本S-3表格注册声明(文件编号333-252216)的生效后修正案1由Bionano Genonomy，Inc.或注册人提交，因为注册人预计，在提交截至2022年12月31日的10-K表格年度报告后，该公司将不再有资格成为知名的经验丰富的发行人(该术语在1933年证券法下的第405条中定义)。因此，这项生效后的第1号修正案包括除知名经验丰富的发行人以外的注册人所需披露的信息，并做出了某些其他修订。

这一生效后的第1号修正案包含：

基本招股说明书紧跟在这一说明性说明之后。根据基本招股说明书发行的任何证券的具体条款将在基本招股说明书的招股说明书附录中具体说明。根据销售协议将发行和出售的证券的具体条款在紧随基本招股说明书之后的销售协议招股说明书中载明。根据销售协议招股说明书可能提供、发行和出售的普通股包括在注册人根据基本招股说明书可能提供、发行和出售的4亿美元证券中。于销售协议终止后，销售协议招股章程所包括的200,000,000美元中未根据销售协议出售的任何部分将可根据基本招股章程在其他发售中出售。

我们可能会不时在一次或多次发售中发售和出售本招股说明书所述证券的任何组合，总金额最高可达400,000,000美元。我们还可以提供在转换、赎回、回购、交换或行使根据本协议登记的任何证券时可能发行的证券，包括任何适用的反稀释条款。

本招股说明书概述了我们可能提供的证券。每次我们发行证券时，我们将提供本招股说明书的一个或多个附录中所提供的证券的具体条款。我们也可能授权向您提供一份或多份与这些产品相关的免费书面招股说明书。招股说明书副刊和任何相关的免费编写的招股说明书也可以增加、更新或更改本招股说明书中包含的信息。在您投资于所发行的任何证券之前，您应仔细阅读本招股说明书、适用的招股说明书附录和任何相关的免费撰写的招股说明书，以及通过引用合并的任何文件。

本招股说明书不得用于完成任何证券的出售，除非附有招股说明书附录。

我们的普通股在纳斯达克资本市场上市，交易代码为“BNGO”。2023年3月8日，我们普通股的最后一次销售价格为每股1.31美元。适用的招股说明书附录将包含适用的招股说明书附录所涵盖的任何其他证券在纳斯达克资本市场或任何证券市场或其他交易所上市(如果有)的信息。

我们可以通过不时指定的代理，或通过承销商或交易商，连续或延迟地将这些证券直接出售给投资者。有关销售方法的更多信息，请参阅本招股说明书中题为“分销计划”的部分。如果任何代理人或承销商参与出售与本招股说明书有关的任何证券，则该等代理人或承销商的名称以及购买额外证券的任何适用费用、佣金、折扣或选择权将在招股说明书附录中列明。向公众出售此类证券的价格和我们预计从出售此类证券中获得的净收益也将在招股说明书附录中列出。

投资我们的证券涉及高度风险。您应仔细审阅本招股说明书第6页“风险因素”标题下所述的风险和不确定因素，以及适用的招股说明书附录和任何相关自由写作招股说明书中所包含的风险和不确定性，以及通过引用并入本招股说明书的其他文件中类似标题下的风险和不确定因素。

美国证券交易委员会和任何州证券委员会都没有批准或不批准这些证券，也没有确定本招股说明书补充材料是否真实或完整。任何相反的陈述都是刑事犯罪。

本招股说明书是我们提交给美国证券交易委员会(SEC，简称美国证券交易委员会)的S-3表格注册说明书的一部分，该注册说明书采用的是“搁置”注册程序。根据这一搁置登记程序，我们可以不时提供和出售本招股说明书中描述的任何证券组合的一种或多种产品，总金额高达400,000,000美元。

这份招股说明书为您提供了我们可能提供的证券的一般描述。每当我们根据本招股说明书发行证券时，我们将提供一份招股说明书附录，其中将包含有关该等证券和发售条款的具体信息。我们还可能授权向您提供一份或多份免费撰写的招股说明书，其中可能包含与这些产品相关的重要信息。吾等可授权向阁下提供的招股章程副刊及任何相关的免费撰写招股章程，亦可添加、更新或更改本招股章程或吾等以引用方式并入本招股章程的任何文件所载的资料。如果本招股说明书中的信息与适用的招股说明书副刊或免费撰写的招股说明书之间有任何不一致之处，您应以招股说明书副刊或免费撰写的招股说明书为准。在投资所提供的任何证券之前，您应阅读本招股说明书、任何适用的招股说明书副刊和任何相关的免费撰写的招股说明书，以及“通过引用合并某些信息”标题下所述的以引用方式并入本文的信息。

本招股说明书不得用于完成证券销售，除非附有招股说明书补充材料。

吾等、吾等或任何代理人、承销商或交易商均未授权任何人士提供任何资料或作出任何陈述，但本招股章程、任何适用的招股章程副刊或由吾等或代表吾等编制的或吾等已向阁下转介的任何相关免费写作招股章程所载或并入的资料或陈述除外。本招股说明书、本招股说明书的任何适用补充文件或任何相关的自由写作招股说明书不构成出售或邀请购买除与其相关的注册证券以外的任何证券的要约，本招股说明书、本招股说明书的任何适用补充材料或任何相关的自由撰写招股说明书也不构成向在任何司法管辖区向任何人出售或邀请购买证券的要约或要约购买证券的要约，而在该司法管辖区向任何人提出此类要约或要约是违法的。

您不应假定本招股说明书、任何适用的招股说明书或任何相关的免费写作招股说明书中包含的信息在文件正面规定的日期之后的任何日期是准确的，或者我们通过引用并入的任何信息在以引用方式并入的文件的日期之后的任何日期是正确的，即使本招股说明书、任何适用的招股说明书或任何相关的免费写作招股说明书是在稍后的日期交付或出售证券也是如此。

本招股说明书包含本文所述部分文件中包含的某些条款的摘要，但参考实际文件以获取完整信息。所有的摘要都被实际文件完整地限定了。本文提及的某些文件的副本已存档、将存档或将通过引用合并为本招股说明书所包含的注册声明的证物，您可以获取这些文件的副本，如下所述，标题为“在此您可以找到更多信息”。

投资我们的证券涉及高度风险。在决定是否投资我们的证券之前，阁下应审慎考虑适用的招股说明书附录及任何相关的免费撰写招股说明书中“风险因素”项下所描述的风险和不确定因素，以及我们在提交给美国证券交易委员会的最新年度报告及后续的10-Q表季报中所讨论的“风险因素”项下讨论的风险和不确定因素，以及我们可能授权在提交给美国证券交易委员会的后续文件中反映的对这些文件的任何修订，这些修订将通过引用的方式纳入本招股说明书全文，以及本招股说明书中的其他信息、通过引用合并的文件以及我们可能授权在与特定发售相关的情况下使用的任何免费书写招股说明书。这些文件中描述的风险并不是我们面临的唯一风险，而是那些我们认为是使对我们普通股的投资具有投机性或风险的重大因素。可能存在其他未知或不可预测的经济、商业、竞争、监管或其他因素，可能对我们未来的业绩产生重大不利影响。过去的财务业绩可能不是未来业绩的可靠指标，历史趋势不应被用来预测未来时期的结果或趋势。如果这些风险中的任何一个实际发生，我们的业务、财务状况、运营结果或现金流都可能受到严重损害。这可能会导致我们证券的交易价格下跌，导致您的全部或部分投资损失。还请仔细阅读下面题为“关于前瞻性陈述的特别说明”的章节。

本招股说明书和任何随附的招股说明书附录，以及本招股说明书或任何随附的招股说明书附录中引用的文件，均包含《1933年证券法》(经修订)第27A条或《证券法》和《1934年证券交易法》(经修订)第21E条或《交易法》所指的“前瞻性陈述”。这些陈述与未来事件或我们未来的经营或财务表现有关，涉及已知和未知的风险、不确定因素和其他因素，可能会导致我们的实际结果、表现或成就与前瞻性陈述明示或暗示的任何未来结果、表现或成就大不相同。根据《证券法》第27A条和《交易法》第21E条的规定，这些前瞻性表述可能包括但不限于有关以下方面的表述：

