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性能酶会员US-GAAP：运营部门成员2021-09-300001200375CDX: 性能酶会员US-GAAP：运营部门成员2020-12-310001200375CDX：诺维生物疗法会员US-GAAP：运营部门成员2021-09-300001200375CDX：诺维生物疗法会员US-GAAP：运营部门成员2020-12-310001200375US-GAAP：运营部门成员2021-09-300001200375US-GAAP：运营部门成员2020-12-310001200375US-GAAP：金融资产未过期会员2021-09-300001200375US-GAAP：融资应收账款过期30至59天会员2021-09-300001200375US-GAAP：融资应收账款过期60至89天会员2021-09-300001200375US-GAAP：应收账款的融资等于逾期超过 90 天的成员2021-09-300001200375US-GAAP：金融资产未过期会员2020-12-310001200375US-GAAP：融资应收账款过期30至59天会员2020-12-310001200375US-GAAP：融资应收账款过期60至89天会员2020-12-310001200375US-GAAP：应收账款的融资等于逾期超过 90 天的成员2020-12-31

美国
证券交易委员会
华盛顿特区 20549
表单10-Q
（Mark One）
☒根据1934年《证券交易法》第13条或第15（d）条提交的季度报告
在截至的季度期间 2021年9月30日
要么
☐根据1934年《证券交易法》第13条或第15（d）条提交的过渡报告
在从到的过渡期间
委员会文件编号： 001-34705
___________________________
Codexis, Inc.
（注册人的确切姓名如其章程所示）
_____________________________________________
特拉华 71-0872999
（公司或组织的州或其他司法管辖区） （美国国税局雇主识别号）
200 Penobscot Drive, 雷德伍德城, 加利福尼亚
 94063
（主要行政办公室地址） （邮政编码）

注册人的电话号码，包括区号:(650) 421-8100

根据该法第12（b）条注册的证券：
每个班级的标题交易注册的每家交易所的名称
符号
普通股，每股面值0.0001美元CDXS纳斯达克全球精选市场
用复选标记注明注册人是否：（1）在过去的12个月中（或注册人必须提交此类报告的较短期限）中是否提交了1934年《证券交易法》第13或15（d）条要求提交的所有报告，并且（2）在过去的90天中一直受到此类申报要求的约束。是的  ☒没有☐
用复选标记表明注册人是否在过去 12 个月内（或者在要求注册人提交此类文件的较短时间内）以电子方式提交了根据第 S-T 法规（本章第 232.405 节）第 405 条要求提交的所有交互式数据文件。是的  ☒没有☐
用复选标记指明注册人是大型加速申报人、加速申报人、非加速申报人、小型申报公司还是新兴成长型公司。参见《交易法》第12b-2条中 “大型加速申报人”、“加速申报人”、“小型申报公司” 和 “新兴成长型公司” 的定义。
大型加速过滤器☒加速过滤器☐
非加速过滤器☐规模较小的申报公司☐
新兴成长型公司☐
如果是新兴成长型公司，请用复选标记表明注册人是否选择不使用过渡期来遵守根据《交易法》第13（a）条规定的任何新的或修订的财务会计准则。 ☐
用复选标记表明注册人是否为空壳公司（定义见《交易法》第12b-2条）。是的☐没有☒
截至 2021 年 11 月 1 日，有 64,875,278注册人的已发行普通股，面值每股0.0001美元。
1




Codexis, Inc.
10-Q 表季度报告
截至2021年9月30日的季度


目录
 页面
数字
第一部分财务信息
第 1 项。
财务报表（未经审计）
简明合并资产负债表
3
简明合并运营报表
4
简明合并股东权益表
5
简明合并现金流量表
7
简明合并财务报表附注
9
第 2 项。
管理层对财务状况和经营业绩的讨论和分析
30
第 3 项。
关于市场风险的定量和定性披露
46
第 4 项。
控制和程序
47
第二部分。其他信息
第 1 项。
法律诉讼
48
第 1A 项。
风险因素
48
第 2 项。
未注册的股权证券销售和所得款项的使用
48
第 3 项。
优先证券违约
48
第 4 项。
矿山安全披露
48
第 5 项。
其他信息
48
第 6 项。
展品
49
签名
50

2


第 I 部分财务信息
第 1 项。财务报表
Codexis, Inc.
简明合并资产负债表
（未经审计）
（以千计，每股金额除外）
2021年9月30日2020年12月31日
资产
流动资产：
现金和现金等价物$119,189 $149,117 
限制性现金，当前581 638 
投资非有价债务证券— 1,000 
金融资产：
应收账款25,084 13,894 
合同资产12,701 4,526 
未开单应收账款10,760 10,942 
金融资产总额48,545 29,362 
减去：津贴(74)(74)
金融资产总额，净额48,471 29,288 
库存1,084 964 
预付费用和其他流动资产4,787 3,416 
流动资产总额174,112 184,423 
限制性现金1,519 1,062 
投资非有价股权证券12,763 1,450 
使用权资产——经营租赁，净额19,478 21,382 
使用权资产——融资租赁，净额43 119 
财产和设备，净额16,124 9,675 
善意3,241 3,241 
其他非流动资产271 294 
总资产$227,551 $221,646 
负债和股东权益
流动负债：
应付账款$3,281 $2,970 
应计补偿9,041 7,288 
其他应计负债15,927 10,272 
租赁债务的当期部分——经营租赁2,782 2,627 
递延收入2,449 1,824 
流动负债总额33,480 24,981 
递延收入，扣除当期部分3,747 2,967 
长期租赁义务——经营租赁20,218 22,324 
其他长期负债1,051 1,271 
负债总额58,496 51,543 
承付款项和或有开支（注10）
股东权益：
优先股，$0.0001每股面值； 5,000授权股份， 无已发行的和未决的
— — 
普通股，$0.0001每股面值； 100,000授权股份；
64,833和 64,283分别于2021年9月30日和2020年12月31日的已发行和流通股票
6 6 
额外的实收资本546,557 536,516 
累计赤字(377,508)(366,419)
股东权益总额169,055 170,103 
负债和股东权益总额$227,551 $221,646 
见未经审计的简明合并财务报表附注。
3


Codexis, Inc.
简明合并运营报表
（未经审计）
（以千计，每股金额除外）
 截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
 2021202020212020
收入：
产品收入$28,731 $8,401 $53,674 $18,005 
研发收入8,038 9,984 26,579 30,018 
总收入36,769 18,385 80,253 48,023 
成本和运营费用：
产品收入成本6,867 3,642 15,403 7,882 
研究和开发15,165 12,010 39,562 33,830 
销售、一般和管理13,407 8,797 37,600 26,307 
总成本和运营费用35,439 24,449 92,565 68,019 
运营收入（亏损）1,330 (6,064)(12,312)(19,996)
利息收入41 39 424 362 
其他收入（支出），净额983 (50)920 (125)
所得税前收入（亏损）2,354 (6,075)(10,968)(19,759)
所得税准备金110 19 121 331 
净收益（亏损）$2,244 $(6,094)$(11,089)$(20,090)
基本每股净收益（亏损）$0.03 $(0.10)$(0.17)$(0.34)
摊薄后的每股净收益（亏损）$0.03 $(0.10)$(0.17)$(0.34)
用于计算每股净收益（亏损）的加权平均普通股，基本64,628 59,061 64,452 58,984 
用于计算每股净收益（亏损）的加权平均普通股，摊薄后67,741 59,061 64,452 58,984 
请参阅随附的注释 未经审计的简明合并财务报表
4


Codexis, Inc.
简明合并股东权益表
（未经审计）
（以千计）
普通股额外
付费
资本 		累计赤字股东权益总额
截至2021年9月30日的三个月股份金额
截至2021年7月1日的余额64,623 $6 $542,519 $(379,752)$162,773 
行使股票期权210 — 1,022 — 1,022 
员工股票薪酬— — 2,955 — 2,955 
非员工股票薪酬— — 61 — 61 
净收入— — — 2,244 2,244 
截至 2021 年 9 月 30 日的余额64,833 $6 $546,557 $(377,508)$169,055 
普通股额外
付费
资本 		累计赤字股东权益总额
截至2020年9月30日的三个月股份金额
截至2020年7月1日的余额59,125 $6 $451,185 $(356,405)$94,786 
行使股票期权55 — 342 — 342 
股票奖励的发布70 — — — — 
与股权奖励净股结算相关的已缴税款(18)— (217)— (217)
员工股票薪酬— — 1,941 — 1,941 
非员工股票薪酬— — 43 — 43 
净亏损— — — (6,094)(6,094)
截至2020年9月30日的余额59,232 $6 $453,294 $(362,499)$90,801 

请参阅随附的注释 未经审计的简明合并财务报表
5


Codexis, Inc.
简明合并股东权益表
（未经审计）
（以千计）
普通股额外
付费
资本		累计赤字股东权益总额
截至2021年9月30日的九个月股份金额
截至2021年1月1日的余额64,283 $6 $536,516 $(366,419)$170,103 
行使股票期权423 — 2,700 — 2,700 
股票奖励的发布181 — — — — 
与股权奖励净股结算相关的已缴税款(54)— (1,206)— (1,206)
员工股票薪酬— — 8,360 — 8,360 
非员工股票薪酬— — 187 — 187 
净亏损— — — (11,089)(11,089)
截至 2021 年 9 月 30 日的余额64,833 $6 $546,557 $(377,508)$169,055 


普通股额外
付费
资本		累计赤字股东权益总额
截至2020年9月30日的九个月股份金额
截至 2020 年 1 月 1 日的余额58,877 $6 $447,920 $(342,409)$105,517 
行使股票期权87 — 539 — 539 
股票奖励的发布370 — — — 
与股权奖励净股结算相关的已缴税款(102)— (1,257)— (1,257)
员工股票薪酬— — 6,045 — 6,045 
非员工股票薪酬— — 47 — 47 
净亏损— — — (20,090)(20,090)
截至2020年9月30日的余额59,232 $6 $453,294 $(362,499)$90,801 

请参阅随附的注释 未经审计的简明合并财务报表
6


Codexis, Inc.
简明合并现金流量表
（未经审计，以千计）
截至9月30日的九个月
 20212020
经营活动：
净亏损$(11,089)$(20,090)
为使净亏损与经营活动中使用的净现金相一致而进行的调整：
折旧2,143 1,403 
摊销费用-使用权资产-运营和融资租赁1,980 1,964 
基于股票的薪酬8,547 6,092 
信用损失备抵金— 40 
从研发活动中获得的股权证券(675)— 
非有价证券的未实现收益(1,033)— 
其他非现金物品(19)— 
运营资产和负债的变化：
金融资产，净额(19,633)(6,482)
库存(120)(366)
预付费用和其他资产(1,195)(1,105)
应付账款575 (101)
应计薪酬和其他应计负债7,036 3,581 
其他长期负债(2,324)(1,920)
递延收入880 2,012 
用于经营活动的净现金(14,927)(14,972)
投资活动：
购买财产和设备(8,348)(2,260)
出售财产和设备的收益36 — 
投资股权证券(7,630)(1,000)
用于投资活动的净现金(15,942)(3,260)
筹资活动：
行使股票期权的收益2,700 539 
与股权融资有关的成本(153)— 
租赁债务的支付-融资租赁— (60)
与股权奖励净份额结算相关的已缴税款(1,206)(1,257)
由（用于）融资活动提供的净现金1,341 (778)
现金、现金等价物和限制性现金净减少(29,528)(19,010)
期初的现金、现金等价物和限制性现金150,817 92,221 
期末现金、现金等价物和限制性现金$121,289 $73,211 
现金流信息的补充披露：
支付的利息$6 $15 
缴纳的所得税$101 $312 
补充非现金投资和融资活动：
已发生但尚未支付的资本支出$2,012 $289 

7


下表提供了截至2021年9月30日和2020年9月30日未经审计的简明合并资产负债表中报告的现金、现金等价物和限制性现金与未经审计的简明合并现金流量表中上述相同金额总额的对账情况：

 9月30日
 20212020
现金和现金等价物$119,189 $71,516 
限制性现金，活期和非流动 2,100 1,695 
现金、现金等价物和限制性现金总额$121,289 $73,211 
见未经审计的简明合并财务报表附注
8


Codexis Inc.

简明合并财务报表附注
（未经审计）
注意事项 1。 业务描述
在未经审计的简明合并财务报表附注中，“公司”、“我们” 和 “我们的” 是指Codexis, Inc.及其子公司的合并数据。
我们发现、开发和销售酶和其他蛋白质，为越来越多的行业的客户带来价值，从而将越来越多的新酶商业化，这些酶既可以作为Codexis的专有产品，也可以与我们的客户合作。
我们是利用计算技术推动生物学进步的先驱。自 2002 年以来，我们在开发 CodeEvolver 方面进行了大量投资®蛋白质工程技术平台。我们的技术平台由基于人工智能的专有计算算法提供支持，这些算法可以快速挖掘我们庞大且持续增长的蛋白质变体库的结构和性能属性。这些计算输出使人们能够设计出对下一代蛋白质变体的越来越可靠的预测，从而能够以更高的成本和更高的成本实现有针对性的性能增强。此外，我们的 CodeEvolver®蛋白质工程技术平台整合了其他模块化能力，包括机器人高通量筛选和基因组测序、有机化学和生物工艺开发，所有这些能力都经过协调，可以快速创新新颖的、适合用途的产品。
该技术的核心历史应用一直是开发商业上可行的生物催化制造工艺，以更可持续地生产复杂化学品。首先，从概念上为目标产品设计最具成本效益和最实用的流程。然后，我们使用我们的 CodeEvolver 开发优化的生物催化剂以实现设计工艺®平台。然后，在与工艺相关的操作条件下，使用高通量方法快速筛选和验证每个项目都有数千种候选生物催化剂。这种方法可以优化生物催化剂，从而实现具有成本效益的工艺，而这些工艺在传统制造设备中相对容易运行。这也允许将我们的工艺高效地技术转让给我们的制造合作伙伴。
我们最初将我们的 CodeEvolver 商业化®小分子药物制造中的蛋白质工程技术平台和产品，这仍然是主要业务重点。我们的客户，包括许多大型的全球制药公司，在工艺开发和制造中使用我们的技术、产品和服务。此外，我们还许可了我们的专有CodeEvolver®为全球制药公司提供蛋白质工程技术平台，使他们能够在内部使用这项技术为自己的业务设计酶。最近，在2019年5月，我们签订了平台技术转让和许可协议（“诺华CodeEvolver”）。® 与诺华达达成的协议”）。诺华 CodeEvolver®协议（我们与大型制药公司签订的第三份此类协议）允许诺华使用我们的专有CodeEvolver®人类医疗保健领域的蛋白质工程平台技术。
我们还利用该技术开发了生物催化剂和酶产品，用于更广泛的工业市场，包括食品、饲料、消费者护理和精细化学品等多个大型垂直市场，这证明了我们的战略是将我们的技术扩展到药品制造以外。此外，我们正在使用我们的技术为各种生命科学相关应用开发酶，例如用于体外分子诊断和基因组研究应用的下一代测序（“NGS”）和聚合酶链反应（“PCR/qPCR”）。2019年12月，我们签订了许可协议，向罗氏测序解决方案公司提供我们针对该目标市场的第一种酶：该公司的eVoT4™ DNA连接酶。2020年6月，我们与Alphazyme LLC签订了联合营销和酶供应合作协议，生产和共同销售用于生命科学应用的酶，最初包括高保真DNA聚合酶、T7 RNA聚合酶和逆转录酶酶。
我们一直在使用 CodeEvolver®蛋白质工程技术平台，用于开发早期的新型生物治疗候选产品，既可以与客户合作，也可以开发我们自己的专有Codexis候选药物。我们的第一个项目是针对人类苯丙酮尿症（“PKU”）的潜在治疗。PKU 是一种遗传性代谢疾病，其中缺乏将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶。2017 年 10 月，我们与雀巢产品公司（前身为 Nestec Ltd.（“雀巢健康科学”）签订了《全球开发、期权和许可协议》（“雀巢许可协议”），以推进我们的酶生物治疗候选产品 CDX-6114，这是我们可能治疗北尿病的酶生物治疗产品。2019 年 2 月，雀巢健康科学行使选择权，获得了 CDX-6114 开发和商业化的独家许可。
9


