠或顆粒的細胞培養片將被添加到具有已建立的滑膜細胞單層的板孔中。 |
3. | 激活細胞因子(.即IL-1和/或TNFa)然後可以添加到插入物的任一側。 |
4. | 然後可以在選定的時間點對條件培養液、RNA和總蛋白提取物進行評估。 |
二、 | 滑膜細胞條件培養液培養軟骨細胞。 |
1. | 作為一種替代方法,來自滑膜細胞的條件培養液可以放置在軟骨細胞培養上。 |
預算和時間表
軟骨細胞
將對上面列出的方法進行協調評估,以確定最適合內部使用的模型。除早期開發的生理鹽水和藥物治療組外,還將確定和測試所有適當的陽性和陰性對照,以加快初步數據的產生。由於這些培養技術需要較長的時間,這一階段將需要大約3-4個月的時間來確定方法。還需要3-4個月的時間來收集複製品進行統計分析。
骨髓間充質幹細胞與滑膜細胞
幹細胞方法學是上述軟骨細胞培養技術的替代方法。如果最初的軟骨細胞培養實驗似乎不符合研究要求,上面列出的預算可以轉到BMMSC試劑上,而不需要進行任何可預見的調整。
滑膜細胞的建議高度依賴於軟骨細胞模型表徵的成功,並將在必要時進行。
2. | Ampion對炎症體抑制作用的研究 |
背景
炎性小體是一種多蛋白的炎性複合體,可以激活caspase產生細胞因子並誘導下垂。此外,這些關鍵的炎症特徵與感染、炎症和自身免疫條件下IL-1β和IL-18的釋放密切相關。因此,靶向該通路具有深遠的治療意義。
我們先前已經證明,Ampion能夠抑制內毒素或TLR7/8激動劑分別從外周血單核細胞和THP-1激活的細胞釋放IL-1β。為了探索Ampion在OA之外的擴展,將對炎性小體信號進行更深入的研究。
目標
1. | 建立特定的炎症體和途徑(即典型的和非典型的),負責通過以下方式抑制IL-1β的釋放安培恩在免疫細胞中支持靶向適應症的擴大安必恩。 |
材料與方法
1. | 要採用的細胞培養模型。 |
a. | 單核細胞系包括未成熟和分化的THP-1和U937細胞。 |
b. | 原代單核細胞 |
c. | 單核細胞來源的巨噬細胞和/或樹突狀細胞。 |
d. | 中性粒細胞 |
e. | 上皮細胞 |
2. | 差異化協議 |
a. | PMA |
b. | M-CSF或GM-CSF用於MO分化,然後1)IFNY=m1,2)IL-4和/或IL-13=M2或樹突狀細胞 |
3. | 轉錄組 |
a. | QPCR陣列和/或選擇靶標 |
4. | 蛋白質組學與代謝組學 |
5. | Westernblot |
a. | 靶點:Caspase 5、Caspase 1、NLRP(NLRP3和NLRP12)物種、AIM2等。 |
b. | 使用標準協議和/或小區內執行。 |
c. | 下拉確定受Ampion影響的絡合物 |
6. | 免疫染色 |
a. | 評估炎性小體複合體蛋白在細胞中的定位。例如,微管蛋白和NLRP3一起確定乙酰化增加是否與缺乏核周定位相關。 |
7. | SiRNA基因敲除 |
a. | 擊倒目標炎症體蛋白以確定對Ampion活性的影響。 |
8. | 酶聯免疫吸附試驗檢測IL-Iβ |
a. | 測定使用和不使用安必恩的每種模型的分泌IL-Iβ水平 |
預算和時間表
對Ampion介導的抑制炎症小體的研究將包括優化炎症細胞類型的培養和治療條件,包括導致膝關節慢性炎症的幾種不同類型的細胞,如軟骨細胞、滑膜細胞和免疫細胞。與軟骨生成項目相比,這項工作可能會遵循類似的預算和時間表。
3.蛋白質組學和代謝組學分析
背景
組織或細胞中所有蛋白質的總和稱為蛋白質組。蛋白質組學研究蛋白質及其在生化過程中的數量、結構、修飾和功能作用。蛋白質是細胞行為和細胞動態平衡的最終效應者,蛋白質組學讓我們得以一窺這些過程是如何被調控的。此外,由於許多疾病傾向於在蛋白質水平上表現,瞭解蛋白質組在健康與疾病或對藥物治療的反應中如何不同或變化是至關重要的。
代謝組學可以被認為是代謝功能的最新狀態,因為代謝物的變化可以發生在幾秒鐘到幾分鐘的時間尺度上。通過對代謝物和其他小分子進行量化,可以瞭解哪些代謝途徑是活躍的。例如,細胞正在消耗的糖和氨基酸以及產生的副產品暗示了細胞正在使用哪些能量途徑來製造能量。在藥物治療後,代謝組學可以用來揭示藥物是如何改變細胞代謝的,以及藥物是如何代謝的。