在某些情况下，您可以通过诸如“预期”、“相信”、“可能”、“估计”、“预期”、“可能”、“计划”、“潜在”、“预测”、“项目”、“应该”、“将”、“将”以及旨在识别前瞻性陈述的类似表达来识别前瞻性陈述。这些陈述反映了我们目前对未来事件的看法，是基于假设的，受风险和不确定因素的影响。鉴于这些风险和不确定性，您不应过度依赖这些前瞻性陈述。我们将更详细地讨论这些风险和不确定因素，并将其全文纳入作为本招股说明书一部分的注册说明书中，这些风险和不确定因素包括在适用的招股说明书附录“风险因素”项下、在我们授权用于特定发售的任何自由书面招股说明书、在我们最新的10-K年度报告和后续的10-Q表格季度报告中，以及在后来提交给美国证券交易委员会的文件中反映的任何对这些风险和不确定性的修改。此外，这些前瞻性陈述仅代表我们截至包含适用陈述的文件日期的估计和假设。

除非法律要求，我们没有义务更新或修改任何前瞻性陈述，以反映新的信息或未来的事件或发展。因此，您不应该认为我们随着时间的推移保持沉默意味着实际事件如此类前瞻性声明中所表达或暗示的那样存在。阁下应完整阅读本招股说明书、适用的招股说明书附录，以及我们已提交予美国证券交易委员会的以引用方式并入本文的文件，以及我们授权用于特定发售的任何免费写作招股说明书，并理解我们未来的实际结果可能与我们预期的大不相同。我们通过这些警告性声明对上述文件中的所有前瞻性声明进行限定。

我们将保留广泛的自由裁量权，以使用出售在此提供的证券的净收益。除本公司授权向阁下提供的任何招股说明书副刊或任何相关免费撰写招股说明书中所述者外，本公司目前拟将出售本公司发售的证券所得款项净额用于一般企业用途，包括临床试验及其他研发开支、资本开支、营运资金及一般及行政开支。我们也可以使用净收益的一部分来收购或投资于与我们自己的业务、产品和技术互补的业务、产品和技术，尽管截至本招股说明书发布之日，我们还没有关于任何收购的当前计划、承诺或协议。吾等将在适用的招股章程副刊或免费撰写的招股章程中，就出售根据招股章程副刊或免费撰写的招股章程出售的任何证券所收取的净收益，列明我们的预期用途。在这些用途之前，我们打算将净收益主要投资于货币市场共同基金、美国政府及其机构的债务、包括商业票据和可转让存单在内的货币市场工具以及公司债券。

以下是对我们股本的描述、公司注册证书和公司章程的某些条款，以及特拉华州法律的某些条款。以下描述不完整，受我们的公司注册证书和章程以及特拉华州公司法的相关规定以及特拉华州公司法的相关规定的约束和限制，这些证书和章程作为本招股说明书的一部分作为注册声明的证物提交。

截至本次招股说明书发布之日，公司注册证书授权我们发行400,000,000股普通股，每股面值0.0001美元，以及10,000,000股优先股，每股面值0.0001美元。

对于提交股东投票表决的所有事项，包括董事选举，我们的普通股每持有一股记录在案的股份有权投一票，并且没有累积投票权。我们修改和重述的公司注册证书，修订后，建立了一个分类的董事会，分为三个级别，交错三年任期。只有一个类别的董事将在每次股东年会上以多数票选出，其他类别的董事将在各自三年任期的剩余时间内继续任职。

除本公司注册证书另有明文规定或适用法律另有规定外，所有普通股股份均享有相同的权利及特权，并享有同等地位、按比例分享，以及在各方面均相同，包括下文所述事项。

红利。根据可能适用于任何当时尚未发行的优先股的优惠，普通股持有人有权从我们董事会可能不时宣布的合法可用资金中获得股息(如果有的话)。

清算权。在我们清盘、解散或清盘的情况下，我们普通股的持有者有权在偿还我们所有债务和其他债务后按比例分享合法可分配给股东的净资产，但前提是优先股持有人获得的任何清算优先权得到满足。

我们普通股的持有者无权享有优先购买权，也不受转换、赎回或偿债基金条款的约束。我们普通股持有人的权利、优先权和特权受制于我们未来可能指定和发行的任何系列优先股的股票持有人的权利，并可能受到这些权利的不利影响。

我们的董事会可能会授权发行具有投票权或转换权的优先股，这可能会对普通股持有人的投票权或其他权利产生不利影响。优先股的发行虽然为可能的收购和其他公司目的提供了灵活性，但除其他外，可能具有推迟、推迟或防止我们控制权发生变化的效果，否则可能使我们普通股的持有人受益，并可能对普通股的市场价格以及普通股持有人的投票权和其他权利产生不利影响。我们目前没有发行任何优先股的计划。

我们受特拉华州公司法第203条的约束。第203条一般禁止特拉华州上市公司在交易发生之日起三年内与“有利害关系的股东”进行“业务合并”，除非：

DGCL第203节定义了企业合并，包括：

一般而言，第203条将利益股东定义为实益拥有公司15%或以上已发行有表决权股票的任何实体或个人，以及与该实体或个人有关联或控制或控制该实体或个人的任何实体或个人。

除其他事项外，我们修订和重述的公司注册证书，经修订，以及修订和重述的章程：

上述规定使得另一方难以通过更换我们的董事会来获得对我们的控制权。由于我们的董事会有权保留和解雇我们的高级管理人员，这些规定也可能会使现有股东或另一方更难实现管理层的变动。此外，非指定优先股的授权使我们的董事会有可能发行具有投票权或其他权利或优先股的优先股，这可能会阻碍任何改变我们控制权的尝试的成功。

这些规定旨在减少我们对主动收购提议的脆弱性，并阻止可能在代理权之争中使用的某些策略。然而，这些条款可能会阻止其他人对我们的股票提出收购要约，并可能具有阻止敌意收购或推迟我们的控制权或管理层变动的效果。因此，这些条款还可能抑制我们股票市场价格的波动，这些波动可能会因实际或传言的收购企图而导致。

我们受特拉华州《公司法总则》第203条的约束，该条款禁止特拉华州公司在股东成为利益股东之日起三年内与该股东进行任何业务合并，但某些例外情况除外。

我们普通股的转让代理和登记人是美国股票转让信托公司。我们根据本招股说明书可能提供的任何系列优先股的转让代理将在与该系列相关的招股说明书附录中命名和描述。

我们的普通股在纳斯达克资本市场挂牌上市，代码为“BNGO”。适用的招股说明书附录将包含有关该招股说明书附录所涵盖的优先股在纳斯达克资本市场或任何证券市场或其他交易所的任何其他上市(如果有的话)的信息。

我们可能会不时以一个或多个系列发行债务证券，作为优先或次级债券，或作为优先或次级可转换债券。虽然我们以下概述的条款一般适用于我们在本招股说明书下可能提供的任何债务证券，但我们将在适用的招股说明书附录中更详细地描述我们可能提供的任何债务证券的特定条款。根据招股说明书附录提供的任何债务证券的条款可能与以下描述的条款不同。除文意另有所指外，每当我们提及契约时，我们也是指指明某一特定系列债务证券条款的任何补充契约。

我们将根据我们将与契约中指定的受托人签订的契约发行债务证券。根据修订后的1939年《信托契约法》或《信托契约法》，该契约将是合格的。我们已将契约表格作为证物提交给登记说明书，本招股说明书是其中的一部分，而包含所发行债务证券条款的补充契据和债务证券表格将作为证物提交给登记说明书，本招股说明书是其中的一部分，或者将通过引用纳入我们提交给美国证券交易委员会的报告中。

以下债务证券和债券的实质性条款摘要受适用于特定系列债务证券的债券的所有条款的约束，并通过参照该债券的全部条款加以限定。我们敦促您阅读适用的招股说明书补充资料和任何与我们根据本招股说明书可能提供的债务证券相关的免费撰写的招股说明书，以及包含债务证券条款的完整契约。

该契约不限制我们可能发行的债务证券的数量。它规定，我们可以发行债务证券，最高可达我们授权的本金，并可以使用我们指定的任何货币或货币单位。除了对本公司所有或几乎所有资产的合并、合并和出售的限制外，本契约的条款不包含任何旨在为任何债务持有人提供证券保护的契诺或其他条款，使其免受吾等业务、财务状况或涉及吾等的交易的变化。