同样在2017年10月，我们与雀巢健康科学（“雀巢SCA”）签订了战略合作协议，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作利用CodeEvolver®平台技术，为雀巢健康科学已建立的消费者护理和医疗营养业务领域开发其他新型酶。
2020年1月，我们与雀巢健康科学签订了开发协议，将雀巢SCA下发现的新主要候选药物 CDX-7108 推进临床前开发和早期临床研究，作为胃肠道疾病的潜在治疗方法。
2020年3月，我们与武田制药有限公司（“武田”）的全资子公司夏尔人类遗传疗法公司签订了战略合作和许可协议（“武田协议”），以研究和开发针对某些疾病适应症的新基因疗法，包括治疗溶酶体贮积症和血液因子缺乏。
2020年6月，我们与Molecular Assembliss, Inc（“MAI”）签订了主合作与研究协议（“MAI 协议”），根据该协议，我们将利用我们的CodeEvolver®用于改进对酶促DNA合成至关重要的DNA聚合酶的平台技术。在 MAI 协议的同时，我们购买了 1,587,050MAI的A系列优先股股价为美元1.0百万而且，在本次交易中，我们的总裁兼首席执行官约翰·尼科尔斯加入了MAI的董事会。2021 年 4 月，我们又购买了 1,000,000MAI的A系列优先股股价为美元0.6百万。 2021 年 9 月，我们购买了 9,198,423MAI的B系列优先股股价为美元7.0百万（更多信息见附注11 “关联方交易”）。
有关其他信息，请参阅附注12 “分部、地域和其他收入信息”。
以下是我们业务部门的简要描述：
高性能酶
我们最初将我们的 CodeEvolver 商业化®蛋白质工程技术平台和小分子药物制造中的产品，迄今为止，这仍然是我们服务的最大市场。我们的客户，包括许多大型全球制药公司，在其制造工艺和工艺开发中使用我们的技术、产品和服务。我们还使用该技术开发了用于其他工业市场的定制酶。这些市场由多个大型垂直行业组成，包括食品、饲料、消费者护理和精细化学品。我们还在生命科学市场使用我们的技术，为使用NGS和PCR/qPCR的客户开发酶，用于体外分子诊断和分子生物学研究应用以及DNA/RNA合成和健康监测应用。
新型生物疗法
我们还瞄准了制药行业的新机会，以发现、改进和/或开发生物治疗候选药物。我们相信我们的 CodeEvolver®蛋白质工程平台技术可用于发现新的生物治疗候选药物，这些候选药物将靶向需要改进治疗干预的人类疾病。同样，我们相信我们可以部署我们的平台技术来改善客户先前存在的候选生物治疗药物的特定特征，例如其活性、稳定性或免疫原性。
我们的第一个主要项目是针对人体PKU的潜在治疗。PKU 是一种遗传性代谢疾病，其中缺乏将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶。2017 年 10 月，我们宣布与雀巢健康科学签订全球开发、期权和许可协议，以推进 CDX-6114，这是我们自己的新型口服给药酶候选药物，可用于潜在的北京尿毒治疗。2019 年 2 月，雀巢健康科学行使选择权，获得了全球独家、附带版税、可再许可的许可，用于北京大学管理的 CDX-6114 的全球开发和商业化。在行使选择权后，雀巢健康科学承担了 CDX-6114 未来临床开发和商业化的所有责任。
2017年10月，我们加入了雀巢SCA，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作利用CodeEvolver®平台技术，为雀巢健康科学已建立的消费者护理和医疗营养业务领域开发其他新型酶。雀巢SCA已延长至2021年12月。2020年1月，我们与雀巢健康科学签订了一项开发协议，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作推进针对通过雀巢SCA发现的胃肠道疾病 CDX-7108 的主要候选药物的临床前和早期临床研究。2021 年，我们与雀巢健康科学一起继续推进 CDX-7108 的启动 1 期临床试验，该试验于 2021 年 10 月开始。此外，双方正在雀巢SCA下推进三项针对不同胃肠道疾病的计划。
10


2020年3月，我们签订了《武田协议》，根据该协议，我们将合作研究和开发用于某些疾病适应症的基因治疗产品的蛋白质序列，这要符合法布里病、庞贝病和未公开的血液因子缺乏症的相应计划计划。2020 年 3 月，我们收到了一笔一次性、不可退还的现金付款 $8.5百万。在这些项目中，法布里病项目是最先进的，已向武田提供了包括 CDX-6311 在内的多个序列。2021年5月，武田选择行使选择权，将合作扩大到针对一种未公开的罕见遗传病的第四个项目。
关于 COVID-19 的业务最新情况
由于当前的 COVID-19 疫情，我们面临风险和不确定性。COVID-19 疫情给全球带来了巨大的公共卫生和经济挑战，正在影响我们的员工、社区和业务运营，以及美国经济和全球其他经济体。COVID-19 疫情将在多大程度上直接或间接影响我们的业务、经营业绩和财务状况将取决于高度不确定且可能无法准确预测的未来发展，包括疫情的持续时间和严重程度以及对客户影响的程度和严重程度、可能出现的有关 COVID-19 的新信息、为遏制或处理其影响而采取的行动以及对当地、区域、国家和国际市场的经济影响。
迄今为止，我们和我们的合作伙伴已经能够继续向全球客户提供我们的酶。但是，我们依赖我们的制造和物流合作伙伴，因此，我们的合作伙伴和客户的运营中断可能会影响我们向客户提供酶的能力。此外，由于政府命令以及与我们合作的客户的运营中断，我们提供未来研发（“研发”）服务的能力将继续受到影响。我们认为，在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，这些中断对收入的影响微乎其微。 疫情可能在多大程度上影响我们的业务运营和经营业绩将继续高度依赖于未来的发展，这些发展是不确定的，也无法充满信心地预测。
在美国，COVID-19 的影响，包括疫情期间管理企业运营的政府命令（“命令”），导致我们在加利福尼亚州雷德伍德城的设施暂时关闭，并在2020年中断了我们的研发业务。根据这些命令，从2020年3月中旬到2020年4月底，一些项目的研发业务暂时暂停。2020 年 5 月，我们启动了有限的研发业务，并加大了运营力度，因此我们目前正在利用正常的研发能力，同时遵循县、州和联邦 COVID-19 指导方针，保护员工。此外，我们于2020年5月恢复了雷德伍德城试点工厂的生产。
我们未来的经营业绩和流动性可能会受到超出正常付款条件的未清应收账款延迟支付、供应链中断和需求不确定以及我们为应对客户面临的财务和运营挑战而可能采取的任何举措或计划的影响的不利影响。COVID-19 对我们未来财务状况、流动性或经营业绩的短期和长期影响仍不确定。尽管为控制 COVID-19 传播而颁布的一些命令已经缩减了规模，疫苗的推广范围也有所扩大，但由于新的更具传染性的变种的出现或针对此类菌株的疫苗无效，COVID-19 的传播激增，可能会导致某些命令的重新实施，这可能会对我们的业务产生不利影响。
注意事项 2。 重要会计政策的列报基础和摘要
列报基础和合并原则
随附的未经审计的简明合并财务报表是根据美利坚合众国公认的会计原则（“GAAP”）和美国证券交易委员会（“SEC”）中期财务信息的适用规则和条例编制的，但不包括GAAP要求的完整财务报表的所有信息和附注。这些中期未经审计的简明合并财务报表应与我们截至2020年12月31日止年度的10-K表年度报告中包含的经审计的合并财务报表及其附注一起阅读。截至2020年12月31日的简明合并资产负债表源自当时经审计的合并财务报表，但不包括GAAP要求的完整财务报表的所有披露，包括附注。在编制截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月未经审计的简明合并财务报表时使用的重要会计政策与公司2020年10-K表年度报告中经审计的合并财务报表附注2中讨论的政策一致，并在必要时更新如下。自2020年12月31日以来，我们的重要会计政策或关键会计估计没有重大变化。
11

前一年的某些金额已在未经审计的简明现金流量表中进行了重新分类，以符合2021年的列报，但是这些重新分类对报告的经营业绩没有影响。
未经审计的简明合并财务报表的编制基础与经审计的合并财务报表相同，管理层认为，这些调整反映了为公允列报我们截至2021年9月30日的财务状况、截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月的经营业绩、截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月的股东权益变动以及九个月的现金流而认为必要的正常经常性调整截至 2021 年 9 月 30 日的月份还有 2020 年。中期业绩不一定代表任何未来中期或全年的业绩。
未经审计的简明合并财务报表包括Codexis, Inc.及其全资子公司的账目。所有公司间余额和交易均已在合并中清除。
估算值的使用
根据公认会计原则编制未经审计的简明合并财务报表要求我们做出估计、判断和假设，这些估计、判断和假设可能会影响报告的资产、负债、权益、收入和支出金额以及或有资产和负债的相关披露。我们会定期评估这些估计，这些估计主要影响收入确认、库存、股权投资估值、企业收购产生的商誉、应计负债、股票奖励以及与递延所得税资产相关的估值补贴。实际结果可能与这些估计有所不同，这种差异可能对合并财务报表具有重要意义。 COVID-19 疫情将在多大程度上直接或间接影响我们的业务、经营业绩和财务状况，包括销售、支出、储备金和津贴、制造、研发成本和员工相关金额，将取决于高度不确定且可能无法准确预测的未来发展，包括可能出现的有关 COVID-19 的新信息以及为遏制或治疗 COVID-19 而采取的行动，以及对地方、地区、国家的经济影响和国际客户、市场和经济。
会计公告
最近通过的会计公告
2019年12月，财务会计准则委员会（“FASB”）发布了亚利桑那州立大学第2019-12号，所得税（主题 740）：简化所得税会计 其目的是简化与所得税会计有关的各个方面。我们于 2021 年 1 月 1 日采用了经过修改的回顾性标准。该准则的采用对我们未经审计的简明合并财务报表没有影响。
2020年10月，美国财务会计准则委员会发布了亚利桑那州立大学第2020-10号， 编纂改进s. ASU 2020-10对FASB会计准则编纂中的各种主题进行了修订，该法典适用于受影响会计指南范围内的所有报告实体。我们在回顾的基础上于 2021 年 1 月 1 日采用了该标准。该准则的采用对我们未经审计的简明合并财务报表没有影响。
最近发布的会计公告尚未获得通过
财务会计准则委员会或其他准则制定机构会不时发布新的会计公告，这些声明自规定的生效日期起由我们采用。除非另有讨论，否则我们认为，最近发布的尚未生效的准则在采用后不会对我们未经审计的简明合并财务报表产生重大影响。
2021 年 5 月，财务会计准则委员会发布了 ASU 第 2021-04 号 每股收益（主题260）、债务—修改和清偿（副主题470-50）、薪酬—股票补偿（主题718）以及衍生品和套期保值—实体自有股权合约（副主题 815-40）、发行人对独立股票分类书面看涨期权的某些修改或交易的会计、新兴问题工作组的共识。该准则建立了一个基于原则的框架，根据标的交易的经济实质来考虑独立股票分类的书面看涨期权的修改。该准则还要求对财务报表进行增量披露。该标准影响根据主题260 “每股收益” 中的指导方针列报每股收益的实体。该标准对2021年12月15日之后开始的财政年度有效，包括这些财政年度内的过渡期，允许在包括过渡期在内的财政年度开始时适用该准则，从而允许提前采用。该标准有望在生效日当天或之后发生的修改或交换时采用。我们将评估股票分类书面看涨期权的修改，以确定该标准的适用性；但是，我们认为，亚利桑那州立大学2021-04的采用不会对我们未经审计的简明合并财务报表和相关披露产生重大影响。
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2020 年 8 月，FASB 发布了 ASU 第 2020-06 号债务—带有转换和其他期权的债务（副标题470-20）以及衍生品和套期保值—实体自有权益合约（副主题 815-40）2020年8月2020-06号关于可转换工具和实体自有权益合约的会计处理，以降低复杂性并简化可转换债务工具和可转换优先股的会计，以及实体自有权益合约的衍生品范围例外情况。此外，计算摊薄后每股收益的指导方针已得到简化，内部更加一致。该标准对2021年12月15日之后开始的财政年度有效，包括这些财政年度内的过渡期，允许从2020年12月15日开始的财政年度提前采用。该标准可以在修改后的追溯性或完全追溯性的过渡方法上采用，一旦采用，各实体可以根据副主题825-10不可撤销地选择公允价值期权， 金融工具——总体而言，适用于任何可转换证券的金融工具。我们认为，ASU 2020-06的采用不会对我们未经审计的简明合并财务报表和相关披露产生重大影响。
2020年3月，财务会计准则委员会发布了第2020-04号亚利桑那州立大学， 参考利率改革（主题848）：促进参考利率改革对财务报告的影响。 该标准为将GAAP应用于合约、套期保值关系和其他交易提供了可选的权宜之计和例外情况，这些交易预计由于参考利率改革而将停止使用参考伦敦银行同业拆借利率或其他参考利率。该标准对所有实体均有效，可以在2022年12月1日之前通过，但允许提前采用。该标准可以在预期的基础上采用。我们将评估因参考利率改革而发生的交易或合同修改，并决定是否为合同修改选择可选的权宜之计；但是，我们认为，亚利桑那州立大学2020-04的采用不会对我们未经审计的简明合并财务报表和相关披露产生重大影响。
与本文所述的最新会计声明相比，在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，最近没有其他对我们具有重要意义或潜在意义的会计声明或会计声明的变化。
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注意事项 3。 收入确认
收入分列
下表按产品和服务的性质和地理区域提供了有关与客户签订合同的收入的分类信息，并包括分类收入与应报告细分市场的对账情况。追踪的地理区域是美洲（美国、加拿大和拉丁美洲）、EMEA（欧洲、中东和非洲）和亚太地区（澳大利亚、新西兰、东南亚和中国）。
区段信息如下（以千计）：
截至2021年9月30日的三个月截至2020年9月30日的三个月
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计
主要产品和服务：
产品收入$28,731 $— $28,731 $8,401 $— $8,401 
研发收入3,853 4,185 8,038 4,604 5,380 9,984 
总收入$32,584 $4,185 $36,769 $13,005 $5,380 $18,385 
主要地理市场：
美洲
$5,999 $1,817 $7,816 $3,209 $2,632 $5,841 
EMEA
2,317 2,368 4,685 2,141 2,748 4,889 
亚太地区
24,268 — 24,268 7,655 — 7,655 
总收入$32,584 $4,185 $36,769 $13,005 $5,380 $18,385 
截至2021年9月30日的九个月截至2020年9月30日的九个月
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计
主要产品和服务：
产品收入$53,674 $— $53,674 $18,005 $— $18,005 
研发收入14,723 11,856 26,579 13,380 16,638 30,018 
总收入$68,397 $11,856 $80,253 $31,385 $16,638 $48,023 
主要地理市场：
美洲
$12,573 $6,015 $18,588 $7,381 $10,591 $17,972 
EMEA
11,294 5,841 17,135 8,128 6,047 14,175 
亚太地区
44,530 — 44,530 15,876 — 15,876 
总收入$68,397 $11,856 $80,253 $31,385 $16,638 $48,023 
合约余额
下表列出了合同资产、未开票应收账款、合同成本和合同负债的余额（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
合同资产$12,701 $4,526 
未开单应收账款$10,760 $10,942 
合同成本$70 $90 
合同负债：递延收入$6,196 $4,791 
我们有 不在截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月中，与金融资产相关的资产减值费用。
合同资产的增加主要是由于合同的产品收入随着时间的推移而增加
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收入确认。未开票应收账款的名义减少主要是由于开票时机造成的。递延收入的增加主要是由于收到的现金预付款超过确认收入。
我们确认了以下收入（以千计）：
截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
期内确认的以下收入：2021202020212020
期初合同负债中包含的金额：
履约义务得到履行$658 $708 $1,997 $58 
时期的变化：
分配给前一期履行的履约义务的估计交易价格的变化1,521 233 5,848 854 
该期间通过新活动履行的履约义务——合同收入34,590 17,444 72,408 47,111 
总收入$36,769 $18,385 $80,253 $48,023 
履约义务
下表列出了预计将在未来确认的与报告期末未履行或部分未履行的履约义务相关的估计收入。预计收入不包括原始期限为一年或更短的合同、归因于特许权使用费的可变对价金额或截至2021年9月30日未行使的合同续约。
下表中的余额部分基于估算截至2021年9月30日客户根据相应合同行使重大权利的未来订单所涉及的判断（以千计）：
2021 年的剩余时间202220232024 年及以后总计
产品收入$5 $67 $67 $2,700 $2,839 
研发收入1,106 1,705 546 — 3,357 
总收入$1,111 $1,772 $613 $2,700 $6,196 
注意事项 4。 N每股净收益（亏损）野兔
每股基本净收益（亏损）的计算方法是将净收益（亏损）除以可没收的已发行普通股、减少限制性股票奖励（“RSA”）的加权平均数。摊薄后的每股净收益（亏损）的计算方法是，净收益（亏损）除以已发行普通股的加权平均数，减去可能被没收的RSA，再加上所有本来可以流通的额外普通股（假设已经为其他稀释性证券发行了潜在的普通股）。
反稀释证券
在净亏损期间，在应用库存股法之前，已发行股票的加权平均数将潜在的稀释性证券排除在普通股摊薄后的每股净亏损的计算范围之外，因为将此类股票包括在内会产生反稀释作用。
下表列出了截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月内每股基本和摊薄后净收益（亏损）的计算结果（以千计，每股金额除外）：
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截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
2021202020212020
分子：
净收益（亏损）$2,244 $(6,094)$(11,089)$(20,090)
分母：
用于计算每股净收益（亏损）的加权平均普通股，基本64,628 59,061 64,452 58,984 
稀释性股票的影响3,113 — — — 
用于计算每股净收益（亏损）的加权平均普通股，摊薄后67,741 59,061 64,452 58,984 
基本每股净收益（亏损）$0.03 $(0.10)$(0.17)$(0.34)
摊薄后的每股净收益（亏损）$0.03 $(0.10)$(0.17)$(0.34)

