2024年4月8日

Bionano Genomics, Inc.

9540 Towne Center Drive，100 套房

加利福尼亚州圣地亚哥 92121

女士们、先生们：

我们曾担任特拉华州的一家公司Bionano Genomics, Inc.（以下简称 “公司”）的法律顾问，其发行了 (i) 6,536,682股普通股（“股份”） ，面值每股0.0001美元（“普通股”）；（ii）预先筹资的认股权证（“预融资认股权证”），以购买最多2,196,944股普通股（“预融资认股权证”）；以及（iii）附带的认股权证（连同预融资认股权证，“认股权证”），用于购买最多8,733,626股普通股（连同预先注资的认股权证，”认股权证”），根据公司根据经修订的1933年《证券法》（“证券法”）向美国证券交易委员会（“委员会”） 提交的S-3表格（文件编号333-270459）（“注册声明”）、 注册声明（“基本招股说明书”）和招股说明书补充文件中包含的招股说明书与根据《证券法》第424 (b) 条于2024年4月4日向委员会提交的股票、认股权证和 认股权证股份有关（以及基本招股说明书，“招股说明书”）。

关于本意见，我们审查并依据了注册声明、招股说明书、认股权证表格、公司注册证书和章程（均为现行有效的），以及我们认为使我们能够发表下述观点所必需或适当的其他 记录、文件、意见、证书、备忘录和文书。 我们假设所有签名的真实性，作为原件提交给我们的所有文件的真实性，以副本形式提交给我们的所有文件与原件的一致性；公职人员证书 的准确性、完整性和真实性，以及除公司之外的所有人员对所有文件的正当授权、执行和交付，其中授权、执行和交付是其生效的先决条件。关于某些事实 事项，我们依赖的是公司高管的证书，没有独立核实此类事项。

关于我们对认股权证的看法，对于公司未来发行的证券、 对公司已发行证券的反稀释调整或其他事项导致认股权证可行使的普通股数量超过公司当时可供发行的数量，我们没有发表任何意见。此外，我们假设认股权证的 行使价不会调整为低于普通股每股面值的金额。

关于我们对构成公司有效和具有约束力的义务的认股权证的看法：

(i) 我们的意见受以下方面的约束，并可能受到以下因素的限制：(a) 适用的破产、重组、破产、暂停偿付、欺诈性转让、债务人和债权人，以及与债权人权利有关或普遍影响债权人权利的类似 法律，以及 (b) 一般公平原则（包括但不限于实质性、合理性、诚信和公平交易的概念），无论是在股权诉讼中考虑还是在法律上。

(ii) 我们的意见以这样的条件为前提，即具体履行、禁令或其他公平补救措施的可用性取决于向其提出请求的 法院的自由裁量权。

(iii) 我们对认股权证中任何规定以下条款不发表任何意见：(a) 规定违约金、买入赔偿金、金钱罚款、预付款或补偿金或其他经济 补救措施，前提是此类条款可能构成非法处罚，(b) 事先放弃索赔、辩护、法律授予的权利、通知、听证机会、证据要求、诉讼时效、审判 陪审团或程序权利，(c) 限制非书面修改和豁免，(d) 规定支付法律费用和其他专业费用，如果此类付款与法律或公共政策相违背，(e) 与排他性、选择性或 权利或补救措施的累积有关，(f) 授权或确认最终或自由裁量决定，或 (g) 规定在协议交易所的重要部分被确定为 无效和不可执行的范围内，认股权证的条款是可分割的。

(iv) 对于纽约州以外的州法院或美国联邦法院是否会使认股权证中规定的纽约法律或 司法管辖区的选择生效，我们没有发表任何意见。

基于上述内容，根据本文规定的条件，我们认为，(i) 在 根据注册声明和招股说明书出售和以付款方式发行时，股票将有效发行、全额支付且不可估税；(ii) 认股权证，由公司正式签订并以付款交付给购买者 因为如注册声明和招股说明书中所述，将是公司和（iii）认股权证的约束性义务股票在根据认股权证条款发行和支付后， 将有效发行、已全额支付且不可估税。

本意见仅限于本信中明确规定的事项，除了 明确说明的事项外，不应暗示或推断任何意见。本意见仅涉及法律和截至本文发布之日有效的或存在的事实，我们没有义务或责任更新或补充本信函以反映我们此后可能注意到的任何事实或情况，也没有义务或责任更新或补充此后可能发生的任何法律变化。

我们同意在招股说明书中 “法律事务” 标题下提及我们公司，并同意将本意见作为 公司向委员会提交的8-K表最新报告的附录提交，以便以引用方式纳入注册声明。在给予此类同意时， 因此我们不承认我们属于《证券法》第 7 条或委员会相关规章制度要求其同意的人员类别。

真的是你的，

Cooley LLP

作者：/s/ 托马斯·科尔

托马斯·A·科尔

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