我们可以将根据该契约发行的债务证券作为“贴现证券”发行，这意味着它们可以低于其所述本金的折扣价出售。由于债务证券的利息支付和其他特征或条款，这些债务证券以及其他不打折发行的债务证券，出于美国联邦所得税的目的，可能会以“原始发行折扣”或OID发行。适用于以OID发行的债务证券的重大美国联邦所得税考虑因素将在任何适用的招股说明书附录中更详细地描述。

我们将在适用的招股说明书补充资料中说明正在发售的一系列债务证券的条款，包括：

我们将在适用的招股说明书附录中列出一系列债务证券可转换为我们的普通股或我们的其他证券或可交换的条款。我们将包括关于转换或交换时结算的条款，以及转换或交换是否是强制性的，由持有者选择还是由我们选择。我们可以包括一些条款，根据这些条款，我们的普通股或我们的其他债券的持有者获得的系列债务证券的股份数量将受到调整。

除非我们在招股说明书附录中另有规定适用于特定系列的债务证券，否则该契约不会包含任何限制我们合并或合并，或作为整体或基本上作为整体出售、转让、转让或以其他方式处置我们的资产的能力的契约。然而，该等资产的任何继承人或收购人(我们的附属公司除外)必须承担我们在契约或债务证券(视情况而定)下的所有义务。

除非我们在招股说明书附录中另有规定，适用于特定系列债务证券，否则以下是关于我们可能发行的任何系列债务证券的契约下的违约事件：

如任何系列的债务证券发生并持续发生违约事件(上文最后一个项目符号指明的违约事件除外)，受托人或持有该系列未偿还债务证券本金总额至少25%的持有人，可向吾等发出书面通知，并在该等持有人发出通知的情况下，向受托人宣布未付本金(如有)及应计利息(如有)已到期及应立即支付。如果上述最后一个要点中指定的违约事件与我们有关，则每一期未偿还债务证券的本金和应计利息(如果有)应是到期和应支付的，受托人或任何持有人无需任何通知或其他行动。

持有受影响系列未偿还债务证券本金多数的持有人可放弃有关该系列及其后果的任何违约或违约事件，但有关支付本金、溢价(如有)或利息的违约或违约事件除外，除非吾等已按照契约纠正该违约或违约事件。任何豁免都应治愈违约或违约事件。

在符合契约条款的规定下，如契约下的失责事件将会发生并持续，受托人将没有义务应适用系列债务证券的任何持有人的要求或指示而行使其在该契约下的任何权利或权力，除非该等持有人已向受托人提供合理弥偿。持有任何系列未偿还债务证券本金过半数的持有人，有权指示就该系列债务证券进行任何法律程序的时间、方法和地点，以寻求受托人可获得的任何补救办法，或行使受托人所获赋予的任何信托或权力，但须符合以下条件：

任何系列债务证券的持有人只有在下列情况下才有权根据该契约提起诉讼或指定接管人或受托人，或寻求其他补救办法：

这些限制不适用于债务证券持有人提起的诉讼，如果我们拖欠债务证券的本金、溢价或利息。

我们将定期向受托人提交关于我们遵守契约中指定契约的声明。

我们和受托人可以在未经任何持有人同意的情况下，就特定事项更改契约：

此外，根据契约，吾等及受托人可更改一系列债务证券持有人的权利，但须取得受影响的每一系列未偿还债务证券本金总额至少过半数的持有人的书面同意。然而，除非我们在招股说明书附录中另有规定适用于特定系列的债务证券，否则我们和受托人只有在获得任何受影响的未偿还债务证券的每个持有人同意的情况下，才可以进行以下更改：

每份契约规定，我们可以选择解除我们对一个或多个债务证券系列的义务，但指定的义务除外，包括对以下各项的义务：

为了行使我们被解除的权利，我们必须向受托人存入足够的资金或政府债务，以支付该系列债务证券在付款到期日的所有本金、任何溢价(如果有的话)和利息。

我们将只以完全登记的形式发行每个系列的债务证券，不包括息票，除非我们在适用的招股说明书补编中另有规定，否则面额为1,000美元及其任何整数倍。该契约规定，我们可以发行一系列临时或永久全球形式的债务证券，并将作为记账证券存放在存托信托公司或DTC或由我们点名并在适用的招股说明书附录中就该系列确定的另一家存托机构，或其代表。如果一系列债务证券是以全球形式发行并作为账簿记账发行的，与任何账簿记账证券有关的条款说明将在适用的招股说明书补编中列出。

在持有人的选择下，在符合适用的招股说明书附录所述的契约条款和适用于全球证券的限制的情况下，任何系列债务证券的持有人可将债务证券交换为同一系列的其他债务证券，其面额、期限和本金总额相同。

在符合契约条款及适用招股说明书附录所载适用于全球证券的限制的情况下，债务证券持有人可向证券登记处或吾等为此目的指定的任何转让代理人的办公室出示经吾等或证券登记处要求妥为背书或附有正式签立的转让表格的债务证券以供交换或登记转让。除非持有人为转让或交换而出示的债务证券另有规定，否则我们不会对任何转让或交换登记收取服务费，但我们可能会要求支付任何税款或其他政府费用。

我们将在适用的招股说明书补充文件中注明我们最初为任何债务证券指定的证券注册商以及除证券注册商之外的任何转让代理。我们可以在任何时候指定额外的

转让代理或撤销任何转让代理的指定，或批准任何转让代理所通过的办事处的变更，但我们将被要求在每个系列的债务证券的每个付款地点维持一家转让代理。

如果我们选择赎回任何系列的债务证券，我们将不需要：

受托人在契约项下违约事件发生和持续期间以外，承诺只履行适用契约中明确规定的职责。在契约下发生失责事件时，受托人必须采取谨慎的态度，与谨慎的人在处理自己的事务时所采取或使用的谨慎程度相同。除本条文另有规定外，受托人并无义务应任何债务证券持有人的要求而行使契据所赋予的任何权力，除非受托人就其可能招致的费用、开支及法律责任获提供合理的保证及弥偿。

除非吾等在适用的招股章程附录中另有说明，否则吾等将于任何付息日期将任何债务证券的利息支付予在正常利息记录日期收市时以其名义登记该等债务证券或一项或多项前身证券的人士。

吾等将于吾等指定的付款代理人的办事处支付特定系列债务证券的本金、任何溢价及利息，但除非吾等在适用的招股章程附录中另有说明，否则吾等将以支票支付利息，并将支票邮寄给持有人或电汇予某些持有人。除非我们在适用的招股说明书附录中另有说明，否则我们将指定受托人的公司信托办事处作为我们就每个系列的债务证券付款的唯一支付代理。我们将在适用的招股说明书附录中指明我们最初为特定系列的债务证券指定的任何其他付款代理。我们将在每个付款地点为特定系列的债务证券维持一个付款代理。

我们支付给付款代理人或受托人的所有款项，用于支付在本金、溢价或利息到期并应支付后两年仍无人认领的任何债务证券的本金或任何溢价或利息，将偿还给我们，此后债务证券的持有人只能指望我们支付这些款项。

契约和债务证券将受纽约州国内法律管辖，并根据纽约州国内法律进行解释，但《信托契约法》适用的范围除外。

以下描述，连同我们授权分发给您的任何适用的招股说明书补充资料和免费撰写的招股说明书中可能包含的其他信息，汇总了我们根据本招股说明书可能提供的认股权证的重要条款和条款，这些认股权证可能包括购买普通股、优先股或债务证券的认股权证，并可能以一个或多个系列发行。认股权证可以独立发行，也可以与招股说明书副刊提供的普通股、优先股或债务证券一起发行，也可以与这些证券附在一起或与之分开。虽然我们下面概述的条款一般适用于我们根据本招股说明书可能提供的任何认股权证，但我们将在适用的招股说明书附录和任何适用的免费撰写招股说明书中更详细地描述我们可能提供的任何系列认股权证的特定条款。根据招股说明书补充条款提供的任何认股权证的条款可能与以下描述的条款不同。然而，任何招股说明书附录都不会从根本上改变本招股说明书中列出的条款，也不会提供在招股说明书生效时未在本招股说明书中登记和描述的证券。