在计算摊薄后的每股净收益（亏损）时未考虑以下股票，因为它们的影响是反稀释的（以千计）：
 截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
 2021202020212020
根据股权激励计划可发行的股票4515,1825,1485,182
注意事项 5。 投资非有价证券
非有价债务证券
我们将被视为可供出售的非有价债务证券归入公允价值层次结构的第三级，因为我们使用最新的可观察交易价格和其他不可观察的重大输入，包括我们持有的证券的波动率、权利和义务，根据定性分析估算公允价值。
我们使用特定的识别方法确定出售或清偿非有价债务证券的收益或损失。代表股份结算赎回特征的分叉嵌入式衍生品的未实现收益和亏损在未经审计的简明合并运营报表中记作其他支出净额。在变现之前，非有价债务证券的未实现收益和亏损作为其他综合亏损的组成部分入账。已实现收益或亏损作为其他收入（支出）的组成部分入账，净额。
2020年11月，我们以美元的价格购买了早期计算蛋白设计公司Arzeda Corp. 发行的可转换次级票据1.0百万。该投资被归类为可供出售的非有价有息债务证券，账面价值为美元1.0截至 2020 年 12 月 31 日，百万人。2021年7月，我们转换了账面价值为美元的非有价债务证券1.3百万进入 207,070Arzeda Corp. B-2系列优先股的股份 在截至 2021 年 9 月 30 日的三个月和九个月，w我们认出来了 零和 $0.3分期偿还债务折扣的利息收入和我们在该债务证券投资中获得的利息分别为百万美元，以及 零和 $10.5数千美元的其他费用，分别计入嵌入式分叉衍生品公允价值变动的其他收入（支出）。我们认识到 不未实现或 在截至2021年9月30日的三个月和九个月中实现的收益或亏损。我们认识到 不截至2020年9月30日的三个月和九个月期间，利息收入、其他支出以及未实现或已实现的收益或亏损。
有 不截至2021年9月30日对非有价债务证券的投资。 截至 2020 年 12 月 31 日，非有价债务证券的调整后成本、账面价值和公允价值如下（以千计）：
2020年12月31日
调整后的成本和账面价值公允价值
1年或更短时间内到期的非有价债务证券$1,000 $1,000 
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非有价股票证券
非流通股权证券是对私人控股公司的投资，市值不易确定。我们使用一种衡量替代方案来衡量非有价股票证券的投资，这种衡量方法是以成本法减去减值（如果有），加上或减去可观测到的非经常性价格变动所产生的变化来衡量这些证券。我们调整了在此期间重新计量的非有价股票证券的账面价值，并将由此产生的收益或亏损作为净收入（支出）的组成部分确认。
我们根据衡量替代方案衡量了对MAI和Arzeda Corp. 的股权投资，并根据同一发行人的相同或相似股票证券的有序交易中可观察到的价格变化调整了账面价值。我们认出了 $0.7由于最近一轮融资，我们在MAI投资的账面价值发生了变化，净收益为百万美元（支出）。我们认识到 不未实现或已实现的收益或亏损 d在截至2020年9月30日的三个月和九个月中。我们在MAI投资的账面价值为$11.5百万和美元1.52021 年 9 月 30 日为百万以及 分别是2020年12月31日。我们对Arzeda Corp的投资的账面价值为美元1.3百万在 2021 年 9 月 30 日。
下表列出了非有价股票证券账面价值余额（以千计）：
 2021年9月30日2020年12月31日
不可出售的股权证券$12,763 $1,450 
注意事项 6。 公允价值测量
下表列出了在公允价值层次结构中经常按公允价值计量的金融工具（以千计）：
 2021年9月30日
 第 1 级第 2 级第 3 级总计
货币市场基金 $95,089 $— $— $95,089 
 2020年12月31日
 第 1 级第 2 级第 3 级总计
货币市场基金 $127,567 $— $— $127,567 
不可出售的债务证券— — 1,000 1,000 
总计$127,567 $— $1,000 $128,567 
在截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月中，我们做到了 不不确认任何重大信贷损失 不r 非有价证券的临时减值损失除外。
注意事项 7。 资产负债表详情
现金等价物
截至2021年9月30日和2020年12月31日，现金等价物包括以下内容（以千计）：
 2021年9月30日2020年12月31日
 调整后的成本估计公允价值调整后的成本估计公允价值
货币市场基金 (1)
$95,089 $95,089 $127,567 $127,567 
(1)在我们的合并资产负债表中，货币市场基金按现金和现金等价物分类。平均合同到期日（以天为单位）不适用。
截至2021年9月30日，现金及现金等价物总余额为美元119.2百万美元由美元的货币市场基金组成95.1百万美元和现金24.1百万美元存放在主要金融机构。截至2020年12月31日，现金及现金等价物总余额为美元149.1百万美元由美元的货币市场基金组成127.6百万美元和现金21.5百万美元存放在主要金融机构。
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库存
库存包括以下各项（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
原材料$49 $77 
在处理中工作77 82 
成品958 805 
库存$1,084 $964 
存货是扣除储备金后的净额入账的1.5截至 2021 年 9 月 30 日和 2020 年 12 月 31 日，百万人。
财产和设备，净额
财产和设备，净额包括以下各项（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
实验室设备$29,103 $25,468 
租赁权改进10,785 10,785 
计算机设备和软件3,313 3,192 
办公设备和家具1,247 1,246 
在建工程6,678 2,357 
财产和设备51,126 43,048 
减去：累计折旧和摊销(35,002)(33,373)
财产和设备，净额$16,124 $9,675 
未经审计的简明合并运营报表中包含的折旧费用如下（以千计）：
截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
2021202020212020
折旧费用$768 $503 $2,143 $1,403 
善意
商誉的账面价值为 $3.2截至 2021 年 9 月 30 日和 2020 年 12 月 31 日，百万人。
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其他应计负债
其他应计负债包括以下各项（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
应计购买量 $9,050 $7,170 
应计的专业和外部服务费5,936 2,589 
其他941 513 
总计$15,927 $10,272 
注意事项 8。 股票薪酬
股权激励计划
2019年，我们的董事会（“董事会”）和股东批准了2019年激励奖励计划（“2019年计划”）。2019年计划取代并完全取代了我们于2010年3月生效的2010年股权激励计划（“2010年计划”），根据2010年计划，将不再发放更多奖励；但是，2010年计划的条款和条件将继续适用于该计划下的任何未偿奖励。
2019年计划规定授予股票期权，包括激励性股票期权和非合格股票期权、股票增值权、限制性股票奖励（“RSA”）、限制性股票单位（“RSU”）、绩效视乎的限制性股票单位（“PSU”）、基于绩效的期权（“PBO”）、其他股票或现金奖励以及公司或任何母公司或子公司符合条件的员工和顾问的股息等价物，以及作为董事会成员。
根据2019年计划，我们可供发行的普通股数量等于（i）的总和 7,897,144股份，以及 (ii) 根据2010年计划授予的截至2019年4月22日已发行且随后终止、到期、失效或被没收的任何受2010年计划授予的奖励的股份，前提是不超过 14,000,000股票可以在行使激励性股票期权（“ISO”）时发行。2019 年 6 月， 8.1根据经修订的1933年《证券法》（“证券法”）注册了根据2019年计划授权发行的百万股股票。
2010年计划规定向我们的员工、非雇员董事和顾问授予激励性股票期权、非法定股票期权、RSU、RSA、PSU、PBO、股票增值权和股票购买权。
股票期权
激励性股票期权的期权行使价必须至少为 100授予之日我们普通股公允价值的百分比和非法定股票期权的期权行使价至少为 85董事会确定的授予之日我们普通股公允价值的百分比。如果在授予时，期权持有人直接或通过归属拥有的股票持有量超过 10占我们所有已发行股本总投票权的百分比，这些期权的行使价必须至少为 110标的普通股公允价值的百分比。授予员工的股票期权的最长期限通常为 十年然后把背心拿过来 四年自拨款之日起，其中 25% 在一年结束时返利，以及 75% 在剩下的三年中每月归还。我们可能会不时授予具有不同归属条款的期权。除非员工因残疾或死亡而终止服务，否则任何未行使的既得期权将在服务终止时被没收 三个月或期权到期，以较早者为准。
限制性股票单位 (“RSU”)
我们还向员工发放限制性股票单位，该抵消单位通常高于任一员工 三年期间为 33在归属开始日期的每个周年纪念日或之后归属于限制性股票单位的股份的百分比 四年期间为 25在归属开始之日的每个周年纪念日当天归属的受限制股份的百分比，每种情况都取决于该员工在该归属日的持续服务。如果在解除授予限制之前终止雇佣关系，则RSU通常会被没收。我们可能会不时授予限制性股票单位不同的归属条款。
与业绩相关的限制性股票单位（“PSU”）和基于绩效的期权（“PBO”）
董事会薪酬委员会仅批准了非执行员工，授权我们的首席执行官批准PSU的拨款。董事会薪酬委员会还批准了向我们的高管发放PBO和PSU的补助金。PSU和PBO的归属基于在指定时间表内成功实现某些公司运营里程碑以及在适用的归属日期之前持续就业的情况。当认为此类奖励有可能实现绩效目标时，以股票为基础的认可
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补偿费用开始。一旦确定了有资格归属的股票数量，这些股票就会归属 二等额分期付款 50% 在成就后归属，剩余部分 50在每种情况下，成就一周年归属的百分比，视接受者在适用的归属日期之前的持续服务而定。如果在门槛水平上实现绩效目标，则有资格归属于PSU和PBO的股票数量将等于授予的PSU数量的一半和授予的PBO基础股票数量的四分之一。如果在目标水平上实现绩效目标，则有资格归属于PSU和PBO的股票数量将等于授予的PSU数量和授予的PBO基础股票的一半。如果在更高级别上实现绩效目标，则有资格归属于PSU的股票数量将等于授予的PSU数量的两倍，等于授予的PBO数量的两倍。在PSU和PBO的阈值和目标水平之间，或PSU的目标水平与上级水平之间，实现绩效目标后可发行的股票数量将使用线性插值法确定。低于门槛水平的成就将导致 不股票有资格向PSU和PBO进行归属。
在2021年第一季度，我们授予PSU（“2021 PSU”）和PBO（“2021 PBO”），每项奖励根据各种加权绩效目标的实现情况开始归属，包括公司收入、高性能酶细分市场毛利率、重大新生物疗法宣传活动、战略绩效酶和生物疗法交付成果、安全性、技术和战略计划制定。截至2021年9月30日，我们估计2021 年 PSU 和 2021 年 PBO 的绩效目标将在 146% 和 73分别为目标水平的百分比，并相应地确认的股票薪酬支出。
2020年，我们授予PSU（“2020年PSU”）和PBO（“2020 PBO”），每项授权都是根据各种加权绩效目标的实现情况开始归属的，这些目标包括企业收入、高性能酶细分市场毛利率、重大新生物疗法宣传活动、战略绩效酶和生物疗法交付成果，以及战略计划制定。在2021年第一季度，我们确定2020年PSU和2020年PBO的绩效目标已实现为 88目标水平的百分比，并相应地确认支出。因此， 502021年第一季度归属于2020年PSU和PBO基础的股份的百分比，以及 50在每种情况下，2020年PSU和PBO标的股份的百分比将在2022年第一季度归属，视接收方在每个归属日的持续服务而定。
2019 年，我们授予了 PSU（“2019 年 PSU”）和 PBO（“2019 年 PBO”），两者均根据实现各种加权绩效目标开始归属，包括持续收入和绩效酶增长、生物疗法的战略进展、现金余额和战略计划制定。在2020年第一季度，我们确定2019年PSU和2019年PBO的绩效目标已实现为 84目标水平的百分比，并相应地确认支出。因此， 502020年第一季度归属于2019年PSU和PBO基础的股份的百分比，以及 50在每种情况下，在2021年第一季度归属于2019年PSU和PBO的标的股份的百分比，视接收方在每个归属日的持续服务而定。
股票薪酬支出
股票薪酬支出包含在未经审计的简明合并运营报表中，如下所示（以千计）：
 截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
 2021202020212020
研究和开发 $652 $385 $1,726 $1,279 
销售、一般和管理2,364 1,599 6,821 4,813 
总计$3,016 $1,984 $8,547 $6,092 
下表按证券类型列出了未经审计的简明合并运营报表中包含的股票薪酬支出总额（以千计）：
 截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
 2021202020212020
股票期权$693 $619 $2,040 $1,735 
RSU 和 RSA742 603 1,974 1,812 
PSU640 295 1,683 922 
PBO941 467 2,850 1,623 
总计$3,016 $1,984 $8,547 $6,092 
20

截至2021年9月30日，扣除预期没收后，未确认的股票薪酬支出为美元4.4百万美元与未归属股票期权有关，美元4.0百万美元与未归属的限制性股票单位和注册系统管理人有关，美元1.5百万雷亚尔已移交给未归属的 PSU，以及 $2.6百万相关根据目前对成就水平的估计，分配给未归属的PBO。基于股票的薪酬 前对这些奖项的看法将在今年得到认可f 2025.
注意事项 9。 资本存量
行使期权
在截至2021年9月30日和2020年9月30日的九个月中，我们发行了 422,964和 87,240分别以加权平均行使价为美元的期权行使时的股票6.45和 $6.17分别为每股，净现金收益为美元2.7百万和美元0.5分别是百万。
股权分配协议
我们在S-3表格上向美国证券交易委员会提交了注册声明，根据该声明，我们可以不时通过一次或多次发行出售普通股、优先股、债务证券、认股权证、购买合约和单位。注册声明于2021年5月7日生效。2021 年 5 月，我们与 Piper Sandler & Co（“PSC”）签订了股权分配协议（“EDA”），根据该协议，作为我们的独家代理商，PSC可以自行决定并在我们可能不时确定的时间出售 三年从执行 EDA 到最大 $ 的时间段50.0我们的普通股的百万股。根据EDA的条款，根据经修订的1933年《证券法》第415条的规定，PSC可以通过任何被视为 “市场发行” 的方法按市场价格出售股票。
在EDA期限内，我们无需在任何时候出售任何股票。EDA将在以下时间终止：（i）根据EDA的条款和条件通过PSC发行和出售所有股票，或（ii）根据其条款终止EDA，以较早者为准。根据EDA，任何一方均可在向另一方发出书面通知后随时终止EDA，收到此类通知后，本次发行将终止。在任何情况下，在美国证券交易委员会首次宣布注册声明生效三年后，均不得根据EDA出售任何股票。我们同意向 PSC 支付佣金 3根据EDA出售的任何股票的总销售价格的百分比。除某些费用外，我们将向PSC支付的费用最高为 8根据EDA出售的股票总销售价格的百分比，包括佣金和PSC费用报销总额的百分比。
在截至2021年9月30日的三个月和九个月中， 不我们的普通股是根据EDA发行的。截至2021年9月30日，美元50.0根据EDA，仍有数百万股股票可供出售。
注意事项 10。 承付款和或有开支
经营租赁
我们的总部位于加利福尼亚州的雷德伍德城，我们在那里大约占据一席之地77,300在大都会人寿保险公司（“大都会人寿”）的同一商业园内多栋建筑物中占地平方英尺的办公和实验室空间。我们与大都会人寿的租赁协议（“RWC Lease”）包括大约 28,200平方英尺的空间位于加利福尼亚州雷德伍德城佩诺布斯科特大道 200 号和 220 号（“200/220 佩诺布斯科特空间”），大约 37,900平方英尺的空间位于加利福尼亚州雷德伍德城佩诺布斯科特大道 400 号（“400 Penobscot Space”）（200/220 Penobscot Space 和 400 Penobscot 空间统称为 “佩诺布斯科特空间”），大约11,200平方英尺的空间位于加利福尼亚州雷德伍德城切萨皮克大道501号（“切萨皮克空间501号”）。
在 2020 年 1 月底之前，我们还租赁了大约 29,900平方英尺的空间位于加利福尼亚州雷德伍德城萨吉诺大道101号（“萨吉诺太空”）。2020 年 1 月，我们转租了大约 26,500萨吉诺空间的平方英尺给密涅瓦外科公司。萨吉诺太空的租约和转租均于2020年1月底到期。在 2020 年 2 月 1 日至 2020 年 4 月 30 日期间，我们转租了大约 3,400密涅瓦外科公司位于萨吉诺大道101号的平方英尺转租已于2020年4月底到期。
我们于2004年与大都会人寿签订了我们在雷德伍德城的设施的初始租约，此后，RWC租约进行了多次修订，以调整租赁空间和租赁条款。2019年2月，我们与大都会人寿就佩诺布斯科特空间和切萨皮克501号空间签订了第八项租约修正案（“第八修正案”），将租约期限延长一段时间。根据第八修正案，佩诺布斯科特空间的租赁期限已延长至2027年5月。切萨皮克501号空间的租赁期限为
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延长至 2029 年 5 月。我们有 一(1) 将佩诺布斯科特空间的租约期限延长五人的选择权 (5) 年，以及 一(1) 单独选择将切萨皮克501号空间的租约期限延长五人 (5) 年份。
我们需要将我们租用的雷德伍德城设施的某些区域恢复到原始状态。我们将资产报废义务的支出超出相应的租赁条款。我们会审查每个报告期的预计债务，如果我们的估算值发生变化，我们会进行调整。我们记录的资产报废义务为美元0.3截至2021年9月30日和2020年12月31日为百万美元，这些负债包含在未经审计的简明合并资产负债表中的其他长期负债中。在截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月中，与我们的资产退休义务相关的增值支出为名义支出。
根据RWC租赁条款，我们行使了交付信用证以代替保证金的权利。信用证由银行持有的存款余额抵押，金额为美元1.0截至2021年9月30日和2020年12月31日，百万美元，在未经审计的简明合并资产负债表中记为非流动限制性现金。
我们在2021年第二季度在加利福尼亚州圣卡洛斯签订了短期办公租约，该租约将于2022年4月到期。根据该租约，我们的剩余未来承诺为美元0.1截至 2021 年 9 月 30 日，百万人。
融资租赁
2016 年 12 月，我们签订了 三年与第三方供应商签订的关于购买实验室设备的融资租赁协议，该协议部分通过融资租赁美元融资0.4百万。该租约自2017年2月设备交付之日起生效，期限也随之生效三年租约从 2017 年 2 月开始，并于 2020 年 2 月到期。该融资协议被列为融资租赁，因为租约结束时有讨价还价的购买期权。2017 年 4 月，我们签订了 三年与第三方供应商签订的融资租赁协议，以美元的价格购买信息技术设备0.3百万。的有效期限 三年租约从 2017 年 5 月开始，并于 2020 年 4 月到期。
租赁和其他信息
租赁成本、衡量租赁义务中包含的金额以及与不可取消的经营租赁和融资租赁相关的其他信息如下（以千计）：
截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
 2021202020212020
融资租赁成本：
使用权资产的摊销$26 $27$79 $126 
租赁债务的利息———1 
融资租赁成本26 27 79 127 
运营租赁成本1,032 1,033 3,097 3,133 
短期租赁成本 (1)
30 — 40 47 
转租收入— — — (55)
总租赁成本 (2)
$1,088 $1,060 $3,216 $3,252 
(1) 超期租赁的短期租赁成本 一个月而且小于 一年.
(2)该公司有 不可变租赁成本。

