附件5.1

回复：表格S-3上的登记声明

女士们、先生们：

本意见书是根据Schrödinger，Inc.提交的表格S-3上的注册声明（以下简称“注册声明”）提供给您的，根据1933年《证券法》（经修订）（ 《证券法》），在美国证券交易委员会（SEC）注册一家特拉华州公司（以下简称“公司”），以登记公司的以下证券（以下简称“公司证券”）：”“”“

i.

优先债务证券(高级债务证券)；

二、

次级债务证券(次级债务证券，与高级债务证券一起，债务证券)；

三、

普通股，每股面值0.01美元(普通股)；

四、

优先股，每股面值0.01美元(优先股)；

v.

代表一股或多股优先股的零碎权益的存托股份 （“存托股份”）;

六、

单位，由一种或多种证券组成，包括普通股、优先股、债务证券、 存托股份、认股权证或任何其他证券（“单位”）;以及

七.

购买债务证券、普通股、优先股或存托股份的认股权证（认股权证），

根据《证券法》第415条规定，所有这些证券都可以按照注册声明、其中所载的基本招股说明书（《基本招股说明书》）及其任何修订或补充文件中规定的不确定的总发行价不时延迟或连续发行。

本所担任本公司提交注册声明的法律顾问。优先债务证券可 根据公司与受托人之间签订的优先契约（优先契约）发行，受托人（优先受托人）将被指定为受托人，并根据1939年《信托契约法》（经修订）（ 《信托契约法》）获得适当资格。“”“后偿债务证券可根据

从属契约（从属契约，从属契约，从属契约与优先契约、优先契约，从属契约与优先契约，从属“”“”“”任何系列优先股的优先权、限制和相对权利将在指定证书（Certificate of Designation）中规定。”“由存托股份 代表的优先股股份将根据公司与指定的银行或信托公司（作为存托人）签订的存托协议（“存托协议”）进行存托。基金单位可根据本公司与指定银行或信托公司（作为基金单位代理人）订立的 基金单位协议（基金单位协议）发行。认股权证可根据本公司与银行或信托公司（将被指定为认股权证代理人）订立的认股权证协议（认股权证协议）发行。

我们还担任该公司 的法律顾问，该法律顾问涉及该公司与Leerink Partners LLC于2024年2月28日签订的经修订和重述的销售协议（《销售协议招股说明书》）项下发行和销售总发行价最高为 2.5亿美元的普通股（《销售协议股份》）。“

我们已审查并依赖将提交给委员会的注册声明的签署副本，包括其附件。 我们还审查并依据了《销售协议》、《重述公司注册证书》（经不时修订或重述，简称《重述公司注册证书》）、《 公司修订和重述章程》（经不时修订或重述，简称《修订和重述章程》）以及公司股东和董事会会议记录，包括公司向我们提供的正式授权委员会会议记录。”

在我们对上述文件进行审查时，我们假设所有签名的真实性、所有签名人的法律行为能力、提交给我们的所有文件原件的 真实性、提交给我们的所有文件副本与原件的一致性、这些原件的真实性以及公司会议记录簿的完整性和准确性。

在某些事项上，我们依赖于从政府官员和公司高级职员处获得的信息，我们 假设（i）登记声明将有效，并将遵守按照登记声明预期提供或发行证券时的所有适用法律;（ii）除销售协议 股份外，一份或多份招股说明书补充文件和条款清单（如适用）将已准备好并提交给SEC，说明由此提供的证券;（iii）所有证券将按照 适用的联邦和州证券法以及注册声明、招股说明书、销售协议招股说明书（如适用）和任何适用的招股说明书补充文件中规定的方式发行和销售;（iv）对于债务证券， （a）适用的

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(Br)适用受托人将正式授权、签立和交付，其格式基本上与登记说明书附件4.3或附件4.4中的格式相同：(B)适用受托人将有正式资格担任受托人，以及(C)债务证券将由适用受托人中指定的受托人正式认证；(V)任何适用的存托协议、单位协议或认股权证协议将由公司以外的各方正式授权、签署和交付；(Vi)除销售协议股份外，有关任何已发售证券的最终购买、包销或类似协议将由本公司以外的各方正式授权、签立及交付；(Vii)任何可于转换、交换或行使任何已发售证券时发行的证券将获正式授权、设立及(如适用)预留供在该等转换、交换或行使时发行；(Viii)就已发售的普通股或优先股而言，将有足够的普通股或优先股股份根据公司注册证书获授权而非预留供发行；(Ix)如以无证书形式发行，发行普通股或优先股的有效账面记录将已正式载入本公司的股份登记册 ；(X)于发行及出售证券时，本公司将根据特拉华州法律作为公司有效存在及信誉良好；及(Xi)任何存托协议、单位 协议或认股权证协议将受纽约州、马萨诸塞州联邦或特拉华州法律管辖。