我们已提交认股权证协议表格及载有认股权证条款的认股权证证书表格，以作为本招股说明书的证物。我们将提交作为本招股说明书一部分的登记说明书的证物，或将通过引用我们提交给美国证券交易委员会的报告中的内容纳入认股权证协议格式(如果有的话)，包括描述我们提供的特定系列权证的条款的权证证书。以下认股权证及认股权证协议的主要条文摘要须受适用于吾等在本招股说明书下可能提供的特定系列认股权证的认股权证协议及认股权证证书的所有条文所规限，并受其整体规限。我们恳请阁下阅读与本招股章程项下可能提供的特定系列认股权证有关的适用招股章程补充资料，以及任何相关的免费撰写招股章程，以及包含认股权证条款的完整认股权证协议及认股权证证书。

我们将在适用的招股说明书补充资料中说明与一系列认股权证相关的条款，包括：

在行使认股权证之前，认股权证持有人将不享有在行使认股权证时可购买的证券持有人的任何权利，包括：

每份认股权证将使持有人有权以我们在适用招股说明书附录中描述的行使价购买我们在适用招股说明书附录中指定的证券。除非吾等在适用的招股说明书附录中另有规定，否则认股权证持有人可随时行使认股权证，直至吾等于适用的招股说明书附录所述的到期日为止。在到期日交易结束后，未行使的认股权证将失效。

除非吾等在适用的招股章程补充文件中另有规定，否则认股权证持有人可按适用的招股说明书补充文件的规定，提交代表将予行使的认股权证的认股权证证书及指定资料，并以即时可动用的资金向认股权证代理人支付所需金额，以行使认股权证。吾等将于认股权证证书背面及在适用的招股章程内补充认股权证持有人在行使认股权证时须向认股权证代理人提交的资料。

于收到所需款项及于认股权证代理人的公司信托办事处或适用招股章程附录所示的任何其他办事处妥为填妥及签立的认股权证证书后，吾等将于行使该等权力时发行及交付可购买的证券。如果认股权证证书所代表的认股权证少于所有认股权证，我们将为剩余的认股权证发出新的认股权证证书。如果我们在适用的招股说明书补充文件中表明这一点，权证持有人可以将证券作为权证的全部或部分行使价格交出。

除非我们在适用的招股说明书附录中另有规定，否则认股权证和认股权证协议以及根据该等认股权证或认股权证协议而产生或与该等认股权证或认股权证协议有关的任何索偿、争议或争议，均受纽约州法律管辖及解释。

根据适用的认股权证协议，每名认股权证代理人将仅作为我们的代理人，不会与任何认股权证持有人承担任何义务或代理或信托关系。一家银行或信托公司可担任一项以上认股权证的认股权证代理人。如果吾等在适用的认股权证协议或认股权证下有任何失责，认股权证代理人将不会有任何责任或责任，包括在法律或其他方面提起任何诉讼或向我们提出任何要求的任何责任或责任。任何认股权证持有人均可无须有关认股权证代理人或任何其他认股权证持有人的同意，以适当的法律行动强制执行其行使其认股权证的权利，以及收取在行使其认股权证时可购买的证券。

我们可以以注册形式发行证券，也可以以一种或多种全球证券的形式发行。下面我们将更详细地描述全球证券。我们将那些在我们或任何适用的受托人或托管人为此目的而保存的账簿上以自己的名义登记证券的人称为这些证券的“持有人”。这些人是证券的合法持有人。我们将那些通过他人间接拥有不是以自己名义登记的证券实益权益的人称为这些证券的“间接持有者”。正如我们下面讨论的，间接持有人不是合法持有人，以簿记形式或以街头名义发行的证券的投资者将是间接持有人。

我们只能以簿记形式发行证券，我们将在适用的招股说明书附录中指定。这意味着，证券可以以一家金融机构的名义登记的一种或多种全球证券来代表，该金融机构将证券作为托管人，代表参与该托管人簿记系统的其他金融机构。这些参与机构又被称为参与者，他们代表自己或其客户持有证券的实益权益。

只有以其名义登记担保的人才被承认为该担保的持有人。全球证券将以托管机构或其参与者的名义登记。因此，对于全球证券，我们将只承认托管人是证券的持有者，我们将向托管人支付证券的所有款项。存托机构将其收到的付款传递给其参与者，后者又将付款传递给他们的客户，即受益所有者。保管人及其参与人是根据他们与彼此或与其客户订立的协议这样做的；根据证券条款，他们没有义务这样做。

因此，全球证券的投资者将不会直接持有证券。相反，它们将通过银行、经纪商或其他金融机构在全球证券中拥有实益权益，这些银行、经纪商或其他金融机构参与了保管人的账簿记账系统，或通过参与者持有权益。只要这些证券是以全球形式发行的，投资者将是这些证券的间接持有人，而不是合法持有人。

在“全球证券将被终止的特殊情况”中描述的某些情况下，全球证券可能被终止，或者发行不是以全球形式发行的证券。在这种情况下，投资者可以选择以自己的名义或“街头名义”持有他们的证券。投资者以街头名义持有的证券将登记在投资者选择的银行、经纪商或其他金融机构的名称下，投资者只会通过他或她在该机构开设的账户持有这些证券的实益权益。

对于以街头名义持有的证券，我们或任何适用的受托人或托管机构将只承认中间银行、经纪商和其他金融机构以其名义登记为这些证券的持有人，我们或任何此类受托人或托管机构将向他们支付这些证券的所有款项。这些机构将它们收到的付款转嫁给作为受益者的客户，但这只是因为它们在客户协议中同意这样做，或者因为法律要求它们这样做。以街头名义持有证券的投资者将是这些证券的间接持有者，而不是持有者。

我们的义务，以及我们或受托人雇用的任何适用受托人或第三方的义务，仅适用于证券的合法持有人。我们对在全球证券中持有实益权益的投资者没有义务，无论是以街头名义还是以任何其他间接方式。无论投资者是选择成为证券的间接持有者，还是别无选择，因为我们只以全球形式发行证券，情况都将如此。

例如，一旦我们向合法持有人付款或发出通知，我们就不再对付款或通知负有进一步责任，即使根据与其参与者或客户达成的协议或法律要求该合法持有人将其转嫁给间接持有人，但我们没有这样做。同样，我们可能希望获得持有人的批准，以修改契约，免除我们违约的后果或我们遵守契约某一特定条款的义务，或出于其他目的。在这种情况下，我们只会寻求证券的合法持有人的批准，而不是间接持有人的批准。合法持有人是否以及如何与间接持有人联系，由合法持有人决定。

如果您通过银行、经纪商或其他金融机构持有证券，无论是以簿记形式持有，因为证券是由一种或多种全球证券代表，还是以街头名称持有，您应该向您自己的机构查询，以找出：

全球证券是指由存托机构持有的一种或任何其他数量的个人证券。一般来说，由相同的全球证券代表的所有证券将具有相同的条款。

以簿记形式发行的每一种证券都将代表一种全球证券，我们向我们选择的金融机构或其指定人发行、存入和登记的全球证券。我们为此目的选择的金融机构称为存托机构。除非我们在适用的招股说明书附录中另有规定，否则DTC将是所有以簿记形式发行的证券的托管人。

除非出现特殊终止情况，否则不得将全球担保转让给或登记在保管人、其代名人或继任保管人以外的任何人名下。我们在下面的“--全球安全将被终止的特殊情况”一节中描述了这些情况。由于这些安排，托管机构或其代名人将成为全球证券所代表的所有证券的唯一登记所有人和合法持有人，投资者将只被允许在全球证券中拥有实益权益。实益权益必须通过在经纪商、银行或其他金融机构的账户持有，而该经纪商、银行或其他金融机构又在保管人或另一家这样做的机构有账户。因此，以全球证券为代表的投资者将不是该证券的合法持有人，而只是该全球证券的实益权益的间接持有人。

如果特定证券的招股说明书补充说明表明该证券将作为全球证券发行，则该证券将始终由全球证券代表，除非并直至该全球证券终止。如果终止，我们可以通过另一个记账式清算系统发行证券，或者决定该证券不再通过任何记账式清算系统持有。