其他信息：经营租赁
加权平均剩余租赁期限（以年为单位）5.9年份
加权平均折扣率6.6 %
截至9月30日的九个月
已支付的现金：20212020
来自经营租赁的运营现金流$3,145 $1,795 
为来自融资租赁的现金流融资$— $60 
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截至2021年9月30日，我们对不可取消经营租赁的年度未贴现现金流的到期分析如下（以千计）：

截至12月31日的年份经营租赁
2021 年（剩余 3 个月）$1,052 
20224,285 
20234,589 
20244,726 
20254,868 
2026 年及以后8,626 
最低租赁付款总额28,146 
减去：估算利息5,146 
租赁义务$23,000 
未来租赁承诺
2021年第一季度，我们与旧金山ARe63有限责任公司（“ARE”）签订了租赁协议，租赁该设施的一部分，包括大约 36,593加利福尼亚州圣卡洛斯的可出租平方英尺用作额外的办公和研发实验室空间（“圣卡洛斯空间”）。我们预计，在ARE根据施工计划基本完成租户改善后，圣卡洛斯空间将于2021年12月开始入住。预算提供的租户改善补贴净额为 $6.3百万加上不超过美元的额外津贴2.7百万，我们预计会用到这个数字。ARE将拥有强制执行的权利，要求我们在租赁期限内以一定的利率按月等额的额外租金支付额外租金，以获得额外补贴。这些条款包括初始年化基本租金 $2.5百万，视预定时间而定 3年租金增长百分比，年化额外津贴为美元0.4百万，外加某些运营费用。租约有一个 10-自租约开始之日起一年的期限 一可以选择将期限再延长一段时间 5年份。我们为 ARE 提供了 $0.5以信用证的形式存入百万美元的保证金。经房东同意，我们有权转租该设施。我们确定租约的开始日期是 2021 年 12 月， 届时我们将记录使用权资产和相应的经营租赁负债。
租赁年度未贴现现金流的估计到期分析如下（以千计）：
截至12月31日的年份经营租赁
2021 年（剩余 3 个月）$— 
20222,463 
20232,988 
20243,066 
20253,145 
2026 年及以后20,061 
最低租赁付款总额$31,723 
其他承诺
我们在正常业务过程中签订供应和服务安排。供应安排主要针对固定价格的制造和供应。服务协议主要用于制造工艺的开发和某些研究。服务协议下的承诺可酌情取消，这可能需要支付某些取消费用。服务安排的完成时间取决于对完成工作所需时间的估计差异。
下表提供了有关我们其他承诺的定量数据。未来的最低付款额反映了我们预计支付的金额，包括服务协议项下的潜在义务，但有我们取消的风险（在
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成千上万）：
其他承诺协议类型协议日期未来最低还款额
制造和供应协议，预计未来付款日期为2022年12月2016 年 4 月$147 
开发和制造服务协议2019 年 9 月686 
其他承付款总额$833 
信贷额度
2017年6月30日，我们与西方联盟银行签订了信贷额度（“信贷额度”），包括不超过美元的定期贷款（“定期债务”）10.0百万美元，以及循环信贷额度（“循环信贷额度”）下的预付款（“预付款”），最高可达美元5.0百万美元，应收账款借款基础为 80符合条件的应收账款的百分比。截至2021年9月30日和2020年12月31日，我们还没有从信贷额度中提取款项。我们可以分别在2021年12月31日和2024年10月1日之前的任何时候提取定期债务和循环信贷额度。2024年10月1日，根据定期债务提取的贷款到期，循环信贷额度终止。根据定期债务发放的贷款的到期日利息等于 (i) 中较大者 3.75% 或 (ii) (A) 指数利率（发布在《华尔街日报》西部版货币利率栏目的最优惠利率）的总和 plus (B) 0.50%。根据循环信贷额度发放的预付款按浮动年利率计息，等于 (i) 中较大者 4.25% 或 (ii) (A) 最优惠利率加上 (B) 的总和 1.00%.
我们在信贷额度下的债务由对除知识产权以外的几乎所有个人财产的留置权担保。信贷额度包括许多习惯性契约和限制性财务契约，包括满足最低产品收入水平以及与贷款机构保持一定的最低现金水平。信贷额度的财务契约限制了公司转让抵押品、承担额外债务、进行合并或收购、支付股息或进行其他分配、进行投资、设立留置权、出售资产或出售外国子公司持有的某些资产的能力。不遵守这些契约可能允许贷款人对我们和为信贷额度提供担保的抵押品采取补救措施，包括取消我们为信贷额度和现金提供担保的财产的抵押品赎回权。截至2021年9月30日，我们遵守了信贷额度的契约。
信贷额度允许在2022年11月1日之前对定期债务进行纯息支付。在适用的摊还日期之后，需要每月支付定期债务的本金和利息。我们可以选择随时全额预付循环信贷额度下的定期债务和预付款。
法律诉讼
我们目前不是任何重大未决诉讼或其他重大法律诉讼的当事方。
赔偿
我们必须确认我们在签发担保时承担的任何债务的公允价值负债。我们与许可人、被许可人和合作者签订了某些包含赔偿条款的协议。在此类条款中，我们通常同意就某些类型的第三方索赔向许可人、被许可人和合作者提供补偿。最高赔偿金额不受限制。当损失可能发生且可以合理估计时，我们会针对已知的赔偿问题进行累计。曾经有 不所列任何期限内与赔偿问题相关的应计费用。
注意 11。 关联方交易
分子装配有限公司
2020年6月，我们与MAI签订了股票购买协议，根据该协议，我们购买了该协议 1,587,050MAI的A系列优先股股价为美元1.0百万。在这笔交易中，我们的总裁兼首席执行官约翰·尼科尔斯也加入了MAI的董事会。在进行初始股权投资的同时，我们与MAI签订了MAI协议，根据该协议，我们将使用我们的CodeEvolver提供服务®蛋白质工程平台技术，用于改进 DNA 聚合酶，以换取 MAI A 系列优先股的额外股份形式的补偿。2021 年 4 月，我们又购买了 1,000,000MAI的A系列优先股股价为美元0.6百万。 2021 年 9 月，我们购买了 9,198,423MAI的B系列优先股股价为美元7.0百万。
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我们认出了 $0.2百万和美元0.7在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，与MAI交易的研发收入分别为百万美元，我们确认了美元0.5在截至2020年9月30日的三个月和九个月中，与MAI的研发服务交易收入为百万美元。 我们收到了 476,114和 1,904,456我们在本年向MAI提供的研发服务中获得的MAI的A系列和B系列优先股的股份 分别截至2021年9月30日的三个月和九个月，以及 714,171在截至2020年9月30日的三个月和九个月中，来自研发服务的MAIA系列优先股的股票。截至 2021 年 9 月 30 日，我们有 15,118,271自与MAI签订股票购买协议以来，我们获得或购买的MAI的A系列和B系列优先股的股份。我们投资MAI A系列和B系列优先股的账面价值为美元11.5百万和美元1.5截至2021年9月30日和2020年12月31日，分别为百万人。我们有 $0.5百万和 零处于延迟状态 分别截至2021年9月30日和2020年12月31日的收入，以及 零和 $0.5百万在分别于2021年9月30日和2020年12月31日为止由MAI提供的服务而应付的合同资产中。 所提供服务的付款以额外的MAI A系列和B系列优先股的形式收到。
阿斯利康有限公司
Pam P. Cheng 在 2020 年 6 月之前一直担任董事会成员，他于 2015 年 6 月加入阿斯利康集团担任运营和信息技术执行副总裁。我们向阿斯利康公司及其受控采购代理和合同制造商出售了生物催化剂产品。我们认识到ed $0.1百万 截至郑女士离开董事会之日止的 2020 年收入的百分比.截至 2020 年 12 月 31 日，我们有 不来自阿斯利康公司及其受控采购代理和合同制造商的应收账款。
注意事项 12。 分部、地域和其他收入信息
细分信息
我们将业务管理为 二业务领域：高性能酶和新型生物疗法。我们的首席运营决策者（“CODM”）是我们的首席执行官。我们的业务部门主要基于我们的组织结构和经营业绩，我们的CODM在评估业绩和为公司分配资源时使用了这些组织结构和经营业绩。
我们将未包含在应申报业务部门中的公司相关费用（例如法律、会计、信息技术和其他成本）报告为 “公司成本”。所有未包含在运营收入（亏损）中的项目均不包括在业务部门中。
我们按公司整体而不是按业务部门管理资产，因为我们的大部分运营资产是共享或混合的。我们的CODM在评估业绩或分配资源时不会按业务领域审查资产信息，因此，我们不按业务领域报告资产信息。
高性能酶
我们最初将我们的 CodeEvolver 商业化®制药市场中的蛋白质工程技术平台和产品，迄今为止，这仍然是我们服务的最大市场。我们的客户，包括许多大型全球制药公司，在其制造工艺和工艺开发中使用我们的技术、产品和服务。我们还使用该技术开发了用于其他工业市场的定制酶。这些市场由多个大型垂直行业组成，包括食品和食品原料、动物饲料、香精、香精和农用化学品。我们还使用我们的技术为使用NGS和PCR/qPCR的客户开发酶，用于体外分子诊断和分子生物学研究应用。
新型生物疗法
我们还瞄准了制药行业的新机会，以发现、改进和/或开发生物治疗候选药物。我们相信我们的 CodeEvolver®蛋白质工程平台技术可用于发现新的生物治疗候选药物，这些候选药物将靶向需要改进治疗干预的人类疾病。同样，我们相信我们可以部署我们的平台技术来改善客户先前存在的候选生物治疗药物的特定特征，例如其活性、稳定性或免疫原性。最值得注意的是我们对人体PKU潜在治疗的牵头项目。PKU 是一种遗传性代谢疾病，其中缺乏将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶。
我们还开发了一系列其他候选生物治疗药物，这些候选药物正在临床前开发中，我们预计将继续对这些候选药物进行额外投资，以期推进更多针对其他治疗领域的候选产品。2020年3月，我们与武田签订了武田协议，根据该协议，我们将研究和开发用于某些疾病的基因治疗产品的蛋白质序列。
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在确定时考虑的因素 二公司应报告的部门包括业务活动的性质、直接向CODM负责的运营和管理活动的管理结构、离散财务信息的可用性以及向董事会提供的信息。我们的CODM定期审查我们的细分市场以及管理层为绩效评估和资源分配提供的方法。
直接支持该分部活动的运营费用是根据分部人数、收入贡献或分部内业务部门的活动以及向该分部提供的公司活动类型进行分配的。费用分配不包括与各部门分开管理的某些公司成本。这为CODM提供了更有意义的细分市场盈利能力报告，以支持运营决策和分配资源。
下表按我们的应申报业务部门提供了财务信息，以及所得税前合并收益（亏损）的对账表（以千计）：

截至2021年9月30日的三个月截至2020年9月30日的三个月
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计
收入：
产品收入$28,731 $— $28,731 $8,401 $— $8,401 
研发收入3,853 4,185 8,038 4,604 5,380 9,984 
总收入32,584 4,185 36,769 13,005 5,380 18,385 
成本和运营费用：
产品收入成本6,867 — 6,867 3,642 — 3,642 
研究和开发(1)
5,670 8,850 14,520 5,184 6,433 11,617 
销售、一般和管理(1)
3,306 831 4,137 2,675 515 3,190 
分部成本和运营费用总额15,843 9,681 25,524 11,501 6,948 18,449 
运营收入（亏损）$16,741 $(5,496)11,245 $1,504 $(1,568)(64)
企业成本 (2)
(8,097)(5,483)
未分配折旧和摊销(794)(528)
所得税前收入（亏损）$2,354 $(6,075)
 
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截至2021年9月30日的九个月截至2020年9月30日的九个月
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计
收入：
产品收入$53,674 $— $53,674 $18,005 $— $18,005 
研发收入14,723 11,856 26,579 13,380 16,638 30,018 
总收入68,397 11,856 80,253 31,385 16,638 48,023 
成本和运营费用：
产品收入成本15,403 — 15,403 7,882 — 7,882 
研究和开发(1)
17,172 20,649 37,821 15,877 16,848 32,725 
销售、一般和管理(1)
9,294 2,052 11,346 7,395 1,728 9,123 
分部成本和运营费用总额41,869 22,701 64,570 31,154 18,576 49,730 
运营收入（亏损）$26,528 $(10,845)15,683 $231 $(1,938)(1,707)
企业成本 (2)
(24,431)(16,526)
未分配折旧和摊销(2,220)(1,526)
所得税前亏损$(10,968)$(19,759)
(1)研发费用以及销售、一般和管理费用不包括融资租赁的折旧和摊销。
(2)公司成本包括未分配的销售、一般和管理费用、利息收入和其他收入（支出），净额。

下表提供了运营收入（亏损）中包含的股票薪酬支出（以千计）：
截至9月30日的三个月
20212020
高性能酶新型生物疗法企业成本总计高性能酶新型生物疗法企业成本总计
基于股票的薪酬$1,228 $272 $1,516 $3,016 $839 $132 $1,013 $1,984 
截至9月30日的九个月
20212020
高性能酶新型生物疗法企业成本总计高性能酶新型生物疗法企业成本总计
基于股票的薪酬$3,337 $767 $4,443 $8,547 $2,335 $625 $3,132 $6,092 
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重要客户
各占我们总收入10％或以上的客户如下：
占总收入的百分比
截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
2021202020212020
客户 A51%*29%*
客户 B*13%10%*
客户 C*23%12%21%
客户 D*14%*22%
客户 E*15%*13%
客户 F***11%
* 百分比低于 10%
截至所列期间，各占应收账款余额10％或以上的客户，如下所示：
截至的应收账款百分比
2021年9月30日2020年12月31日
客户 A34%*
客户 C11%32%
客户 E14%13%
客户 F*25%
* 百分比低于 10%
地理信息
地理收入由客户所在地确定，包括以下内容（以千计）：
 截至9月30日的三个月截至9月30日的九个月
2021202020212020
收入
美洲$7,816 $5,841 $18,588 $17,972 
EMEA4,685 4,889 17,135 14,175 
亚太地区24,268 7,655 44,530 15,876 
总收入$36,769 $18,385 $80,253 $48,023 
按地点划分的可识别的长期资产如下（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
美国$35,645 $31,176 
按申报单位分列的可识别商誉如下（以千计）：
截至 2021 年 9 月 30 日和 2020 年 12 月 31 日
高性能酶新型生物疗法总计
善意$2,463 $778 $3,241 
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注意 13。 信用损失备抵金
下表汇总了金融资产信贷损失备抵额（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
信用损失备抵金$74 $74 
下表按账龄类别汇总了应收账款（以千计）：
2021年9月30日
当前31-60 天61-90 天91 天及以上总余额
应收账款$22,328 $1,869 $847 $40 $25,084 
2020年12月31日
当前31-60 天61-90 天91 天及以上总余额
应收账款$13,398 $489 $7 $— $13,894 