目標
1.支持兩個目標:1)軟骨形成,以支持疾病改良性骨關節炎藥物(DMOAD)的應用;以及2)炎症組的作用機制,通過識別因下列原因而改變的蛋白質和代謝物,支持目標適應症和在骨性關節炎之外的開發應用安培恩用液質聯用(LC-MS)進行定量處理。
材料與方法
1. | 設備和消耗品 |
a. | Acquity UPLC BEH C18色譜柱 |
b. | Acquity UPLC BEH酰胺柱 |
c. | 打珠機 |
d. | 10kd截留分子量過濾器(MicroCon或ViVacon) |
e. | 排在前14位的耗盡柱(如果會接觸白蛋白或血液) |
f. | 皮爾斯快速金標BCA蛋白檢測試劑盒 |
g. | 皮爾斯C18旋轉技巧 |
h. | Waters自動取樣器 |
i. | 1.5ml和2.0ml低蛋白結合管 |
j. | 玻璃珠0.5 mm-1.0 mm |
2. | 試劑 |
a. | 用於LC-MS的所有試劑都需要是超純級的,包括ReagentPlus和液體溶劑的Optima級。 |
b. | 重標記代謝物標準。 |
c. | 順序級胰酶 |
3. | 軟件 |
a. | 麻省山貓 |
b. | 吉祥物服務器 |
c. | 吉祥物蒸餾器和守護程序 |
d. | 腳手架構件 |
4. | 蛋白質組學 |
a. | 樣品準備 |
i. | 所有樣品都將按照優化的FASP(過濾器輔助樣品製備)方案進行處理。這涉及到在分子量截斷過濾器上捕獲蛋白質。然後,捕獲的蛋白質經過變性和廣泛的洗滌,然後被胰酶消化一夜。 |
11.消化後收集的多肽將用C18樹脂旋轉頭脱鹽、洗滌和清理。清洗後的多肽隨後將被洗脱到水自動取樣器中,用於LC-MS上的注射。
b. | LC-MS分析與數據分析 |
i. | 多肽將被注入Waters Acquity UPLC BEH色譜柱,並以3小時的梯度運行。 |
11.然後將使用吉祥物服務器和程序吉祥物守護程序搜索每個樣本的原始數據文件以尋找身份。
m. | Daemon的Excel報告將用於推進蛋白質報告和數據分析,使用以下但不限於: |
1. | Metover Analyst |
2. | 獨創性路徑分析 |
2. | 代謝組學 |
a. | 樣品準備 |
i. | 所有樣品都將按照優化的代謝物提取方案進行處理。將使用極性裂解緩衝液(50/30/20MeOH/ACN/H2O)從細胞和組織中提取親水性代謝物 |
b. | LC-MS分析與數據分析 |
I.代謝物將被注入Waters Acquity UPLC BEH色譜柱,並以10分鐘的方法運行
11.將使用腳手架元素程序搜索每個樣本的原始數據文件
111.數據分析和報告可以在Scaffold Elements中完成和生成。
預算和時間表
由於這項技術的敏感性,LC-MS的試劑質量必須嚴格,這將作為傳遞成本計入Ampio。此外,與蛋白質組學和代謝組學相關的成本集中在回答研究問題所需的試劑類型上。例如,用重原子標記的蛋白質或代謝物在量化特定蛋白質/代謝物時被用作標準。然而,對於半量化來説,沒有必要有一個沉重的標準,所以這取決於初步的結果導致Ampio。運行LC-MS、處理數據和解釋結果將需要訓練有素的研究人員花費大量時間。
由於tr Omics集團將處理從研究組其他部門移交的樣本,時間將受到收到樣本的影響。一旦樣品拿到手,蛋白質組學的樣品準備通常需要2天。代謝組學樣品製備可以在一天內完成並進行分析。蛋白質組學LC-MS運行時間為每個樣品3小時。代謝組學的運行時間為每個樣本10-30分鐘。一旦獲得這些數據,處理、分析、報告編寫和圖形生成將在完成實驗的4-6周內交付。
Omics團隊將提供蛋白質和代謝物鑑定報告、相應的原始數據和團隊指導的圖形,以幫助可視化報告結果,這些結果將在研究報告中總結。這些數據將在幾個方面幫助指導研究小組:1)闡明軟骨細胞生物學中差異調節的蛋白質和代謝物