作为间接持有人，投资者与全球证券有关的权利将受投资者所在金融机构和托管机构的账户规则以及与证券转让有关的一般法律管辖。我们不承认间接持有人是证券持有人，而是只与持有全球证券的保管人打交道。

如果证券仅作为全球证券发行，投资者应注意以下事项：

投资者的所有权链条中可能有不止一个金融中介机构。我们不监督任何这些中间人的行为，也不对他们的行为负责。

在下面描述的几种特殊情况下，全球证券将终止，其中的利益将被交换为代表这些利益的实物证书。在那次交换之后，是直接持有证券还是以街头名义持有证券，将由投资者决定。投资者必须咨询自己的银行或经纪商，了解如何将他们在证券中的权益转移到自己的名下，这样他们才能成为直接持有人。我们已经在上面描述了持有者和街头投资者的权利。

除非我们在适用的招股说明书附录中另有规定，否则当发生以下特殊情况时，全球证券将终止：

适用的招股说明书补编还可列出终止仅适用于适用的招股说明书补编所涵盖的特定证券系列的全球证券的其他情况。当全球证券终止时，保管人，而不是我们或任何适用的受托人，都有责任决定作为最初直接持有人的机构的名称。

我们可能会不时根据承销的公开发售、直接向公众销售、协商交易、大宗交易或这些方法的组合出售本协议涵盖的证券。本招股说明书提供的这些证券的分销也可以通过发行衍生证券来实现，包括但不限于认股权证。我们可以将证券出售给或通过承销商或交易商、通过代理或直接出售给一个或多个购买者。我们可能会不时在一笔或多笔交易中分销证券：

我们也可以按照证券法第415条的规定，以“在市场上发行”的方式出售本注册声明所涵盖的股权证券。此类发行可在现有的此类证券交易市场以非固定价格的交易方式进行，可以下列方式之一：

这种“市场发行”，如果有的话，可以由作为委托人或代理人的承销商进行。

招股说明书补充或补充文件(以及我们可能授权向您提供的任何相关免费撰写的招股说明书)将描述证券发售的条款，在适用的范围内包括：

只有招股说明书副刊中点名的承销商才是招股说明书副刊所提供证券的承销商。

如果承销商参与出售，他们将为自己的账户购买证券，并可能不时在一次或多次交易中以固定的公开发行价或以出售时确定的不同价格转售证券。承销商购买证券的义务将受制于适用的承销协议中规定的条件。我们可以通过由主承销商代表的承销团或由没有承销团的承销商代表的承销团向公众发行证券。在符合某些条件的情况下，承销商将有义务购买招股说明书附录提供的所有证券，但购买额外证券的任何选择权所涵盖的证券除外。任何公开发行价格以及任何允许、回售或支付给交易商的折扣或优惠可能会不时发生变化。我们可以使用与我们有实质性关系的承销商。我们将在招股说明书附录中说明任何此类关系的性质，并指明承销商的名字。

我们可以直接销售证券，也可以通过我们不时指定的代理商销售证券。我们将列出参与证券发行和销售的任何代理的名称，并将在招股说明书附录中说明我们将向代理支付的任何佣金和其他补偿。除非招股说明书副刊另有说明，我们的代理人将在其委任期内尽最大努力行事。

吾等可授权代理人或承销商征集特定类型机构投资者的要约，根据约定于未来指定日期付款及交付的延迟交付合约，以招股说明书增刊所载的公开发售价格向吾等申购证券。我们将在招股说明书附录中说明这些合同的条件以及我们为征求这些合同而必须支付的佣金。

我们可能为代理人和承销商提供与此次发行相关的民事责任的赔偿，包括证券法下的责任，或代理人或承销商可能就这些责任支付的款项的赔偿。代理人和承销商可以在正常业务过程中与我们进行交易或为我们提供服务。

我们可能提供的所有证券，除普通股外，都将是新发行的证券，没有建立交易市场。任何代理人或承销商可以在这些证券上做市，但没有义务这样做，并可随时停止任何做市行为，恕不另行通知。我们不能保证任何证券交易市场的流动性。除了在纳斯达克资本市场上市的我们的普通股外，目前没有任何已发行证券的市场。本公司目前并无计划将债务证券、优先股或认股权证在任何证券交易所或报价系统上市；任何有关特定债务证券、优先股或认股权证的上市将于适用的招股章程副刊或其他发售材料(视乎情况而定)中说明。

任何承销商均可根据《交易法》规定的规则M第103条从事超额配售、稳定交易、空头回补交易和惩罚性出价。超额配售涉及超过发行规模的销售，这会产生空头头寸。稳定交易允许出价购买标的证券，只要稳定出价不超过指定的最大值。空头回补交易涉及在分配完成后在公开市场上购买证券，以回补空头头寸。惩罚性出价允许承销商在稳定或回补交易中购买交易商最初出售的证券以回补空头头寸时，从交易商那里收回出售特许权。这些活动可能会导致证券价格高于正常情况下的价格。如果开始，承销商可以随时停止任何活动。这些交易可以在任何交易所或场外交易市场或其他地方进行。

任何在纳斯达克资本市场上符合资格的做市商的代理人和承销商，均可在发行定价前一个营业日，在证券的发售或销售开始前，依照M规则第103条的规定，在纳斯达克资本市场从事被动做市交易。被动做市商必须遵守适用的数量和价格限制，并且必须被认定为被动做市商。一般来说，被动做市商的出价必须不超过这种证券的最高独立出价；然而，如果所有独立出价都低于被动做市商的出价，那么当超过某些购买限额时，被动做市商的出价就必须降低。被动做市可以将证券的市场价格稳定在高于公开市场上的水平，如果开始，可以随时停止。

根据金融行业监管局(FINRA)的指导方针，任何FINRA成员或独立经纪交易商收到的最高对价或折扣不得超过根据本招股说明书和任何适用的招股说明书附录提供的证券总额的8%。

关于任何特定发行的任何锁定条款的具体条款将在适用的招股说明书附录中说明。

除非适用的招股说明书附录中另有说明，否则本招股说明书提供的证券及其任何招股说明书附录的有效性将由Cooley LLP传递。其他法律事项可由我们将在适用的招股说明书附录中指名的律师转交给我们或任何承销商、交易商或代理人。

截至2021年12月31日和2020年12月31日的综合财务报表以及截至2021年12月31日的年度的综合财务报表，以及管理层对截至2021年12月31日财务报告内部控制有效性的评估，纳入本招股说明书和本招股说明书的注册说明书中，以BDO USA LLP的报告为依据，BDO USA LLP是一家独立注册会计师事务所，通过引用在此注册成立，并获得该事务所作为审计和会计专家的授权。

本招股说明书是我们根据证券法向美国证券交易委员会提交的S-3表格注册说明书的一部分，不包含注册说明书中列出或通过引用并入的所有信息。当本招股说明书提及吾等的任何合约、协议或其他文件时，该等提及可能并不完整，阁下应参考作为注册声明一部分的证物或以引用方式并入本招股说明书的报告或其他文件，以获取该等合约、协议或其他文件的副本。

我们向美国证券交易委员会提交年度、季度和当前报告、委托书和其他信息。我们的美国证券交易委员会备案文件可通过互联网在美国证券交易委员会的网站http://www.sec.gov.上查阅我们的Form 10-K年度报告、Form 10-Q季度报告和Form 8-K当前报告，包括对这些报告的任何修订，以及我们根据交易法第13(A)或15(D)节向美国证券交易委员会提交或提供的其他信息，也可以在我们网站的投资者部分免费获取。在我们以电子方式将这些材料提交给美国证券交易委员会或将其提供给后，这些备案文件将在合理可行的情况下尽快提供。

我们的网站地址是www.BioNanoGenomics.com。本招股说明书中包含或可通过本公司网站获取的信息不是本招股说明书的一部分，也不作为参考并入本招股说明书，本招股说明书中包含本公司网站地址仅为非主动的文本参考。

美国证券交易委员会允许我们在此招股书中通过引用将信息纳入，这意味着我们可以通过向您推荐另一份单独提交给美国证券交易委员会的文件来向您披露重要信息。通过引用纳入本招股说明书的文件的美国证券交易委员会档号为001-38613。通过引用并入本招股说明书的文件包含重要信息，您应该阅读有关我们的信息。