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第 2 项。管理层对财务状况和经营业绩的讨论和分析
以下管理层对我们财务状况和经营业绩的讨论和分析应与本10-Q表季度报告、经审计的合并财务报表及其附注中其他地方包含的未经审计的简明合并财务报表及其附注以及管理层对截至2020年12月31日止年度的财务状况和经营业绩的讨论和分析一起阅读，这些内容包含在我们提交的截至2020年12月31日的10-K表年度报告中于2021年3月1日向美国证券交易委员会提交报告（“年度报告”）。本10-Q表季度报告包含经修订的1934年《证券交易法》（“交易法”）第21E条所指的前瞻性陈述。这些陈述包括但不限于对我们的战略、业务计划、财务业绩和与行业相关的发展的预期。这些陈述通常通过使用 “可能”、“将”、“期望”、“相信”、“预测”、“打算”、“可能”、“应该”、“估计” 或 “继续” 等词语以及类似的表达方式或变体来识别。此类前瞻性陈述受风险、不确定性和其他因素的影响，这些因素可能导致实际结果和某些事件发生的时间与此类前瞻性陈述所表达或暗示的未来业绩存在重大差异。可能导致或促成此类差异的因素包括但不限于本10-Q表季度报告第二部分第1A项：“风险因素” 和年度报告第一部分第1A项：“风险因素” 中讨论的因素，这些因素已纳入本表10-Q季度报告的第二部分第1A项：“风险因素” 以及本报告其他部分。本10-Q表季度报告中的前瞻性陈述代表了我们截至本10-Q表季度报告发布之日的观点。我们预计，随后的事件和事态发展将导致我们的观点发生变化。但是，尽管我们可能会选择在未来的某个时候更新这些前瞻性陈述，但除非适用法律要求，否则我们目前无意这样做。因此，在本10-Q表季度报告发布之日之后的任何日期，您都不应依赖这些前瞻性陈述来代表我们的观点。
业务概述
我们发现、开发和销售酶和其他蛋白质，为越来越多的行业的客户带来价值。我们将蛋白质视为价值创造产品的巨大且基本上尚未开发的来源，我们正在使用自2002年成立以来一直在不断改进的成熟技术，将越来越多的新酶商业化，这些新酶既可以作为Codexis的专有产品，也可以与我们的客户合作。
我们是利用计算技术推动生物学进步的先驱。自 2002 年以来，我们在开发 CodeEvolver 方面进行了大量投资®蛋白质工程技术平台，我们竞争优势的主要来源。我们的技术平台由基于人工智能的专有计算算法提供支持，这些算法可以快速挖掘我们庞大且持续增长的蛋白质变体库的结构和性能属性。这些计算输出使人们能够设计出对下一代蛋白质变异的越来越可靠的预测，从而实现有针对性的性能增强的时间和成本效益。除了其计算能力外，我们的 CodeEvolver®蛋白质工程技术平台整合了其他模块化能力，包括机器人高通量筛选和基因组测序、有机化学和生物工艺开发，所有这些能力都经过协调，可以快速创新新颖的、适合用途的产品。
该技术的核心历史应用一直是开发商业上可行的生物催化制造工艺，以更可持续地生产复杂化学品。首先，从概念上为目标产品设计最具成本效益和最实用的流程。然后，我们使用我们的 CodeEvolver 开发优化的生物催化剂以实现设计工艺®平台。然后，在与工艺相关的操作条件下，使用高通量方法快速筛选和验证每个项目都有数千种候选生物催化剂。这种方法可以优化生物催化剂，从而实现具有成本效益的工艺，而这些工艺在传统制造设备中相对容易运行。这也允许将我们的工艺高效地技术转让给我们的制造合作伙伴。
我们的 CodeEvolver 的成功实施例®商业制造过程中的蛋白质工程技术平台需要在多个技术学科中高度整合的专业知识。除了直接集成到我们的 CodeEvolver 中的这些能力之外®蛋白质工程平台，例如分子生物学、酶学、微生物学、细胞工程、代谢工程、生物信息学、生物化学和高通量分析化学，我们的工艺开发项目还涉及有机化学、化学工艺开发、化学工程、生物过程开发和发酵工程方面的综合专业知识。我们对产品和流程开发的综合多学科方法是公司的关键成功因素。
我们最初将我们的 CodeEvolver 商业化®小分子药物制造中的蛋白质工程技术平台和产品，这仍然是主要业务重点。我们的客户包括许多大型的全球客户
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制药公司在其工艺开发和制造中使用我们的技术、产品和服务。此外，我们还许可了我们的专有CodeEvolver®为全球制药公司提供蛋白质工程技术平台，使他们能够在内部使用这项技术为自己的业务设计酶。最近，在2019年5月，我们加入了诺华CodeEvolver®与诺华达成协议。诺华 CodeEvolver®协议（我们与大型制药公司签订的第三份此类协议）允许诺华使用我们的专有CodeEvolver®人类医疗保健领域的蛋白质工程平台技术。
我们还利用该技术开发了生物催化剂和酶产品，用于更广泛的工业市场，包括食品、饲料、消费者护理和精细化学品等多个大型垂直市场，这证明了我们的战略是将我们的技术扩展到药品制造以外。此外，我们正在使用我们的技术为各种生命科学相关应用开发酶，例如用于体外分子诊断和基因组研究应用的下一代测序（“NGS”）和聚合酶链反应（“PCR/qPCR”）。2019年12月，我们签订了许可协议，向罗氏测序解决方案公司提供我们针对该目标市场的第一种酶：该公司的eVoT4™ DNA连接酶。2020年6月，我们与Alphazyme LLC签订了联合营销和酶供应合作协议，生产和共同销售用于生命科学应用的酶，最初包括高保真DNA聚合酶、T7 RNA聚合酶和逆转录酶酶。
我们一直在使用 CodeEvolver®蛋白质工程技术平台，用于开发早期的新型生物治疗候选产品，既可以与客户合作，也可以开发我们自己的专有Codexis候选药物。我们的第一个项目是针对人类苯丙酮尿症（“PKU”）的潜在治疗。PKU 是一种遗传性代谢疾病，其中缺乏将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶。2017 年 10 月，我们与雀巢健康科学签订了雀巢许可协议，以推进 CDX-6114，这是我们用于潜在治疗北京尿毒的候选酶生物治疗产品。2019 年 2 月，雀巢健康科学行使选择权，获得了 CDX-6114 开发和商业化的独家许可。同样在2017年10月，我们加入了雀巢SCA，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作利用CodeEvolver®平台技术，为雀巢健康科学已建立的消费者护理和医疗营养业务领域开发其他新型酶。2020年1月，我们与雀巢健康科学签订了开发协议，将雀巢SCA下发现的新主要候选药物 CDX-7108 推进临床前开发和早期临床研究，作为胃肠道疾病的潜在治疗方法。同时，雀巢 SCA 已延期至2021 年 12 月支持其他疾病的候选治疗药物的发现。
2020年3月，我们与武田的全资子公司夏尔人类遗传疗法公司签订了武田协议，以研究和开发针对某些疾病适应症的新基因疗法，包括治疗溶酶体贮积症和血液因子缺乏。
2020 年 6 月，我们与 Molecular Assembliss, Inc.（“MAI”）签订了 MAI 协议，根据该协议，我们将利用 CodeEvolver®用于改进对酶 DNA 合成至关重要的 DNA 聚合酶的平台技术。在MAI协议签署的同时，我们以100万美元的价格购买了MAI的1587,050股A系列优先股，与该交易有关的是，我们的总裁兼首席执行官约翰·尼科尔斯加入了MAI的董事会。2021年4月，我们以60万美元的价格额外购买了MAI的1,000,000股A系列优先股。 2021 年 9 月，我们以 700 万美元的价格购买了 MAI 的 9,198,423 股 B 轮优先股。 我们预计将在2022年第一季度完成与MAI的酶工程项目。
业务板块
我们将业务分为两个业务板块进行管理：高性能酶和新型生物疗法。请参阅本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注12 “分部、地域和其他收入信息”。
高性能酶
我们最初将我们的 CodeEvolver 商业化®蛋白质工程技术平台和小分子药物制造中的产品，迄今为止，这仍然是我们服务的最大市场。我们的客户，包括许多大型全球制药公司，在其制造工艺和工艺开发中使用我们的技术、产品和服务。我们还使用该技术开发了用于其他工业市场的定制酶。这些市场由多个大型垂直行业组成，包括食品、饲料、消费者护理和精细化学品。我们还在生命科学市场使用我们的技术，为使用NGS和PCR/qPCR的客户开发酶，用于体外分子诊断和分子生物学研究应用以及DNA/RNA合成和健康监测应用。
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新型生物疗法
我们还瞄准了制药行业的新机会，以发现、改进和/或开发生物治疗候选药物。我们相信我们的 CodeEvolver®蛋白质工程平台技术可用于发现新的生物治疗候选药物，这些候选药物将靶向需要改进治疗干预的人类疾病。同样，我们相信我们可以部署我们的平台技术来改善客户先前存在的候选生物治疗药物的特定特征，例如其活性、稳定性或免疫原性。我们的第一个主要项目是针对人体PKU的潜在治疗。PKU 是一种遗传性代谢疾病，其中缺乏将必需氨基酸苯丙氨酸转化为酪氨酸的酶。在 2017 年 10 月，我们宣布与雀巢健康科学签订全球开发、期权和许可协议，以推进 CDX-6114，这是我们自己的新型口服给药酶候选药物，可用于潜在的PKU治疗。2019 年 2 月，雀巢健康科学行使选择权，获得了全球独家、附带版税、可再许可的许可，用于北京大学管理的 CDX-6114 的全球开发和商业化。在行使选择权后，雀巢健康科学承担了 CDX-6114 未来临床开发和商业化的所有责任。2020 年，雀巢健康科学完成了一项针对 PKU 患者 CDX-6114 的安全性、耐受性和 PK/PD 研究，该研究表明，在所有测试剂量中，CDX-6114 的耐受性良好。此外，观察到肉桂酸（酶活性的生物标志物）的血液水平升高，这与 CDX-6114 的预期作用模式一致。
2017年10月，我们分别与雀巢健康科学签订了雀巢SCA，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作利用CodeEvolver®平台技术，为雀巢健康科学已建立的消费者护理和医疗营养业务领域开发其他新型酶。雀巢SCA已延长至2021年12月。2020年1月，我们与雀巢健康科学签订了一项开发协议，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作推进针对通过雀巢SCA发现的胃肠道疾病 CDX-7108 的主要候选药物的临床前和早期临床研究。2021 年，我们与雀巢健康科学一起继续推进 CDX-7108 的启动 1 期临床试验，该试验于 2021 年 10 月开始。此外，双方正在雀巢SCA下推进三项针对不同胃肠道疾病的计划。
2020年3月，我们签订了《武田协议》，根据该协议，我们将合作研究和开发用于某些疾病适应症的基因治疗产品的蛋白质序列，这要符合法布里病、庞贝病和未公开的血液因子缺乏症的相应计划计划。2020年3月，我们收到了850万美元的一次性不可退还的现金付款。在这些项目中，法布里病项目是最先进的，已向武田提供了包括 CDX-6311 在内的多个序列。2021年5月，武田选择行使选择权，启动针对某种未公开的罕见遗传病的额外计划，因此我们在2021年第三季度收到了期权行使费。
有关我们业务部门的进一步描述，请参阅本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注12 “分部、地域和其他收入信息”。
关于 COVID-19 的业务最新情况
由于当前的 COVID-19 疫情，我们面临风险和不确定性。COVID-19 疫情给全球带来了巨大的公共卫生和经济挑战，正在影响我们的员工、社区和业务运营，以及美国经济和全球其他经济体。COVID-19 疫情将在多大程度上直接或间接影响我们的业务、经营业绩和财务状况将取决于高度不确定且可能无法准确预测的未来发展，包括疫情的持续时间和严重程度、更具传染性和/或毒性的变种的流行、对客户影响的程度和严重程度、可能出现的有关 COVID-19 的新信息、为遏制或治疗其影响而采取的行动以及对经济的影响地方、区域、全国和国际市场。
迄今为止，我们和我们的合作伙伴已经能够继续向全球客户提供我们的酶。但是，我们依赖我们的制造和物流合作伙伴，因此，我们的合作伙伴和客户的运营中断可能会影响我们向客户提供酶的能力。此外，由于政府命令以及与我们合作的客户的运营中断，我们提供未来研发（“研发”）服务的能力将继续受到影响。我们认为，在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，这些中断对收入的影响微乎其微。疫情可能在多大程度上影响我们的业务运营和经营业绩将继续高度依赖于未来的发展，这些发展是不确定的，也无法充满信心地预测。
在美国，COVID-19 的影响，包括疫情期间管理企业运营的政府命令（“命令”），导致我们在加利福尼亚州雷德伍德城的设施暂时关闭，也扰乱了我们的业务
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研发业务。根据这些命令，从2020年3月中旬到2020年4月底，一些项目的研发业务暂时暂停。2020 年 5 月，我们重新启动了有限的研发业务，并加大了运营力度，因此我们目前正在利用正常的研发能力，同时遵循县、州和联邦 COVID-19 指导方针，保护员工。此外，我们于2020年5月恢复了雷德伍德城试点工厂的生产。
我们未来的经营业绩和流动性可能会受到超出正常付款条件的未清应收账款延迟支付、供应链中断和需求不确定以及我们为应对客户面临的财务和运营挑战而可能采取的任何举措或计划的影响的不利影响。COVID-19 对我们未来财务状况、流动性或经营业绩的短期和长期影响仍不确定。尽管为控制 COVID-19 传播而颁布的一些命令已开始缩减规模，疫苗的推广范围也有所扩大，但由于出现了更具传染性或毒性的新变种或针对此类菌株的疫苗无效，COVID-19 的传播激增，可能会导致某些命令的重新实施，这可能会对我们的业务产生不利影响。 有关 COVID-19 疫情构成的各种风险的更多信息，请阅读第 1A 项。风险因素包含在我们于2021年3月1日提交的截至2020年12月31日财年的10-K表年度报告中。
运营结果概述
2021年第三季度的收入为3680万美元，较2020年第三季度的1,840万美元增长了100％。
产品收入，主要包括生物催化剂、医药中间体和法典委员会的销售®生物催化剂面板和套件在2021年第三季度为2,870万美元，较2020年第三季度的840万美元增长了242％。产品收入的增长是主要是由于客户对品牌药品的需求增加。我们预计，今年余下时间对我们产品的需求将高于去年的同期水平，这主要是由于对用于制造品牌药品的酶的总体需求增加，以及辉瑞公司在2021年6月和8月收到的总金额为2900万美元的专有高酶产品的大额采购订单，该订单将继续被确认为后续时期的收入。
2021年第三季度的研发收入，包括许可、技术准入和独家经营费、研究服务费、里程碑付款、特许权使用费以及优化和筛选费，总额为800万美元，与2020年第三季度的1,000万美元相比下降了19％。研发收入减少的主要原因是武田根据武田协议降低了许可费，以及诺华CodeEvolver下诺华的收入减少® 与去年同期相比，今年的协议得到了承认。
我们产品的盈利能力受许多因素的影响，包括利润率我们销售的产品。我们的利润率受许多因素的影响，包括内部和第三方的固定和可变成本，包括材料和用品、劳动力、设施和其他管理费用。利润率数据用作管理绩效衡量标准，以提供有关我们合并经营业绩的更多信息。产品毛利率在2021年第三季度增至76％，而2020年第三季度为57％，这是由于客户对品牌产品的需求增加导致产品组合的改善。
2021年第三季度的研发费用为1,520万美元，较2020年第三季度的1,200万美元增长了26％。增幅是这主要是由于与员工人数增加、折旧费用增加和实验室用品成本增加相关的成本增加，但与化学、制造和控制（“CMC”）相关的外部服务（“CMC”）和监管费用减少以及可分配费用的减少部分抵消了这一增加。我们预计，今年剩余时间的研发费用将高于去年的同期水平，这主要是由于随着我们继续努力推进内部和合作计划，员工人数有所增加。
第三季度销售、一般和管理费用为1,340万美元与2020年第三季度的880万美元相比，2021年增长了52％。增长主要是由于与员工人数增加、法律费用增加以及股票薪酬支出增加相关的支出增加，但差旅和可分配费用的减少部分抵消了这一增长。我们预计，今年剩余时间的销售、一般和管理费用将高于去年的同期水平，这主要是由于我们增加对业务的投资，员工人数的增加和运营成本的增加。
我们在第三季度确认了10万美元的所得税支出 2021 这是由于外国税务机关对在美国以外的某些国家赚取并汇入美国的收入征收所得税预扣税。我们确认了19,000美元的所得税准备金 第三季度 2020 由于历史上不确定的税收状况需要累计利息和罚款
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2021年第三季度的净收益为220万美元，合每股基本收益和摊薄后每股收益0.03美元，而2020年第三季度的净亏损为610万美元，基本和摊薄后每股亏损0.10美元。净收入的增长主要是与产品收入和利润率的增加有关，但部分被运营费用的增加所抵消。
截至2021年9月30日，现金及现金等价物降至1.192亿美元，而截至2020年12月31日为1.491亿美元。此外，截至2021年9月30日的九个月中，用于经营活动的净现金为1,490万美元，而截至2020年9月30日的九个月中为1,500万美元。 我们认为，根据我们目前的运营水平，我们现有的现金和现金等价物将为至少未来12个月的持续运营、计划资本支出和营运资金需求提供充足的资金。
2017年6月，我们与西方联盟银行签订了贷款和担保协议，允许我们在定期贷款下借入高达1,000万美元的贷款，根据循环信贷额度最多借款500万美元，将某些符合条件的应收账款的80％作为借款基础（“信贷额度”）。信贷额度下的债务由对除知识产权以外的几乎所有个人财产的留置权担保。2021年9月，我们签订了信贷额度第九修正案，根据该修正案，我们可以分别在2021年12月31日和2024年10月1日之前的任何时候提取定期债务和循环信贷额度。 定期债务的提款受传统融资条件的约束，包括不存在违约事件等。截至2021年9月30日，信贷额度下没有借入任何款项，我们遵守了信贷额度的契约。参见本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注10 “承付款和意外开支”。
以下是我们按业务领域划分的经营业绩概述：
高性能酶
2021年第三季度的收入增长了1,960万美元，达到3,260万美元，增长了151％，而2020年第三季度为1,300万美元，这主要是由于产品收入的增加。与2020年第三季度的840万美元相比，2021年第三季度的产品收入增长了2,030万美元，增长了242％，达到2,870万美元主要是由于客户对用于制造品牌药品的酶的需求增加。我们预计，今年余下时间对我们产品的需求将高于去年的同期水平，这主要是由于对用于制造品牌药品的酶的总体需求增加，以及辉瑞公司共有三份大额采购订单，总金额为 290 万美元 我们在2021年6月和8月收到的专有高酶产品，该产品将在后续时期继续被确认为收入。
与2020年第三季度的460万美元相比，2021年第三季度的研发收入下降了80万美元，下降了16％，至390万美元 主要是由于诺华CodeEvolver的收入减少® 我们在此期间完成对诺华的技术转让时达成的协议2021年第三季度， 但部分被现有合作协议中较高的许可费所抵消.
2021年第三季度的产品毛利率为76％，而2020年第三季度为57％。产品毛利率的增长主要是由于品牌药品制造对酶的需求增加，产品组合有所改善。
2021年第三季度的研发支出增加了50万美元，达到570万美元，增长了9％，而2020年第三季度为520万美元。增长主要是由于与员工人数增加、外部服务费用增加和实验室用品增加相关的成本增加，但部分被可分配支出的减少所抵消。
销售、一般和管理费用与2020年第三季度的270万美元相比，2021年第三季度增长了60万美元，增长了24％，达到330万美元。增长的主要原因是与员工人数和可分配费用增加相关的成本增加，但部分被外部服务支出的减少所抵消。
我们预计，今年剩余时间的研发费用以及销售、一般和管理费用都将高于去年的同期水平，这主要是由于员工人数的增加a我们在业务上投入更多资金吗.
新型生物疗法
研发收入减少了120万美元，至2021年第三季度的420万美元，而2020年第三季度为540万美元。 研发收入的减少主要是由于武田根据今年承认的武田协议向武田提供的许可和研发费用与去年相比有所降低。
2021年第三季度的研发支出增加了240万美元，达到890万美元，增长了38％，而2020年第三季度为640万美元。增长主要是由于与上涨相关的成本增加
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员工人数和可分配费用，但被与CMC和监管费用相关的外部服务的减少所抵消。我们预计，今年剩余时间的研发费用将高于去年的同期水平，这主要是由于随着我们继续努力推进内部和合作计划，员工人数有所增加。
2021年第三季度的销售、一般和管理费用增加了30万美元，达到80万美元，增长了61％，而2020年第三季度为50万美元。增长的主要原因是与员工人数增加和可分配费用增加相关的成本增加，但部分被外部服务支出的减少所抵消。
默沙东西格列汀催化剂供应协议
2012 年 2 月，我们与默沙东签订了为期五年的西格列汀催化剂供应协议（“西格列汀供应协议”），根据该协议，默沙东可以获得用于制造 Januvia 的商业规模酶®，其产品基于活性成分西格列汀。2015年12月，默沙东根据西他列汀催化剂供应协议的条款行使了期权，将该协议再延长五年至2022年2月。2021年9月，修订了西格列汀催化剂供应协议，将该协议延长至2026年12月。
自 2016 年 1 月起，我们和默沙东修订了西格列汀供应协议，预计将根据默沙东购买的西格列汀酶的累计数量提供可变价格。
我们已经决定了可变定价根据默沙东购买的西格列汀酶的累计数量提供折扣，为默沙东提供了实质性权利，我们正在使用替代方法确认产品收入。在替代方法下，我们估算总预期对价，并将其与预期销售额成比例分配。
根据西格列汀的供应条款 协议，默沙东可以根据合同规定的价格向我们购买西格列汀酶的供应，收取一定费用。在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，我们确认的收入分别为190万美元和730万美元，而根据该合同，截至2020年9月30日的三个月和九个月的产品收入分别为320万美元和700万美元。在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，我们根据西格列汀供应协议确认的收入分别为5％和9％，而截至2020年9月30日的三个月和九个月中占总收入的17％和15％。
截至2021年9月30日，我们从西格列汀酶获得的收入为250万美元，这笔收入是根据制造过程的进展逐步确认的。这些产品将在本季度末之后的六个月内发货。合同资产余额被合同负债部分抵消，因为它们属于同一合同。
全球开发、期权和许可协议以及战略合作协议
2017年10月，我们与雀巢健康科学签订了雀巢许可协议，仅出于雀巢许可协议整合和争议解决条款的目的，雀巢健康科学股份公司签订了雀巢健康科学有限公司，以推进我们用于潜在治疗PKU的酶生物治疗产品 CDX-6114。
2019 年 1 月，我们收到 FDA 的通知，它已经完成了对我们 CDX-6114 IND 的审查，并得出结论，我们可能会继续对美国健康志愿者进行拟议的 1b 期多剂量递增剂量研究。2019年2月，雀巢健康科学行使选择权，获得了全球独家、含特许权使用费、可再许可的产品用于管理 PKU 的 CDX-6114 全球开发和商业化的电子许可证。雀巢健康科学在行使期权后支付了期权，并承担了 CDX-6114 未来临床开发和商业化的所有责任。根据雀巢许可协议，我们还有资格获得雀巢健康科学的付款，其中包括（i）高达8,500万美元的开发和批准里程碑；（ii）基于销售的里程碑总额高达2.5亿美元，如果单年净销售额超过10亿美元，则总金额是可以实现的；（iii）分级特许权使用费，百分比从净额的中等个位数到低两位数不等产品的销售。
2017年10月，我们加入了雀巢SCA，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作利用CodeEvolver®蛋白质工程技术平台，为雀巢健康科学已建立的消费者护理和医疗营养业务领域开发新型酶。
2020年1月，我们与雀巢健康科学签订了一项开发协议，根据该协议，我们和雀巢健康科学正在合作推进针对通过雀巢SCA发现的胃肠道疾病的主要候选药物 CDX-7108 进入临床前和早期临床研究。 2021 年，我们与雀巢健康科学一起继续推进 CDX-7108 的启动 1 期临床试验，该试验于 2021 年 10 月开始。此外，双方正在雀巢SCA下推进三项针对不同胃肠道疾病的计划
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根据雀巢SCA和开发协议，我们确认截至2021年9月30日的三个月和九个月的研发费用分别为240万美元和580万美元，r相比之下，截至2020年9月30日的三个月和九个月分别为280万美元和610万美元。
平台技术转让和许可协议
2019 年 5 月，我们加入了诺华 CodeEvolver® 与诺华达成协议。该协议允许诺华使用我们的专有CodeEvolver®人类医疗保健领域的蛋白质工程平台技术。2021 年 7 月，我们宣布技术转让期结束，在此期间我们转让了专有的 CodeEvolver®诺华的蛋白质工程平台技术（“技术转让期”）。作为此次技术转让的一部分，公司向诺华提供了我们的专有酶、专有的蛋白质工程协议和方法以及专有软件算法。此外，公司和诺华科学家团队参加了我们在加利福尼亚州雷德伍德城的实验室和瑞士巴塞尔的诺华指定实验室举行的技术培训课程和合作研究项目。诺华现在已经安装了 CodeEvolver®其指定实验室的蛋白质工程平台技术。
根据该协议，我们在诺华CodeEvolver生效后不久就收到了500万美元的预付款®协议。在2020年第二季度，我们完成了协议下的第二次技术里程碑转让，并有资格获得400万美元的里程碑式付款，随后我们在2020年7月收到了这笔款项。我们还在2021年3月收到340万美元，用于部分完成第三个技术里程碑。此外，我们将额外收到160万美元的付款，用于在2021年7月完成第三个技术转让里程碑，这使诺华CodeEvolver中规定的第三个技术转让里程碑的现金支付总额达到500万美元®协议。考虑到在技术转让期（“改进期限”）结束后的多年期内继续披露和许可技术和材料的改进，诺华将每年向Codexis支付总额为800万加元的款项。对于诺华使用一种或多种已使用CodeEvolver开发或正在开发的酶生产的每种API，该公司还有可能获得视数量而定的使用付款® 蛋白质工程平台技术，期限从技术转让期结束开始，到最后一个到期的许可专利的到期日结束。这些与产品相关的使用费（如果有）将由诺华在诺华使用CodeEvolver制造API的每个季度向公司支付®-开发的酶。使用费将基于使用 CodeEvolver 生成的 API 的总量支付®-开发的酶。这些使用费可以从临床阶段开始，并将延续到每种API的整个商业生命周期。初始许可和技术转让综合履行义务的收入是使用单一进展衡量标准来确认的，该衡量标准描述了我们在转让服务控制权方面的表现，该衡量标准基于迄今为止所付出的努力水平与完成与初始许可和技术转让合并相关的履约义务所需的总估计工作量的比率。2021 年 7 月，我们完成了对诺华的技术转让。在改进期内分配给改进的收入将在改进期内予以确认。 我们确认了20万美元 和 截至2021年9月30日的三个月和九个月的研发收入分别为140万美元，而截至2020年9月30日的三个月和九个月的研发收入分别为90万美元和410万美元。
战略合作和许可协议
2020年3月，我们与武田的全资子公司夏尔人类遗传疗法公司签订了武田协议，根据该协议，我们正在合作研究和开发用于某些疾病的基因治疗产品的蛋白质序列。武田协议执行后，我们收到了850万澳元的预付不可退还的现金付款。与向武田提供的功能许可证相关的收入是在许可证控制权移交给客户时确认的。2021年5月，武田选择行使选择权，启动针对某种未公开的罕见遗传病的额外计划；因此，我们在2021年第三季度收到了期权行使费。
武田可能支付的其他款项包括（i）报销三个初始项目的研发费用和临床前开发里程碑，总额为1,540万美元（ii）每个靶基因的临床开发和商业化里程碑高达1亿美元，以及（iii）基于适用产品的净销售额的分级特许权使用费，百分比从中等个位数到低个位数不等。我们确认了与武田协议相关的研发收入 180 万美元和 600 万美元 f截至2021年9月30日的三个月和九个月分别为260万美元和1,060万美元，截至2020年9月30日的三个月和九个月分别为260万美元和1,060万美元。