在下游安培恩治療,2)發現受其調節或隨之變化的蛋白質和代謝途徑安培恩治療軟骨細胞和其他與關節炎症有關的細胞,3)確定未來藥物開發的可能靶點,以及4)瞭解如何安培恩影響蛋白質組並影響細胞新陳代謝。
4.生物信息學
背景
安培恩已被臨牀證明可以減輕Oak患者的疼痛並推遲全膝關節置換術。對骨性關節炎軟骨細胞和間充質幹細胞的體外研究支持Ampion促進軟骨形成和軟骨修復的假設;然而,這些研究集中在少數選定的基因和蛋白質上。因此,有必要對Ampion促進軟骨形成的能力有更廣泛的瞭解。全面和公正的生物信息學分析使我們能夠發現複雜的生物系統,例如由Ampion推動的軟骨形成的促進。橡樹患者的軟骨生成增加將被認為是這種疾病的一種改進,通過用生物信息學描述Ampion的效果,全面的理解可能支持這樣的觀點,即Ampion既是一種對症治療,也是一種改變OA患者生物特徵的疾病。
作為一種生物,Ampion含有幾種已知和未知的成分。測試Ampion治療意義的有效方法是描述Ampion調節的基因表達(轉錄)、蛋白質(蛋白質組學)和代謝途徑(代謝組學)的細胞變化。這些“組學”數據集非常大,很難解釋,因為在數萬到數千個分子之間建立聯繫,以及它們如何與細胞過程相關,從人類的角度來説是不可能的。
為了幫助這些類型的分析,生物學和計算科學領域聯合起來形成了生物信息學。獨創性路徑分析(IPA)是一種生物信息學軟件,它包含了生物分子、化學物質和藥物之間生物相關聯繫的巨大“知識庫”。與其他在線生物信息學軟件不同,IPA知識庫是由科學家從已發表的文獻中手工策劃的,因此不僅包含與生物相關的聯繫,而且包含它們監管的後果。例如,分子A調節
100個可能改變細胞行為的不同基因。通過治療,分子A被激活,40個基因增加,這反映在數據集中。IPA分析數據集,並預測這些特定基因表達增加的細胞後果(增加/減少增殖、抗炎/促炎等)。
與對照處理相比,以Ampion為特徵的有限的歷史組學數據表明,在所分析的不同細胞類型之間,Ampion調節獨特的靶分子。通過生成組學數據集來擴展我們對Ampion靶分子的瞭解,我們將研究未來進一步發展其他疾病適應症的機會。
值得注意的是,以人類疾病狀態或人類疾病動物模型為特色的組學數據集的公共領域已經大大擴大。數以千計的數據集可供下載、處理和分析。這些數據集中的許多都是從同行評議的手稿中發佈的。
Ampio研究計劃的生物信息學部門的主要目的是通過與公共疾病組學數據集進行比較,在細胞或組織中受Ampion調控的分子之間建立生物相關的聯繫,以及這與Ampion的治療潛力之間的關係。
目標
3. | 為未來Ampio製藥組學數據集的實驗設計提供指導。 |
4. | 使用Qiagen CLC基因組工作臺或R編程軟件處理Ampio Pharmtics歷史或未來的原始數據,以生成上傳到IPA的數據集。 |
5. | 分析IPA中的Ampion數據集並報告結果。 |
6.比較不同細胞類型和條件下的Ampion數據集。
7.解釋由Ampio PharmPharmticals生成的未來組學數據集的IPA結果。
8.使用Qiagen CLC基因組學工作臺或R編程軟件獲取和分析人類疾病的數據集,或如有必要,獲取和分析人類疾病的動物模型,並準備將它們上傳到IPA並與Ampion數據集進行比較。
9.將Ampion基因組數據集與人類疾病的公共數據集進行比較,如果必要的話,也可以與人類疾病的動物模型進行比較。
10. | 製作研究報告並存放到Ampio PharmPharmticals的M驅動器,其中包括所有數據、編程腳本、IPA摘要和感興趣的圖表,以傳播研究結果。 |
11. | 根據具有重要科學意義的發現撰寫和修改手稿。 |
12. | 在同行評議期刊上發表進一步開發Ampion藥物的手稿。 |
資源與材料
● | 受過組學數據集生成、分析和解釋培訓的博士生 |
● | 計算資源,包括高速互聯網、服務器支持、計算機、顯示器和其他計算機外圍設備 |
● | QIGEN軟件許可(IPA和CLC基因組學工作臺) |
● | R編程和相關軟件 |
● | 來自實驗的歷史數據,將Ampion與對照治療進行了全面的實驗設計和細節比較。未以IPA上載格式接收的數據將需要處理 |