通过引用将以下文件并入本文件：

吾等亦将吾等根据证券交易法第13(A)、13(C)、14或15(D)条提交予美国证券交易委员会的所有文件(不包括根据第2.02项或Form 8-K表第7.01项提供的现行报告以及在该表格中提交的与该等项目相关的证物)纳入本招股说明书中，作为参考资料；(I)在本招股说明书构成其一部分的登记说明书首次提交日期之后但在注册书生效之前，以及(Ii)在注册说明书生效后但在本招股说明书涵盖的所有证券发售终止之前。这些文件包括定期报告，如Form 10-K的年度报告、Form 10-Q的季度报告和Form 8-K的当前报告，以及委托书。本文中包含的任何陈述或通过引用并入或被视为并入本文档的文件中的任何陈述，在本文件或任何其他随后提交的被视为通过引用并入本文档的文件中包含的陈述修改或取代陈述的范围内，将被视为被修改或取代。

吾等将免费向获交付招股章程的每名人士(包括任何实益拥有人)提供一份以参考方式并入本招股章程但未随招股章程一并交付的任何或所有文件的副本，包括以参考方式特别纳入该等文件的证物。如有任何索要文件的要求，请写信给我们，邮编：92121，邮编：圣地亚哥，第100套，9540Towne Centre Drive9540Towne Centre Drive.

我们之前与考恩有限责任公司或TD考恩公司签订了一项销售协议，涉及本招股说明书附录提供的普通股，每股票面价值0.0001美元。根据销售协议的条款，我们可以不时通过TD Cowen作为销售代理提供和出售我们普通股的股份。我们最初提交了一份招股说明书补编，日期为2021年3月24日，或先前招股说明书补编，根据S-3表格货架登记声明(注册声明第333-252216号)下的销售协议，不时通过TD Cowen作为我们的代理提供和出售高达350,000,000美元的普通股。截至本招股说明书增刊的日期，根据销售协议和先前的招股说明书增刊，我们已经发行和出售了约52,233,273美元的普通股。截至本招股说明书增刊日期，根据先前招股章程增刊出售的剩余普通股将不再根据先前招股章程增刊发售，而是根据本招股章程增刊发售，但根据销售协议，吾等可发售及出售普通股的最高总金额将减至200,000,000美元。因此，我们可以发售我们普通股的股票，总发行价最高可达200,000,000美元。

我们的普通股在纳斯达克资本市场挂牌上市，代码为“BNGO”。2023年3月8日，我们普通股的最后一次销售价格为每股1.31美元。

根据本招股说明书附录和随附的招股说明书，我们普通股的销售(如果有的话)将按照根据修订后的1933年证券法或证券法颁布的第415(A)(4)条规定的“在市场上发行”的规定进行销售。TD Cowen不需要出售任何具体数额的证券，但将按照TD Cowen和我们共同商定的条款，以符合其正常交易和销售做法的商业合理努力作为我们的销售代理。不存在以任何代管、信托或类似安排收到资金的安排。根据销售协议，我们还可以向TD Cowen出售普通股作为其自身账户的本金，价格将在出售时商定。如果我们将股份作为本金出售给TD Cowen，我们将与TD Cowen签订单独的条款协议，并将在单独的招股说明书附录或定价附录中描述该协议。

根据销售协议出售普通股向TD Cowen支付的补偿金额最高为根据销售协议出售的任何普通股总收益的3.0%。就代表本公司出售普通股而言，TD Cowen将被视为证券法所指的“承销商”，而TD Cowen的赔偿将被视为承销佣金或折扣。我们还同意就某些债务向TD Cowen提供赔偿和出资，包括证券法或修订后的1934年证券交易法或交易法下的债务。

截至2022年12月31日，我们有63,218,433股授权但未发行的普通股可供发行(扣除行使、转换或交换已发行证券时可发行的普通股数量，或为未来发行预留的普通股数量)。基于我们普通股的可用授权未发行股票数量以及假设每股发行价1.31美元，这是我们普通股在纳斯达克上最后一次公布的销售价格，根据我们的销售协议，我们将能够发行和出售最多82,816,147美元的股票，尽管本招股说明书补编规定的最高发行总额为200,000,000美元。在任何情况下，根据本招股说明书补充部分的登记声明，我们出售的普通股股票都不会超过我们可供发行和授权发行的数量。

我们的业务和对我们普通股的投资涉及重大风险。这些风险在本招股说明书增刊的S-4页、随附的招股说明书第6页开始的“风险因素”标题下描述，以及在我们最新的Form 10-K年度报告和我们提交给美国证券交易委员会的其他文件中描述的风险，这些文件通过引用并入本招股说明书附录中。

美国证券交易委员会和任何州证券委员会都没有批准或不批准这些证券，也没有确定本招股说明书补充材料是否真实或完整。任何相反的陈述都是刑事犯罪。

本招股说明书附录和随附的招股说明书与我们普通股的发售有关。在购买我们提供的任何普通股之前，我们敦促您仔细阅读本招股说明书附录，以及通过引用纳入本招股说明书附录中的信息，以及我们授权在做出投资决定时与本次发售相关使用的任何免费撰写的招股说明书附录或招股说明书附录。您还应该阅读并考虑我们向您推荐的文档中的信息，这些文档的标题是“您可以找到更多信息”和“通过引用合并某些信息”。这些文件包含您在做出投资决策时应考虑的重要信息。

本文档分为两部分。第一部分是这份招股说明书附录，它描述了我们发行的普通股的具体条款，还补充和更新了附带的招股说明书和通过引用纳入本文或其中的文件中包含的信息。第二部分，随附的招股说明书，包括通过引用纳入其中的文件，提供了更一般的信息。一般而言，当我们提到本招股说明书时，我们指的是本文件的两个部分的总和。如果本招股说明书附录中包含的信息与随附的招股说明书或在本招股说明书附录日期之前通过引用并入本文或其中的任何文件中包含的信息存在冲突，您应依赖本招股说明书附录中的信息；但如果其中一个文件中的任何陈述与另一个较晚日期的文件中的陈述不一致-例如，通过引用并入所附招股说明书中的文件-具有较晚日期的文件中的陈述修改或取代较早的陈述。

您只应依赖本招股说明书附录、随附的招股说明书以及我们授权与本次发售相关使用的任何免费撰写的招股说明书或招股说明书附录中包含的信息或通过引用合并的信息。我们没有授权任何人向您提供不同的信息，销售代理也没有授权。如果有人向你提供了不同或不一致的信息，你不应该依赖它。我们不会，销售代理也不会在任何不允许要约或出售的司法管辖区出售这些证券。

您应假定，本招股说明书附录中出现的信息、本招股说明书附录中以引用方式并入的文件、随附的招股说明书以及我们授权用于本次发售的任何自由编写的招股说明书或招股说明书附录中的信息，仅在该等文件的日期是准确的。自那以后，我们的业务、财务状况、运营结果和前景可能发生了变化。在作出投资决定之前，您应完整阅读本招股说明书附录、随附的招股说明书、本招股说明书附录和随附的招股说明书中引用的文件，以及我们授权与本次发行相关使用的任何自由编写的招股说明书或招股说明书附录。

除另有说明或文意另有所指外，本招股说明书附录及随附的招股说明书中提及的“Bionano”、“我们”、“本公司”及“本公司”均指Bionano基因公司及其子公司，或在上下文需要时仅指Bionano基因公司。“Bionano实验室”、“BioDiscovery”和“Purigen”是指我们的全资子公司，分别是Lineagen，Inc.(以Bionano实验室开展业务)、BioDiscovery，LLC和Purigen BiosSystems，Inc.。

本招股说明书附录、随附的招股说明书以及通过引用纳入本文或其中的信息包括我们或其他公司拥有的商标、服务标记和商号。本招股说明书附录及随附的招股说明书中包含或引用的所有商标、服务标记和商品名称均为其各自所有者的财产。