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辉瑞公司的采购订单
2021年6月，我们收到了辉瑞公司的具有约束力的采购订单，要求以1,390万美元的价格出售和购买一定数量的专有酶产品。2021年8月，我们又收到了辉瑞的两份具有约束力的采购订单，要求销售和购买同等数量的相同酶产品，总金额约为1,500万美元。该酶产品旨在用于制造辉瑞临床阶段的COVID抗病毒候选药物。
在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，我们确认了与辉瑞的三份采购订单相关的产品收入，金额为1,890万美元。截至 2021 年 9 月 30 日，我们销售该酶产品的收入为 1,060 万美元 随着时间的推移，这些都是根据制造过程的进展而得到认可的。这些产品将在本季度末之后的三个月内发货。截至 2021年9月30日，我们拥有与这些采购订单相关的1,060万美元的合同资产。
运营结果
下表显示了我们列报期内未经审计的简明合并运营报表中的金额（以千计，百分比除外）：
 截至9月30日的三个月改变截至9月30日的九个月改变
 20212020$%20212020$%
收入：
产品收入$28,731 $8,401 $20,330 242 %$53,674 $18,005 $35,669 198 %
研发收入8,038 9,984 (1,946)(19)%26,579 30,018 (3,439)(11)%
总收入36,769 18,385 18,384 100 %80,253 48,023 32,230 67 %
成本和运营费用：
产品收入成本6,867 3,642 3,225 89 %15,403 7,882 7,521 95 %
研究和开发15,165 12,010 3,155 26 %39,562 33,830 5,732 17 %
销售、一般和管理13,407 8,797 4,610 52 %37,600 26,307 11,293 43 %
总成本和运营费用35,439 24,449 10,990 45 %92,565 68,019 24,546 36 %
运营收入（亏损）1,330 (6,064)7,394 122 %(12,312)(19,996)7,684 (38)%
利息收入41 39 2 5 %424 362 62 17 %
其他收入（支出），净额983 (50)1,033 2,066 %920 (125)1,045 836 %
所得税前收入（亏损）2,354 (6,075)8,429 139 %(10,968)(19,759)8,791 (44)%
所得税准备金110 19 91 479 %121 331 (210)(63)%
净收益（亏损）$2,244 $(6,094)$8,338 137 %$(11,089)$(20,090)$9,001 (45)%
收入
我们的收入包括产品收入和研发收入，如下所示：
•产品收入包括生物催化剂、医药中间体和 Codex 的销售®生物催化剂面板和套件。
•研发收入包括许可、技术准入和独家经营费、研究服务费、里程碑付款、特许权使用费、优化和筛选费。
收入如下（以千计，百分比除外）：
截至9月30日的三个月改变截至9月30日的九个月改变
20212020$%20212020$%
产品收入$28,731 $8,401 $20,330 242 %$53,674 $18,005 $35,669 198 %
研发收入8,038 9,984 (1,946)(19)%26,579 30,018 (3,439)(11)%
总收入$36,769 $18,385 $18,384 100 %$80,253 $48,023 $32,230 67 %
由于客户的生产计划和客户临床试验时间的可变性，收入通常每季度波动一次。此外，我们制造酶的内部能力有限。因此，我们依赖第三方制造商的表现和能力来商业规模地制造我们的制药和精细化学品业务中使用的酶。
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我们接受从下单之日起一天到大约 14 个月的交货订单。但是，大多数采购订单可以由客户修改或取消，而不会受到处罚。考虑到这些行业惯例和我们的经验，我们认为未付的客户采购订单（待办事项）总数无法提供有意义的信息，无法依据这些信息来预测未来时期的实际销售额。
与2020年同期相比，截至2021年9月30日的三个月和九个月中，总收入分别增加了1,840万美元和3,220万美元，主要是由于产品收入的增加，但被三个月和九个月的研发收入减少所部分抵消。
在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，产品收入与2020年同期相比分别增加了2,030万美元和3570万美元， 主要是由于客户对品牌药品的需求增加。我们预计，今年余下时间对我们产品的需求将高于去年的同期水平，这主要是由于对用于制造品牌药品的酶的总体需求增加，以及辉瑞公司在2021年6月和8月收到的总金额为2900万美元的专有高酶产品的大额采购订单，该订单将继续被确认为后续时期的收入。
在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，与2020年同期相比，研发收入分别减少了190万美元和340万美元，这主要是由于 根据武田协议，降低武田的许可和研发费用，降低诺华CodeEvolver的收入® 与去年同期相比，今年承认的协议被其他现有合作协议中较高的许可费部分抵消。
成本和运营费用
我们的成本和运营费用包括产品收入成本、研发费用以及销售、一般和管理费用。下表显示了本报告所述期间未经审计的简明合并运营报表中的产品收入成本、研发费用以及销售、一般和管理费用金额（以千计，百分比除外）：
截至9月30日的三个月改变截至9月30日的九个月改变
20212020$%20212020$%
产品收入成本$6,867 $3,642 $3,225 89 %$15,403 $7,882 $7,521 95 %
研究和开发15,165 12,010 3,155 26 %39,562 33,830 5,732 17 %
销售、一般和管理13,407 8,797 4,610 52 %37,600 26,307 11,293 43 %
总成本和运营费用$35,439 $24,449$10,990 45 %$92,565 $68,019$24,546 36 %
产品成本收入和产品毛利率
我们的产品收入完全来自我们的高性能酶板块。Novel Biotherapeutics板块的收入来自合作研发活动，而不是产品收入。
下表显示了本报告所述期间未经审计的简明合并运营报表中的产品收入、产品成本收入、产品毛利率和产品毛利率（以千计，百分比除外）：
截至9月30日的三个月改变截至9月30日的九个月改变
20212020$%20212020$%
产品收入$28,731$8,401$20,330 242 %$53,674$18,005$35,669 198 %
产品收入成本 (1)
6,8673,6423,225 89 %15,4037,8827,521 95 %
产品毛利$21,864$4,759$17,105 359 %$38,271$10,123$28,148 278 %
产品毛利率 (%) (2)
76 %57 %71 %56 %
(1) 产品收入成本包括内部和第三方的固定和可变成本，包括材料和用品、人工、设施以及与我们的产品收入相关的其他管理费用。
(2) 产品毛利率用作绩效衡量标准，以提供有关我们合并经营业绩的更多信息。
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在截至2021年9月30日的三个月中，产品收入成本与截至2020年9月30日的三个月相比增加了320万美元，在截至2021年9月30日的九个月中，与截至2020年9月30日的九个月相比，增加了750万美元。增长主要是由于产品销售量的增加和产品组合的变化。在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，产品毛利率分别增长到76％和71％，而截至2020年9月30日的三个月和九个月中分别为57％和56％，这主要是由于销售了利润率更高的品牌产品。
研究和开发费用
研发费用包括内部项目以及合作研发活动产生的费用。这些成本主要包括 (i) 与员工相关的成本，包括工资和其他人事相关费用（包括股票薪酬）；（ii）各种可分配费用，包括与占用相关的成本、用品、设施和实验室设备的折旧，以及（iii）外部成本。研发费用在发生时记作支出。
在截至2021年9月30日的三个月中，研发费用增加了320万美元，增长了26％，在截至2021年9月30日的九个月中，与2020年同期相比增加了570万美元，增长了17％。研发费用的增加w这主要是由于与员工人数增加、实验室用品增加、折旧和其他外部服务相关的成本增加，但部分被与CMC和监管费用相关的外部服务相关成本的减少所抵消。我们预计，今年剩余时间的研发费用将高于去年的同期水平，这主要是由于随着我们继续努力推进内部和合作计划，员工人数有所增加。
销售、一般和管理费用
销售、一般和管理费用包括与员工相关的成本，包括工资和其他人事相关费用（包括股票薪酬）、招聘和培训成本、咨询和外部服务费用（包括审计和法律顾问相关费用）、营销成本、建筑物租赁成本以及折旧费用和摊销费用。
与2020年同期相比，截至2021年9月30日的三个月中，销售、一般和管理费用增加了460万美元，增长了52％，在截至2021年9月30日的九个月中增加了1,130万美元，增长了43％。涨幅是主要是由于与员工人数增加、律师费增加以及基于股份的薪酬成本增加相关的成本增加，但差旅和可分配费用的减少部分抵消了这些增加。我们预计，今年剩余时间的销售、一般和管理费用将高于上一年的比较期，这主要是由于 员工人数增加和运营成本增加 随着我们在业务上的投资增加。
利息收入和其他收入（支出），净额 （以千计，百分比除外）：
截至9月30日的三个月改变截至9月30日的九个月改变
20212020$%20212020$%
利息收入$41 $39 2 5 %$424 $362 62 17 %
其他收入（支出），净额983 (50)1,033 2,066 %920 (125)1,045 836 %
其他收入（支出）总额，净额$1,024 $(11)$1,035 9,409%$1,344 $237 $1,107 467 %
 