我们在此并不就任何联邦或州法律或法规适用于与本公司以外的任何证券有关的任何协议的任何一方的权力、权力或能力发表意见。我们已假定该等协议是或将会是协议各方(本公司除外)的有效及具约束力的义务，并可根据其各自的条款对该等其他各方执行。

就以下我们的意见而言，吾等假设本公司不需要任何政府当局或监管机构或任何其他第三方的授权、批准或其他行动，亦不需要向任何政府当局或监管机构或任何其他第三方发出通知或向其提交文件，或如需要任何该等 授权、批准、同意、行动、通知或提交，则该等文件已妥为取得、采取、发出或作出，并将具有十足效力。吾等亦假设，在证券发行日期 之前，不会发生任何影响该等证券的有效性或可执行性的法律变动，而于该等证券的发行及出售时，本公司董事会(或该董事会的任何委员会或 任何根据本公司董事会或该董事会的任何委员会适当授权行事的任何人士)不应采取任何行动撤销或以其他方式减少其在发行该证券前的授权。

我们以下意见是有保留的，因为它们可能受制于或受 (I)适用的破产、资不抵债、重组、接管、暂停、高利贷、欺诈性转让、欺诈性转让或与一般债权人的权利或救济有关或影响的类似法律的制约或影响；(Ii)强加于债权人和合同当事人的责任和 标准，包括但不限于重大、诚信、合理性的要求

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和公平交易，(Iii)一般公平原则，以及(Iv)加速债务证券，这可能会影响其可能被确定为未赚取利息的所述本金 部分的可收回性。此外，我们不对违反我们在此提出意见的任何协议或其中提及的任何协议、文件或义务的任何衡平法或具体补救措施的可用性或任何衡平法抗辩的成功主张表示意见，因为此类补救措施的可用性或任何衡平法抗辩的成功可能取决于 法院的裁量权。除纽约州、马萨诸塞州联邦和特拉华州一般公司法外，我们在此也不对任何州或司法管辖区的法律发表意见。我们在此也不会就公司遵守美国任何州或其他司法管辖区或任何外国司法管辖区的证券或蓝天法律一事发表意见。我们对任何司法管辖区的反欺诈法不发表意见，也不发表任何声明。

我们在此也不对任何协议中可能被视为或被解释为放弃公司的任何权利、抗辩或反索赔的任何条款表示意见，(Ii)表明权利和补救措施不是排他性的，每项权利或补救措施都是累积的，可以在 或任何其他权利或补救措施之外行使，并且不排除诉诸一项或多项其他权利或补救措施，(Iii)关于任何协议中关于任何其他规定的有效性或可执行性的任何条款的无效或不可执行性的影响，(4)违反公共政策，(5)与证券法相关的赔偿和分担有关，(6)规定不得放弃或修改任何协议的条款，除非以书面形式，(7)声称赔偿任何人的疏忽或故意不当行为，(8)要求支付罚款、间接损害赔偿或违约金，或限制S一方赔偿某些损害或损失，(九)旨在确立证据标准或关于行使权利和救济的标准，或(十)与法律的选择或对管辖权的同意有关。

根据上述规定，我们认为：

1.对于债务证券，当(I)公司董事会或其授权委员会通过适当行动明确授权发行(授权决议)时，(Ii)适用的契约已由公司正式授权、签立和交付，(Iii)债务证券及其发行及出售的条款已根据适用的契约及授权决议案妥为订立，并假设该等条款及出售并不违反任何适用法律或导致违约或违反对本公司具约束力的任何协议或文书，并遵守任何对本公司具司法管辖权的法院或政府机构施加的任何要求或限制，(Iv)该等债务证券已由本公司正式签立，并由 适用受托人根据适用的契约进行认证，并按照注册声明的预期交付及出售。招股章程及任何适用的招股章程根据适用的承销或其他购买协议作出补充，且(Br)本公司已收到授权决议案及适用的承销协议或其他购买协议所规定的代价，则该等债务证券将构成本公司的有效及具约束力的责任，并可根据其条款对本公司强制执行。