● | 來自未來實驗的原始組學數據,將Ampion與對照治療進行全面的實驗設計和細節比較 |
· | 對M驅動器的網絡訪問 |
● | 與出版手稿、彩色插圖和手稿開放獲取有關的費用 |
方法論
原始組學數據分析
《中圖法》基因組學工作臺將用於通過包括序列修剪、質量控制、基因組比對和讀數量化的工作流程來處理原始RNA測序(FASTQ)文件。組學(轉錄組、蛋白質組學和代謝組學)計數數據的統計分析將在R編程軟件中執行[1]使用DESeq2[2]包裹。為了確定Ampion log2摺疊變化對靶分子調控的差異,將計算p值和調整後的p值。具有調整的p值的基因
在二氧化硅途徑分析中
計算出的差異基因表達值將被上傳到Inenvenity Path Analysis(IPA)軟件(美國加利福尼亞州雷德伍德市的Qiagen Digital Insights)。Expression核心分析將基於Expression Log Ratio運行,調整後的p值為0表示激活或類似的調節,z
預算和時間表
Ampion對免疫刺激的PBMCs轉錄影響的生物信息學分析目前正在進行中。這篇題為《LMWF5A(Ampion)演示了一種抗炎作用模式和與活化PBMC中地塞米松類似的藥物靶點》的手稿正在接受《分子生物學報告》的同行評審。這些數據還將被用來在安培恩和軟骨生成。直接分析來自炎症體和軟骨細胞實驗的組學數據將取決於原始數據接收的時間。
根據每個實驗處理原始數據的水平,非全職科學家最終上傳到IPA可能需要3-4周的時間。綜合行動計劃的全面分析是一個持續的過程,取決於所顯示的數據和出現的感興趣的領域。對於兼職科學家來説,分析和完成手稿可能需要3-6個月的時間。研究報告將在完成工作的4-6周內提交,總結所有工作的完整報告將每季度提交一次。
數據集分析將存儲到Ampio PharmPharmticals的M驅動器服務器。該格式將是一份研究報告,包括重複分析所需的所有文件。
這些文件可能包括但不限於原始數據、編程腳本、IPA摘要和感興趣的圖表。
被確定為有助於藥物開發的結果和發現安培恩將被寫成手稿,並在贊助商批准的情況下提交給同行評審的期刊。收到審閲的稿件後,如有必要,技術代表將處理審稿人的意見並對稿件進行修改。
5.預算摘要
調查 | 時間表 | 成本 |
1.軟骨細胞/軟骨生成 | | $100,000 |
2.炎性小體 | | $50,00 |
3.蛋白質組學和代謝組學 | | $50,00 |
4.生物信息學 | | $50,00 |
總計 | 12個月 | $250,000 |
直通估算 | | $150,000 |
付款條款:創傷研究有限責任公司(TRLLC)將向Ampio開出每月20,833.33美元的發票,這相當於每月的調查費,為期十二(12)個月,代表調查期。發票的付款應在收到發票後十五(15)天內到期並支付。此外,TRLLC應向Ampio開具發票,以支付與研究計劃計劃中進一步定義的調查工作相關的傳遞費用。傳遞成本的發票應對此類成本有合理的支持,並不排除任何加價I 間接費用,應在收到發票時到期並支付。
可交付成果:研究報告將在完成工作的4-6周內滾動提交,總結迄今完成的所有工作的完整報告將每季度提交一次。預計這項工作將產生兩份同行評議的出版物。
預計開始日期:2022年1月31日
預期終止日期:2023年1月31日
贊助商提供:測試文章和2個FTE資源
TR提供:如上所述
傳遞成本:試劑、消耗品的估計預算,以及潛在的超支
提供來源檢測(即酶聯免疫吸附試驗陣列分析)。TR將負責訂購和結算直通成本。
6. | 預算審批 |
批准按説明繼續進行:
公司: |
| 承包商: | |||
| | | |||
Ampio製藥公司 | | 創傷研究有限責任公司 | |||
| | | |||
| | | |||
由以下人員提供: | 邁克爾·A·馬蒂諾 | | 由以下人員提供: | ||
姓名: | 邁克爾·A·馬蒂諾 | | 姓名: | 大衞·巴爾-或者 | |
標題: | 董事長兼首席執行官 | | 標題: | 董事 | |
| | |