利息 收入
与2020年同期相比，截至2021年9月30日的三个月和九个月中，利息收入分别增加了2,000美元和62,000美元， 这主要是由于所得利息收入和非有价债务证券债务折扣的摊销，但平均现金余额较低的平均利率降低所产生的利息收入减少部分抵消了这一点。
其他收入（支出），净额
其他收入（支出），净额，增加了100 万美元 在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，与2020年同期相比，主要是由于调整了我们在MAI投资的账面价值中获得的收益，但部分被去年减记的40万美元CO投资所抵消2外币的解决方案和波动。
39

所得税准备金 （以千计，百分比除外）：
截至9月30日的三个月改变截至9月30日的九个月改变
20212020$%20212020$%
所得税准备金$110 $19 $91 479 %$121 $331 $(210)(63)%
截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月的所得税准备金主要是由于外国税务机关对在美国以外的某些国家赚取并汇往美国的收入征收所得税预扣税，以及对不确定的历史税收状况累计利息和罚款。
净收益（亏损）
截至2021年9月30日的三个月，净收益为220万美元，合每股基本收益和摊薄后每股收益0.03美元。相比之下，截至2020年9月30日的三个月，净亏损610万美元，基本和摊薄后每股亏损0.10美元。截至2021年9月30日的九个月净亏损为1,110万美元，合每股基本亏损和摊薄后每股亏损0.17美元。相比之下，截至2020年9月30日的九个月净亏损为2,010万美元，合每股基本亏损和摊薄后每股亏损0.34美元。截至2021年9月30日的三个月中实现的净收益，以及截至2021年9月30日的九个月净亏损的减少， 主要与产品收入的增加和更高的利润率有关，但部分被运营费用增加和研发收入减少所抵消。
按细分市场划分的运营业绩 （以千计，百分比除外）：
各细分市场收入
截至9月30日的三个月改变
20212020高性能酶新型生物疗法
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计$%$%
收入：
产品收入$28,731 $— $28,731 $8,401 $— $8,401 $20,330 242 %$— — %
研发收入3,853 4,185 8,038 4,604 5,380 9,984 (751)(16)%(1,195)(22)%
总收入$32,584 $4,185 $36,769 $13,005 $5,380 $18,385 $19,579 151 %$(1,195)(22)%
 
截至9月30日的九个月改变
20212020高性能酶新型生物疗法
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计$%$%
收入：
产品收入$53,674 $— $53,674 $18,005 $— $18,005 $35,669 198 %$— — %
研发收入14,723 11,856 26,579 13,380 16,638 30,018 1,343 10 %(4,782)(29)%
总收入$68,397 $11,856 $80,253 $31,385 $16,638 $48,023 $37,012 118 %$(4,782)(29)%
与2020年同期相比，截至2021年9月30日的三个月，高性能酶板块的收入增长了1,960万美元，增长了151％，在截至2021年9月30日的九个月中增长了3,700万美元，增长了118％，增长了118％，主要是由于产品收入的增加。与2020年同期相比，截至2021年9月30日的三个月中，产品收入增长了2,030万美元，增长了242％，在截至2021年9月30日的九个月中增加了3570万美元，增长了198％。 主要是由于客户对用于制造品牌药品的酶的需求增加。截至2021年9月30日的三个月中，研发收入下降了80万美元，至390万美元，下降了16％，而截至2020年9月30日的三个月为460万美元 主要是由于诺华CodeEvolver的收入减少® 我们在此期间完成对诺华的技术转让时达成的协议2021 年第三季度.在截至2021年9月30日的九个月中，研发收入增长了130万美元，增长了10％，达到1,470万美元，而截至2020年9月30日的九个月中为1,340万美元，增长了10％ 主要是由于现有合作协议的许可费上涨，但部分被诺华CodeEvolver下诺华收入的减少所抵消®协议。
截至2021年9月30日的三个月，新型生物疗法板块的收入减少了120万美元，下降了22％，下降了480万美元，下降了29％ 截至 2021 年 9 月 30 日的九个月，相比之下
40

2020年，这主要是由于武田根据武田协议获得的许可和研发费用与去年相比有所降低，以及雀巢健康科学的研发收入与去年相比有所减少。

按细分市场划分的成本和运营费用
截至9月30日的三个月改变
20212020高性能酶新型生物疗法
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计$%$%
产品收入成本$6,867 $— $6,867 $3,642 $— $3,642 $3,225 89 %$— — %
研究和开发 (1)
5,670 8,850 14,520 5,184 6,433 11,617 486 9 %2,417 38 %
销售、一般和管理 (1)
3,306 831 4,137 2,675 515 3,190 631 24 %316 61 %
分部成本和运营费用总额$15,843 $9,681 25,524 $11,501 $6,948 18,449 $4,342 38 %$2,733 39 %
企业成本 (2)
9,121 5,472 
未分配折旧和摊销794 528 
总成本和运营费用$35,439 $24,449 
 
截至9月30日的九个月改变
20212020高性能酶新型生物疗法
高性能酶新型生物疗法总计高性能酶新型生物疗法总计$%$%
产品收入成本$15,403 $— $15,403 $7,882 $— $7,882 $7,521 95 %$— — %
研究和开发 (1)
17,172 20,649 37,821 15,877 16,848 32,725 1,295 8 %3,801 23 %
销售、一般和管理 (1)
9,294 2,052 11,346 7,395 1,728 9,123 1,899 26 %324 19 %
分部成本和运营费用总额$41,869 $22,701 64,570 $31,154 $18,576 49,730 $10,715 34 %$4,125 22 %
企业成本 (2)
25,775 16,763 
未分配折旧和摊销2,220 1,526 
总成本和运营费用$92,565 $68,019 
 
(1) 研发费用以及销售、一般和管理费用不包括融资租赁的折旧和摊销。
(2) 公司成本包括未分配的销售、一般和管理费用。
有关产品收入成本的讨论，请参阅”运营结果".
在截至2021年9月30日的三个月中，高性能酶板块的研发支出增加了50万美元，增长了9％，与2020年同期相比，在截至2021年9月30日的九个月中增加了130万美元，增长了8％。增幅是这主要是由于与外部服务、实验室用品和员工人数增加相关的成本增加，但部分被可分配支出的减少所抵消。
在截至2021年9月30日的三个月中，高性能酶板块的销售、一般和管理费用增加了60万美元，增长了24％，与2020年同期相比，在截至2021年9月30日的九个月中增加了190万美元，增长了26％。涨幅是主要是由于与员工人数增加和可分配费用增加相关的成本增加，但部分被外部服务支出的减少所抵消。
41

在截至2021年9月30日的三个月中，新型生物疗法板块的研发支出增加了240万美元，增长了38％，与2020年同期相比，在截至2021年9月30日的九个月中增加了380万美元，增长了23％。增幅是 主要是由于与员工人数和可分配费用增加相关的成本增加，但部分被与CMC和监管费用相关的外部服务成本的减少所抵消。
在截至2021年9月30日的三个月中，新型生物疗法板块的销售、一般和管理费用增加了30万美元，增长了61％，与2020年同期相比，在截至2021年9月30日的九个月中增加了30万美元，增长了19％。 增长的主要原因是与员工人数增加和可分配费用增加相关的成本增加，但部分被外部服务支出的减少所抵消。
流动性和资本资源
流动性是衡量我们满足营运资金需求和为资本支出提供资金的能力的衡量标准。过去，我们的运营资金主要来自运营、股票期权行使以及普通股的公开发行和私募发行产生的现金。我们还有能力通过我们的信贷额度借款高达1,500万美元。我们积极管理我们的现金使用和流动现金的投资，以确保维持足够的资金来满足我们的营运资金需求。我们的现金和现金等价物存放在美国银行。
以下汇总了我们截至2021年9月30日和2020年12月31日的现金及现金等价物余额和营运资金（以千计）：
2021年9月30日2020年12月31日
现金和现金等价物$119,189 $149,117 
营运资金$140,632 $159,442 
除了我们现有的现金和现金等价物外，我们还有资格通过实现既定合作目标获得里程碑和其他或有付款，并根据我们的合作协议支付某些特许权使用费。我们获得这些里程碑和或有补助金的能力以及实现这些里程碑的时机主要取决于合作者研发活动的结果，目前尚不确定。2016 年，我们完成了 CodeEvolver 转移的最后阶段®根据默沙东 CodeEvolver 向默沙东提供技术® 协议。对于默沙东使用一种或多种使用CodeEvolver开发的一种或多种新型酶生产的每种商用API，我们有资格获得高达1,500万美元的付款®技术。此外，根据葛兰素史克成功应用许可技术，我们有可能获得额外的或有付款，每个项目从575万美元到3,850万美元不等。
2019 年 5 月，我们加入了诺华 CodeEvolver® 与诺华达成协议。诺华 CodeEvolver®协议允许诺华使用Codexis的专有CodeEvolver® 人类医疗保健领域的蛋白质工程平台技术。根据该协议，我们在诺华CodeEvolver生效后不久就收到了500万美元的预付款® 协议。在2020年第二季度，我们完成了协议下的第二次技术里程碑转让，并有资格获得里程碑付款 400 万美元，我们随后在 2020 年 7 月收到了。在2021年第一季度，我们还收到了 340 万美元以部分完成第三个技术里程碑。此外，我们将额外收到 160 万美元以期在2021年7月完成第三次技术转让里程碑。考虑到在技术转让期（“改进期限”）结束后的多年期内继续披露和许可我们的技术和材料的改进，诺华将向Codexis支付年度款项，相当于额外支付 总计 800 万美元.
2017年10月，我们与雀巢健康科学签订了雀巢许可协议。根据雀巢许可协议，雀巢健康科学在首次人体 1a 期剂量递增试验中为首批受试者服用 CDX-6114 并获得与 CDX-6114 相关的配方后，向我们支付了预付现金和里程碑式付款。2019 年 1 月，我们收到 FDA 的通知，它已经完成了对我们 CDX-6114 IND 的审查，并得出结论，我们可能会继续对美国健康志愿者进行拟议的 1b 期多剂量递增剂量研究。2019 年 2 月，雀巢健康科学行使选择权，获得了全球独家、附带版税、可再许可的许可，用于北京大学管理的 CDX-6114 的全球开发和商业化。雀巢健康科学在行使期权后，支付了期权并承担了 CDX-6114 未来临床开发和商业化的所有责任，但延期研究的完成除外，该研究已于 2019 年第四季度基本完成。雀巢健康科学根据雀巢许可协议可能向我们支付的其他款项包括（i）高达8,500万美元的开发和批准里程碑；（ii）基于销售的里程碑总额高达2.5亿美元，如果单年净销售额超过10亿美元，则总金额是可以实现的；（iii）产品净销售额的百分比从中等个位数到低两位数不等包含 CDX-6114。
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我们正在与制药和食品行业的新老客户积极合作。我们相信，我们可以利用我们目前的产品和服务，开发新的产品和服务，以增加未来的收入和毛利率。
历史上，随着我们继续投资关键技术开发项目和CodeEvolver的改进，我们的运营现金流一直为负数®蛋白质工程技术平台，扩大我们的业务发展和与新客户的合作。我们的运营现金流将继续主要受到产品销售和产品毛利率、向主要制药公司许可我们的技术所产生的销售额、向客户提供的合作研发服务以及我们的员工成本（主要是研发成本）的影响。我们经营活动产生的现金流的主要来源是客户购买产品、合作研发服务以及将我们的技术许可给主要制药公司的现金收入。我们从经营活动中获得的现金的最大用途是用于与员工相关的支出、租金支付、库存购买以支持我们的产品销售以及非工资研发成本。
股权分配协议
2021年5月，我们与Piper Sandler & Co（“PSC”）签订了股权分配协议（“EDA”），根据该协议，作为我们的独家代理人，PSC可以自行决定并在我们可能不时决定的时间内，在协议执行后的三年内出售最多5000万美元的普通股。在截至2021年9月30日的九个月中，没有根据EDA发行任何普通股。截至2021年9月30日，根据EDA，仍有5000万股股票可供出售。根据这种安排出售普通股可能会受到业务、经济或竞争不确定性和突发事件的影响，其中许多不确定性和突发事件可能超出我们的控制范围，并可能导致我们出售普通股的实际业绩与预期存在重大差异。有关信息，请参阅本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注9 “股本”。
股票发行
2020年12月，我们完成了4,928,572股普通股的承销公开发行，面值每股0.0001美元，公开发行价格为每股17.50美元。扣除550万美元的发行成本、承保折扣和佣金以及其他发行费用后，我们的净收益约为8,080万美元。
信贷额度
2017年6月30日，我们与西方联盟银行签订了信贷额度，其中包括允许我们借款高达1,000万美元的贷款的定期债务，以及允许我们在符合条件的应收账款80％的合格应收账款借款基础上借款最多500万美元的循环贷款。 2021年9月，我们签订了信贷额度第九修正案，根据该修正案，我们可以分别在2021年12月31日和2024年10月1日之前的任何时候提取定期债务和循环信贷额度，但须遵守常规融资条件，包括不存在违约事件等。信贷额度的提款由对我们除知识产权以外的几乎所有个人财产的留置权担保。2024年10月1日，根据定期债务提取的贷款到期，循环信贷额度终止。截至2021年9月30日和2020年12月31日，信贷额度下没有提取任何款项。截至2021年9月30日，我们遵守了信贷额度的契约。信贷额度要求我们遵守某些财务契约，包括实现某些贷款机构批准的预测或维持某些最低现金水平。信贷额度中的限制性契约限制了股息或其他分配的支付。有关我们合同义务的更多信息，请参阅本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注10 “承付款和意外开支”。
截至2021年9月30日，我们的信贷额度下有1.192亿美元的现金及现金等价物和1,500万澳元可供借款。我们的流动性取决于我们的现金和现金等价物、经营活动提供的现金流以及信贷额度下的持续借款可用性。
我们认为，根据我们目前的运营水平，我们现有的现金和现金等价物将为至少未来12个月的持续运营、计划资本支出和营运资本需求提供充足的资金。
但是，如果我们目前的计划和假设发生变化，我们可能需要额外的资本。此外，即使我们认为我们已经产生了足够的现金流来支持我们的运营需求，我们也可以选择寻求其他资本来源。我们对额外资本的需求将取决于许多因素，包括我们业务的财务成功、开发和商业化新产品和现有产品所需的支出、对其他业务、技术或设施的任何收购的影响
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如有必要，我们可能会在未来创造或发展我们在新市场机会上的支出，以及提出、起诉、执行和辩护专利索赔的潜在成本。如果我们的资本资源不足以满足我们的资本需求，并且我们无法与能够或愿意为我们的开发工作提供资金或将我们开发或启用的任何产品商业化的合作伙伴建立或维持合作，我们将不得不筹集额外资金，继续开发我们的技术和产品，完成我们的技术所产生的产品（如果有的话）的商业化。如果未来的融资涉及股票证券的发行，我们现有的股东将遭受稀释。如果我们筹集债务融资或建立信贷额度，我们可能会受到限制性契约的约束，这些契约限制了我们开展业务的能力。如果有的话，我们可能无法以对我们有利的条件筹集足够的额外资金。如果我们未能筹集足够的资金，也未能创造足够的收入来实现计划的毛利率和控制运营成本，那么我们为运营提供资金、利用战略机会、开发产品或技术或以其他方式应对竞争压力的能力可能会受到严重限制。如果发生这种情况，我们可能被迫推迟或终止研发计划或由我们的技术产生的产品的商业化，削减或停止运营，或者通过可能要求我们放弃商业权利的合作和许可安排获得资金，或者以不利于我们的条款授予许可。如果没有足够的资金，我们将无法成功执行我们的业务计划或继续我们的业务。
现金流
以下是截至2021年9月30日和2020年9月30日的九个月的现金流摘要（以千计）：
 截至9月30日的九个月
20212020
用于经营活动的净现金$(14,927)$(14,972)
用于投资活动的净现金(15,942)(3,260)
由（用于）融资活动提供的净现金1,341 (778)
现金、现金等价物和限制性现金净减少$(29,528)$(19,010)
来自经营活动的现金流
截至2021年9月30日的九个月中，用于经营活动的现金为1,490万美元，这源于 经折旧210万美元的非现金费用调整后的净亏损为1,110万美元，ROU租赁资产摊销费用为200万美元，股票薪酬为850万美元，部分被研发活动所得的70万美元股权证券和100万美元的非有价证券未实现收益所抵消。运营资产和负债变动所使用的额外现金为1,480万美元。运营资产和负债的变化包括其他长期负债减少230万美元，金融资产增加1,960万美元，预付费用和其他资产增加120万美元，但部分被应计薪酬和其他应计负债增加700万美元、递延收入增加90万美元和应付账款增加60万美元所抵消。
截至2020年9月30日的九个月中，用于经营活动的现金为1,500万美元，这源于经折旧非现金费用调整后的净亏损为2,010万美元，ROU租赁资产摊销费用为200万美元，股票薪酬为610万美元，信贷损失备抵额为4万美元。运营资产和负债变动所使用的额外现金为430万美元。运营资产和负债的变化包括未开票应收账款增加490万美元，应收账款增加160万美元，以及其他长期负债减少190万美元，部分被应计薪酬和其他应计负债增加360万美元以及递延收入增加200万美元所抵消。
来自投资活动的现金流
截至2021年9月30日和2020年9月30日的九个月中，用于投资活动的现金分别为1,590万美元和330万美元。截至2021年9月30日的九个月中用于投资活动的现金 主要归因于2021年4月购买房地产和设备的830万澳元以及购买MAI的1,000,000股A系列优先股的760万股以及2021年9月购买MAI的B系列优先股的9,198,423股。
截至2020年9月30日的九个月中，用于投资活动的现金为330万美元，主要归因于230万美元用于购买房地产和设备，100万美元用于购买MAI的1587,050股A系列优先股。
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来自融资活动的现金流
截至2021年9月30日的九个月中，融资活动提供的现金为130万美元 主要归因于行使股票期权的270万美元收益，部分抵消了与股权奖励净股结算相关的120万美元税款。
截至2020年9月30日的九个月中，用于融资活动的现金为80万美元，其中包括与净股权奖励结算相关的130万美元税款，由行使股票期权的50万美元收益所抵消。
物质现金需求
下表汇总了截至2021年9月30日与不可取消的经营租赁下的最低未来付款相关的重要现金需求，不包括公共区域维护费用和房地产税（以千计）：
按期到期的付款
总计少于 1 年1 到 3 年4 到 5 年超过 5 年
经营租赁 (1)
$28,146 $4,220 $9,247 $9,810 $4,869 
经营租赁 (2)
31,723 1,726 6,015 7,974 16,008 
总计$59,869 $5,946 $15,262 $17,784 $20,877 
 