投资我们的证券涉及高度的风险。阁下应仔细考虑以下风险因素及在截至2021年12月31日止年度的Form 10-K年报中“风险因素”一节讨论的风险因素，该等风险因素及风险因素已由我们随后提交的文件更新，并以引用方式并入本招股章程副刊及随附的招股章程全文，以及本招股章程副刊及随附的招股章程所载或以参考方式并入本招股章程副刊及随附的招股章程的所有其他资料。这些文件中描述的风险和不确定性并不是我们面临的唯一风险和不确定性。其他风险和不确定性，包括我们目前认为不是重大的风险和不确定性，可能会损害我们的业务。如果下文讨论的或通过参考并入的任何风险实际发生，我们的业务、财务状况、经营业绩或现金流可能会受到重大不利影响。这可能会导致我们证券的价值下降，您可能会损失您的全部或部分投资。

我们的管理层将拥有广泛的自由裁量权来运用我们从此次发行中获得的净收益，包括用于“收益的使用”一节中描述的任何目的，并且您将没有机会作为您投资决策的一部分来评估净收益是否得到了适当的使用。由于将决定我们使用此次发行净收益的因素的数量和可变性，它们的最终用途可能与当前的预期用途有很大不同。我们的管理层可能会以不会改善我们的运营结果或提高我们普通股价值的方式来使用收益。如果我们不能有效地利用这些资金，可能会对我们的业务产生实质性的不利影响，推迟我们候选产品的开发，并导致我们普通股的价格下跌。

由于我们普通股的每股价格大大高于我们普通股的每股有形账面净值，您在此次发行中购买的普通股的有形账面净值将被大幅稀释。根据我们截至2022年12月31日的有形账面净值，如果您在此次发行中购买普通股，您将立即遭受与我们普通股的有形账面净值相比每股0.57美元的重大稀释。有关如果您在本次发行中购买普通股将引起的稀释的更详细讨论，请参阅本招股说明书附录题为“摊薄”的部分。

此外，我们还有大量未偿还的股票期权和认股权证。在已行使或可能行使已发行的股票期权或认股权证或发行其他证券的情况下，在此次发行中购买我们普通股的投资者可能会遭受进一步稀释。此外，由于市场状况或战略考虑，我们可能会选择筹集额外资本，即使我们认为我们目前或未来的运营计划有足够的资金。就通过出售股权或可转换债务证券筹集额外资本而言，这些证券的发行可能导致我们的股东进一步稀释或导致我们普通股价格的下行压力。

在这次发行之后，在公开市场上出售我们普通股的大量股票，或者认为这些出售可能发生，可能会导致我们普通股的市场价格下跌。我们普通股的大部分流通股都可以自由交易，不受证券法的限制，也不受证券法的进一步登记。

目前，我们打算使用可用资金为我们的行动提供资金。因此，虽然支付股息仍由我们的董事会酌情决定，但我们无意在可预见的未来支付任何此类股息。投资者的任何回报预计都将来自我们普通股价格的潜在上涨。

在符合与代理商签订的销售协议的某些限制和遵守适用法律的情况下，我们有权在整个销售协议期限内的任何时间向销售代理发送安置通知。在发出配售通知后，代理人出售的股票数量将根据销售期内普通股的市场价格和我们与代理人设定的限制而波动。

我们将需要寻求必要的额外资本，通过公开或私募股权发行、债务融资以及合作和许可安排，包括通过销售协议下的销售，为我们的运营提供资金。我们目前有有限的普通股可供发行和授权发行。在之前的交易中，投资者购买了我们的普通股或我们的可转换证券，如认股权证，为此我们必须保留我们普通股的未发行股票。因此，我们可能需要增加我们普通股的授权股份数量，这需要得到股东的批准，以便向投资者和其他战略合作伙伴发行我们普通股的股份或可转换、可行使或可交换为我们普通股的证券，以充分利用销售协议或其他融资交易下的全部可用资金。如果我们的交易价格没有提高，或者如果我们无法增加普通股的授权股份，我们筹集额外资本的努力将受到限制，包括通过此次发行。因此，我们的运营和财务状况可能会受到实质性的不利影响。

本招股说明书附录和随附的招股说明书，包括本文和其中引用的文件，以及我们授权用于此次发行的任何自由撰写的招股说明书，均包含符合1995年《私人证券诉讼改革法案》的前瞻性陈述。这些陈述是基于我们管理层目前对未来事件、条件和结果的信念、预期和假设，以及我们目前掌握的信息。包含这些前瞻性表述的讨论可能会在“业务”、“风险因素”和“管理层对财务状况和经营结果的讨论与分析”等章节中找到，这些章节通过引用从我们最新的10-K表格年度报告和我们随后提交给美国证券交易委员会的10-Q表格季度报告中并入，以及在后来提交给美国证券交易委员会的文件中反映的任何修订。

本招股说明书副刊或随附的招股说明书中的任何陈述，或通过引用并入本文或其中，以及任何自由撰写的招股说明书中有关我们的预期、信念、计划、目标、假设或未来事件或业绩的陈述，均不是历史事实，均为前瞻性陈述。根据《证券法》第27A条和《交易法》第21E条的定义，这些前瞻性表述包括有关以下方面的表述：

在某些情况下，您可以通过诸如“预期”、“相信”、“继续”、“可能”、“估计”、“预期”、“打算”、“可能”、“计划”、“潜在”、“预测”、“项目”、“应该”、“将”、“将”或这些术语的否定或复数等术语以及旨在标识有关未来的陈述的类似表达来识别前瞻性陈述。尽管并不是所有前瞻性声明都包含这些词语。这些陈述涉及已知和未知的风险、不确定性和其他因素，这些风险、不确定性和其他因素可能导致我们的实际结果、活动水平、

这些前瞻性表述所表达或暗示的信息可能与公司的业绩或成就存在实质性差异。此外，“我们相信”的声明和类似的声明反映了我们对相关主题的信念和意见。这些陈述基于截至招股说明书发布之日我们掌握的信息，虽然我们认为这些信息构成了此类陈述的合理基础，但此类信息可能是有限或不完整的，我们的陈述不应被解读为表明我们已对所有可能获得的相关信息进行了详尽的调查或审查。这些陈述本质上是不确定的，告诫投资者不要过度依赖这些陈述。

您应参考本招股说明书附录、随附的招股说明书和任何相关自由撰写的招股说明书中“风险因素”一节中描述的风险和不确定因素，以及通过引用并入本招股说明书附录和随附的招股说明书的其他文件中类似标题下的风险和不确定因素，以讨论可能导致我们的实际结果与前瞻性陈述中明示或暗示的结果大不相同的重要因素。鉴于这些风险、不确定因素和其他因素，其中许多是我们无法控制的，我们不能向您保证本招股说明书附录和随附的招股说明书中的前瞻性陈述将被证明是准确的，您不应过度依赖这些前瞻性陈述。此外，如果我们的前瞻性陈述被证明是不准确的，这种不准确可能是实质性的。鉴于这些前瞻性陈述中的重大不确定性，您不应将这些陈述视为我们或任何其他人对我们将在任何特定时间框架内或根本不会实现我们的目标和计划的陈述或保证。

除非法律要求，我们没有义务公开更新这些前瞻性陈述，或修改任何前瞻性陈述，以反映本招股说明书附录日期后发生的事件或发展，即使未来有新信息。

我们可以在本招股说明书附录日期后不时发行和出售总销售收入高达200,000,000美元的普通股。由于没有最低发行金额的要求作为完成此次发行的条件，因此目前无法确定我们实际的公开发行金额、佣金和收益总额(如果有)。不能保证我们会根据与TD Cowen的销售协议出售任何股份或充分利用该协议作为融资来源。

我们目前打算将出售普通股的净收益用于支持我们的增长战略，并用于营运资本和一般公司目的，包括研究和开发费用和资本支出。我们还可能将此次发行的部分净收益用于共同开发、收购或投资于与我们的业务相辅相成的产品、技术或业务。然而，我们目前没有就任何此类收益的使用达成协议或做出任何承诺。

我们使用此次发行的净收益的金额和时机将取决于许多因素，例如我们研发工作的时间和进度、任何合作和商业化努力的时间和进度、技术进步以及我们产品的竞争环境。截至本招股说明书附录日期，吾等不能确切说明出售吾等在此发售的证券所得款项净额的所有特定用途。因此，我们的管理层将在这些收益的时机和应用方面拥有广泛的酌处权。在上述所得款项净额运用前，吾等拟将所得款项暂时投资于短期计息工具。