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2.对于普通股(销售协议股份除外)，当 (I)通过授权决议特别授权发行，(Ii)普通股的发行和出售条款已根据公司注册证书、附例和授权决议正式确立，(Iii)普通股已按照登记声明、招股说明书和任何适用的招股说明书附录的预期，按照适用的承销或其他购买协议或在转换或行使登记声明中提供的任何抵押品以支付普通股的付款时发行和交付，及(Iv)本公司已收到授权决议案及适用的包销协议或其他购买协议所规定的代价，而每股代价不低于普通股每股面值，则普通股将获有效发行、缴足股款及 不可评估。

3.对于任何系列优先股的股票，当(I)授权决议明确授权发行该系列股票和发行该系列股票的条款、发行条款和相关事项时，包括确定和指定该系列股票的决议，确定和确定该系列股票的优先股、限制和相对权利，以及向特拉华州州务卿提交有关该系列股票的指定证书，(Ii)该指定证书已正式提交给特拉华州州务卿，(Iii)该系列优先股的发行及出售条款已按照公司注册证书、附例及授权决议案正式订立， (Iv)该系列优先股的股份已按照注册声明、招股章程及任何适用招股章程副刊的规定，按照适用的包销或其他购买协议发行及交付，及(Br)本公司已收到授权决议案及适用的包销协议或其他购买协议所规定的代价，而该等每股代价 不低于优先股的每股面值，该系列优先股的股票将有效发行、全额支付和不可评估。

4.关于存托股份，当(I)授权决议明确授权发行存托股份及其条款、发行条款和相关事项，包括通过与存托股份相关的优先股指定证书和向特拉华州州务卿提交指定证书时，(Ii)指定证书已正式提交特拉华州州务卿，(Iii)与存托股份有关的适用存托协议已得到正式授权、签立和交付；证明存托股份权利的任何存托凭证已经签立；以及本公司指定的存托机构，(Iv)存托股份的发行和出售条款已根据公司注册证书和

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(br}附例，(V)存托股份已按照登记声明、招股章程及任何适用的招股章程副刊的预期，根据适用的包销或其他购买协议发行及交付，以支付有关款项，(Vi)存托股份相关的优先股股份已存入银行或信托公司(符合登记声明所载的托管要求)，及(Vii)本公司已收到授权决议案及适用的包销协议或其他购买协议所规定的代价，该等存托股份将由 合法发行，并使该等存托股份持有人有权享有适用的存托协议及适用的存托凭证所指定的权利。

5.对于单位，当(I)通过授权决议明确授权发行，(Ii)任何适用单位协议已正式授权、签立和交付，(Iii)单位及其发行和销售条款已根据任何适用单位协议和授权决议正式制定，(Iv)单位已按照任何适用单位协议正式签立和交付，并已按照登记声明、招股说明书和任何适用招股说明书预期的方式发行和交付，根据 适用的承销或其他购买协议就此付款，及(V)本公司已收到授权决议案及适用的包销协议或其他购买协议所规定的代价， 该等单位将构成本公司根据其条款可对本公司强制执行的有效及具约束力的责任。

6.就认股权证而言，当(I)经授权决议案特别授权发行，(Ii)本公司已正式授权、签立及交付与认股权证有关的任何适用的认股权证协议，(Iii)认股权证及其发行及出售的条款已根据任何适用的认股权证协议及授权决议案妥为确立，(Iv)本公司已按照任何认股权证协议及授权决议案正式签立及会签认股权证，并已按注册声明预期的方式发行及交付，招股章程及任何适用的招股章程将根据适用的承销或其他购买协议补充有关条款，及(V)本公司已收到授权决议案及适用的承销协议或其他购买协议所规定的代价，则该等认股权证将构成本公司的有效及具约束力的责任，可根据其条款向本公司强制执行。

7.就销售协议股份而言，该等销售协议股份已获正式授权发行，当根据销售协议的条款及条件发行及支付销售协议股份后，该等销售协议股份将获有效发行、缴足股款及免税。

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请注意，我们仅就本文中明确阐述的事项发表意见，不应就任何其他事项推断任何意见。本意见基于当前现有的法规、规则、法规和司法裁决，我们没有义务就任何这些法律渊源的任何变化或可能影响本文所述任何事项或意见的后续法律或事实发展通知您。

我们特此同意按照证券法S-K法规第601(B)(5)项的要求向证监会提交本意见，作为证明书的证物，并同意在其中使用我们的姓名。 在相关招股说明书、销售协议招股说明书和任何招股说明书补充资料中，我们的法律事项。在给予此类同意时，我们不承认我们属于证券法第7条或证监会规则和法规所要求的 人。

非常真诚地属于你，

/S/Wilmer Cutler Pickering Hale和Dorr LLP

Wilmer Cutler Pickering Hale和Dorr LLP

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