(1)在2019年第一季度，我们与大都会人寿签订了第八份租约修正案， 延长租赁期限2027 年 5 月至 2029 年 5 月我们位于加利福尼亚州雷德伍德城的工厂。
(2) 2021年第一季度，我们与旧金山63号有限责任公司签订了为期十年的圣卡洛斯设施租约。
有关更多信息，请参阅本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注10 “承付款和意外开支”。
其他重大现金需求
我们在正常业务过程中还有其他与供应和服务安排相关的重要现金需求。有关其他重大现金需求的更多信息，请参阅本10-Q表季度报告中未经审计的简明合并财务报表附注中的附注10 “承付款和意外开支”。未来的最低还款额反映了这些债务在未来一段时期对我们的流动性和现金流的预期金额，包括可能被我们取消的债务（以千计）：
按协议类型划分的其他实质性现金需求协议日期未来最低还款额
制造和供应协议，预计未来付款日期为2022年12月2016 年 4 月$147 
开发和制造服务协议2019 年 9 月686 
其他承付款总额$833 
我们暂时承诺向第三方支付总额为270万美元的未来潜在研发里程碑款项，用于在临床申请和监管审批过程中实现的专利、许可和开发计划。通常，只有在实现某些发展和监管里程碑时才能到期和支付，而这些里程碑无法预测具体时机。某些协议还规定了基于销售的里程碑，总额为60万美元，除了特许权使用费外，我们还偶然有义务在达到某些销售水平时支付这些里程碑。
我们不使用特殊用途的融资工具，也没有未公开的资产负债表外安排。
关键会计政策与估计
根据公认会计原则编制财务报表要求管理层在编制合并财务报表和附注时做出判断、估计和假设。实际结果可能与这些估计有所不同。与2021年3月1日向美国证券交易委员会提交的截至2020年12月31日的10-K表年度报告中所讨论的相比，在截至2021年9月30日的三个月和九个月中，我们的关键会计政策或估算没有重大变化。
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第 3 项。关于市场风险的定量和定性披露

市场风险管理
由于外币汇率、利率和其他因素的变化，我们的现金流和收益会受到波动的影响。这些市场风险敞口在2021年3月1日向美国证券交易委员会提交的截至2020年12月31日止年度的10-K表年度报告的第二部分第7A项中披露。
利率敏感度
截至2021年9月30日，我们的无限制现金及现金等价物总额为1.192亿美元。我们主要将这些金额投资于用于营运资金目的的货币市场基金。我们不以交易或投机为目的进行投资。截至2021年9月30日，假设市场利率下降10％的影响将对未来利息收入和现金流的潜在损失产生非实质性影响。
2017年6月，我们与西方联盟银行签订了信贷额度，包括高达1,000万美元的定期贷款和最高500万美元的循环信贷额度下的预付款。根据定期债务发放的定期贷款在到期前按浮动利率计息，利率为（i）3.75％ 或（ii）（A）指数利率（在《华尔街日报》西部版货币利率栏目发布的最优惠利率）之和（B）0.50％，以较高者为准。根据循环信贷额度发放的预付款按浮动年利率计息，等于（i）4.25％或（ii）（A）最优惠利率加（B）1.00％的总和，以较高者为准。这些可变利率的提高将增加我们未来的利息支出，减少我们的经营业绩和现金流。截至2021年9月30日，信贷额度下没有提取任何款项。我们的利率风险敞口与我们在2017年可变利率的信贷额度有关，其中利率的提高可能会导致借贷成本上升。由于截至2021年9月30日，我们在2017年信贷额度下没有未偿还的借款，因此假设的10％利率变动的影响不会对我们的利息支出产生任何影响。
外币风险
由于外币汇率的变化，我们的经营业绩和现金流会受到波动的影响。尽管我们几乎所有的销售额都以美元计价，但美元价值的未来波动可能会影响我们产品在美国以外的价格竞争力。外币汇率变动对我们的业务和现金流的影响可能难以或无法量化。
投资非有价股权证券
我们拥有非有价股票证券的投资，公允价值不易确定。我们可以根据最近与经验丰富的非战略无关投资者进行的重大公平股票交易对这些股票证券进行估值，前提是这些证券交易的条款与投资者与我们之间的证券交易条款基本相似。交易条款的差异对投资组合公司市场价值的影响可能难以或无法量化。
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第 4 项。控制和程序

评估披露控制和程序
我们维持披露控制和程序以及内部控制措施，旨在合理地保证《交易法》报告中要求披露的信息将在美国证券交易委员会规则和表格规定的期限内记录、处理、汇总和报告，并收集此类信息并酌情传达给我们的管理层，包括我们的首席执行官和首席财务和会计官，以便及时就所需的披露做出决定。
我们的管理层，包括我们的首席执行官和首席财务和会计官，评估了《交易法》第13a-15（e）条和第15d-15（e）条规定的披露控制和程序的有效性。根据这项审查，我们的首席执行官和首席财务和会计官得出结论，这些披露控制和程序自2021年9月30日起生效，保证水平合理。
财务报告内部控制的变化
根据交易法第13a-15条或第15d-15条的要求，我们对财务报告的内部控制没有发生任何变化，这些变化对我们的财务报告内部控制产生了重大影响，也没有合理地可能对我们的财务报告内部控制产生重大影响。由于采用了新准则，我们的财务报告内部控制没有重大变化。
对控制有效性的固有限制
在设计和评估披露控制和程序时，管理层认识到，任何控制和程序，即使被确定为有效，无论设计和运作得多么良好，都只能为实现防止或发现错误陈述的预期控制目标提供合理的保证。此外，披露控制和程序的设计必须反映出以下事实：存在资源限制，管理层在评估可能的控制和程序相对于成本的好处时必须作出判断。此外，对未来时期任何成效评估的预测都可能受到以下风险的影响：由于条件的变化，控制可能变得不足，或者遵守政策或程序的程度可能会恶化。

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第二部分。其他信息
第 1 项。
法律诉讼

我们目前不是任何重大未决诉讼或其他重大法律诉讼的当事方。
第 1A 项。风险因素
我们在截至2020年12月31日止年度的10-K表年度报告的第一部分第1A项中描述了可能影响我们的业务、未来业绩或财务状况的某些风险和不确定性（“风险因素”）。除了下文所列的额外风险因素外，在截至2021年9月30日的三个月中，与截至2020年12月31日止年度的10-K表中提供的风险因素披露没有重大变化。在对我们的股票做出投资决定之前，投资者应考虑风险因素以及以下风险因素。
我们 2021 年收入增长的很大一部分来自辉瑞的采购订单，用于制造其临床阶段的 COVID 抗病毒候选药物 PF-07321332。如果辉瑞停止开发 PF-07321332，我们的收入将受到重大不利影响.
2021 年 6 月和 8 月，我们宣布分别收到来自 1,390 万美元和约 1,500 万美元的采购订单 一家未公开的全球制药公司，出售和购买一种专有的Codexis酶产品，该产品旨在为其未公开的治疗药物活性药物成分制造关键中间体。2021 年 10 月，我们宣布，这些采购订单总额约为 2,900 万美元，是我们从辉瑞公司收到的，专有的 Codexis 酶产品计划用于生产辉瑞临床阶段的 COVID 抗病毒候选药物 PF-07321332。

如果辉瑞停止开发 PF-07321332，因此不再需要使用我们的酶来制造 PF-07321332，我们的收入将受到重大不利影响。除了辉瑞公开报告的情况外，我们无法控制 PF-07321332 的发展，也无法进一步了解 PF-07321332 的发展，包括任何临床前研究或临床试验的结果或与此类研究或试验相关的发布时间。如果辉瑞决定停止开发 PF-07321332 用于预防 COVID-19 感染，或者如果辉瑞以其他方式确定 PF-07321332 的临床或商业状况不足以保证持续发展，我们未来的收入可能会受到重大不利影响。

第 2 项。未注册的股权证券销售和所得款项的使用

没有。
第 3 项。
优先证券违约

没有。
第 4 项。矿山安全披露

不适用。
第 5 项。其他信息

不适用。

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第 6 项。展品
3.1
经修订和重述的Codexis, Inc.于2010年4月27日向特拉华州国务卿提交的公司注册证书，自2010年4月27日起生效（参照公司于2010年5月28日提交的截至2010年3月31日的季度10-Q表季度报告的附录3.1纳入）。
3.2
Codexis, Inc. 的A系列初级参与优先股指定证书，于2012年9月4日向特拉华州国务卿提交（参照公司于2012年9月4日提交的8-K表最新报告附录3.1纳入）。
3.3
修订和重述了自2010年4月27日起生效的Codexis公司章程（参照公司于2010年5月28日提交的截至2010年3月31日的季度10-Q表季度报告的附录3.2纳入）。
4.1请参考附录 3.1 至 3.3。
10.1*
Codexis, Inc.与默沙东夏普和多姆公司之间对西格列汀供应协议的第 5 号修正案，自 2021 年 7 月 1 日起生效
10.2
《贷款和担保协议第九修正案》自2021年9月30日起生效，由Codexis, Inc.和西方联盟银行签订并由该修正案生效。
31.1
经修订的1934年《证券交易法》第13a-14（a）条和第15d-14（a）条要求对首席执行官进行认证。
31.2
经修订的1934年《证券交易法》第13a-14（a）条和第15d-14（a）条要求对首席财务官进行认证。
32.1
根据经修订的1934年《证券交易法》第13a-14（b）条和《美国法典》第18编第1350条的规定，必须对首席执行官和首席财务官进行认证。
101 
公司截至2021年9月30日的季度10-Q表季度报告中的以下材料采用行内可扩展业务报告语言（“ixBRL”）格式，包括：（i）截至2021年9月30日和2020年12月31日未经审计的简明合并资产负债表（ii）截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月未经审计的简明合并运营报表，（iii）未经审计的简明合并股东报表截至2021年9月30日和2020年9月30日的三个月和九个月的权益，(iv)截至2021年9月30日和2020年9月30日的九个月未经审计的简明合并现金流量表以及（v）未经审计的简明合并财务报表附注。
101.SCH内联 XBRL 分类扩展架构文档
101.CAL内联 XBRL 分类扩展计算链接库文档
101.DEF内联 XBRL 分类法扩展定义链接库文档
101.LAB内联 XBRL 分类法扩展标签 Linkbase 文档
101.PRE内联 XBRL 分类扩展演示链接库文档
104
公司截至2021年9月30日的季度10-Q表季度报告的封面，格式为行内XBRL，载于附录101。
*标有方括号的部分展品之所以被省略，是因为遗漏的信息（i）非实质性信息，（ii）如果公开披露将对竞争造成损害。

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签名
根据1934年《证券交易法》的要求，注册人已正式授权下列签署人代表其签署本报告。
Codexis, Inc.
日期：2021年11月5日来自：/s/ 约翰 ·J· 尼科尔斯
约翰·尼科尔斯
总裁兼首席执行官
（首席执行官）
日期：2021年11月5日来自：/s/ 罗斯·泰勒
罗斯泰勒
高级副总裁兼首席财务官
（首席财务和会计官员）

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