截至2022年12月31日，我们的有形账面净值约为1.31亿美元，或每股普通股0.44美元。每股有形账面净值是通过将我们的总有形资产(总资产，减去无形资产)减去总负债，除以截至2022年12月31日的普通股流通股数量来确定的。

在我们152,671,755股普通股的出售生效后，假设所有这些股票都可以在出售时获得授权发行，在与代理商的销售协议期限内，假设公开发行价为每股1.31美元，在与代理商的销售协议期限内，我们的普通股在2022年3月8日的最后报告销售价格，并且扣除承销折扣和佣金以及估计应支付的发售费用，我们截至2022年12月31日的调整有形账面净值为3.31亿美元，或每股普通股0.74美元。这意味着对现有股东来说，每股有形账面净值立即增加了0.30美元，对本次发售普通股的购买者来说，每股有形账面净值立即稀释了0.57美元。对新投资者的每股摊薄是指普通股购买者在本次发售中支付的每股金额与本次发售完成后普通股的调整后每股有形账面净值之间的差额。下表说明了按每股计算的摊薄情况：

上表基于截至2022年12月31日已发行的297,182,804股普通股，不包括：

在已行使或可能行使已发行期权或认股权证的范围内，已发行的限制性股票单位可归属及交收，或已发行的其他股份，购买本公司证券的投资者在本次发售中可能会遭受进一步摊薄。此外，由于市场状况或战略考虑，我们可能会选择筹集额外资本，即使我们认为我们目前或未来的运营计划有足够的资金。就我们通过出售股权或可转换债务证券筹集额外资本的程度而言，这些证券的发行可能导致我们的股东进一步稀释。

除另有说明外，本招股说明书增刊的资料假设不会行使上文概述的未行使购股权或普通权证，亦不会归属或交收上文概述的尚未行使的限制性股票单位。此外，如上所示，紧随本次发行后将发行的普通股数量不包括根据销售协议在2023年1月1日至2023年2月28日期间发行的我们普通股的8,339,843股。

我们已经与TD Cowen签订了一项销售协议，根据该协议，我们可以不时通过TD Cowen作为我们的销售代理或委托人发行和出售高达200,000,000美元的普通股。在任何情况下，根据本招股说明书补充部分的登记声明，我们出售的普通股股票都不会超过我们可供发行和授权发行的数量。出售我们的普通股，如果有的话，将通过任何被视为证券法第415(A)(4)条规定的“按市场发售”的方式，以市场价格进行。

TD Cowen将根据销售协议的条款和条件，或我们与TD Cowen达成的其他协议，每天提供我们的普通股。我们将指定每天通过TD Cowen出售的普通股的最高金额，或与TD Cowen一起确定该最高金额。根据销售协议的条款和条件，TD Cowen将尽其商业上合理的努力，代表我们出售我们要求出售的所有普通股。如果出售普通股不能达到或高于我们在任何此类指示中指定的价格，我们可能会指示TD Cowen不要出售普通股。TD Cowen或我们可以在适当通知另一方后，暂停根据销售协议通过TD Cowen发行我们的普通股。TD Cowen和我们各自都有权按照销售协议的规定发出书面通知，随时由双方自行决定终止销售协议。

支付给TD Cowen作为销售代理的赔偿总额，最高为根据销售协议通过TD Cowen出售的股份销售总价的3.0%。我们还同意向TD Cowen偿还TD Cowen因此次发行而产生的高达50,000美元的实际外部法律费用，d用于某些其他费用，包括Cowen的FINRA律师费，金额最高为10,000美元。我们估计，我们应支付的要约总费用，不包括根据销售协议应支付给TD Cowen的佣金，将约为30万美元。

剩余的销售收益，在扣除我们应支付的任何费用和任何政府、监管或自律组织收取的与销售相关的任何交易费用后，将相当于我们出售此类普通股的净收益。

根据销售协议，TD Cowen将在纳斯达克资本市场作为销售代理出售普通股的每一天收盘后向我们提供书面确认。每次确认将包括当天通过其作为销售代理出售的普通股数量、出售股票的成交量加权平均价、每日交易量的百分比和向我们提供的净收益。

我们将至少每季度报告根据销售协议通过TD Cowen出售的普通股数量、向我们支付的净收益以及我们向TD Cowen支付的与普通股销售相关的补偿。

除非双方另有约定，普通股销售的结算将在第二个营业日进行，也就是出售任何普通股以换取向吾等支付净收益的日期之后的第二个交易日。不存在以代管、信托或类似安排接受资金的安排。

根据销售协议，我们还可以向TD Cowen出售普通股作为其自身账户的本金，价格将在出售时商定。如果我们将股份作为本金出售给TD Cowen，我们将与TD Cowen签订单独的条款协议，并将在单独的招股说明书附录或定价附录中描述该协议。

就代表我们出售普通股而言，TD Cowen将被视为证券法所指的“承销商”，支付给TD Cowen的赔偿将被视为承销佣金或折扣。我们已在销售协议中同意向TD Cowen提供某些责任的赔偿和贡献，包括证券法下的责任。作为销售代理，TD Cowen不会参与任何稳定我们普通股的交易。

我们的普通股在纳斯达克资本市场上市，交易代码为“BNGO”。我们普通股的转让代理是美国股票转让信托有限责任公司。

TD Cowen和/或其关联公司已经并可能在未来为我们提供各种投资银行和其他金融服务，他们已经收到了哪些服务，以及未来可能会收到常规费用。

加州圣迭戈的Cooley LLP一直担任我们与此次发行相关的法律顾问，它将传递与此次发行相关的美国联邦法律方面的某些法律问题。纽约的Mintz，Levin，Cohn，Ferris，Glovsky和Popeo，P.C.，New York已担任与此次发售有关的代理人的法律顾问。

本公司截至2021年及2020年12月31日的综合财务报表及截至该等年度的综合财务报表及管理层对截至2021年12月31日的财务报告内部控制有效性的评估已纳入本招股说明书及本招股说明书所包括的注册说明书内，以BDO USA LLP的报告为依据，该独立注册会计师事务所以审计及会计专家的身份在本招股说明书及注册说明书的授权下成立为参考。

本招股说明书附录及随附的招股说明书是我们根据证券法提交给美国证券交易委员会的S-3表格登记说明书的一部分，并不包含登记说明书中陈述或通过引用并入的所有信息以及登记说明书中的证物。有关本公司及本招股说明书增刊项下我们提供的证券的进一步资料，请参阅注册说明书以及作为注册说明书一部分提交的证物及附表。我们向美国证券交易委员会提交年度、季度和当前报告、委托书和其他信息。美国证券交易委员会维护一个网站，其中包含报告、委托书和信息声明以及其他有关以电子方式向美国证券交易委员会提交文件的发行人的信息，包括比奥纳诺。美国证券交易委员会网站的地址是www.sec.gov。

我们维护着一个网站：www.BioNanoGenomics.com。本公司网站所载或可透过本公司网站取得的资料，并不构成本招股章程增刊或随附的招股章程的一部分。

美国证券交易委员会允许我们在此招股说明书补编中通过引用的方式将信息纳入您的信息，这意味着我们可以通过向您推荐另一份单独提交给美国证券交易委员会的文件来向您披露重要信息。通过引用纳入本招股说明书副刊的文件的美国证券交易委员会档号为001-38613。通过引用并入本招股说明书附录的文件包含有关我们的重要信息，您应该阅读。

通过引用将以下文件并入本文件：

尽管有前述各段的陈述，吾等根据交易所法案向美国证券交易委员会“提供”的任何文件、报告或展览(或前述任何部分)或任何其他信息，不得以引用方式并入本招股说明书补充资料中。

吾等亦将吾等根据交易所法案第13(A)、13(C)、14或15(D)条提交予美国证券交易委员会的所有文件(根据招股章程附录第2.02项或Form 8-K第7.01项提供的现行报告及在该表格上存档的与该等项目有关的证物除外)纳入本招股说明书附录中作为参考的所有文件(I)在首次提交本招股说明书补充部分的登记声明日期之后及在登记声明生效之前，以及(Ii)在登记声明生效后但在本招股说明书补编所涵盖的所有证券发行终止之前。这些文件包括定期报告，如Form 10-K的年度报告、Form 10-Q的季度报告和Form 8-K的当前报告，以及委托书。

我们将免费向收到招股说明书的每个人(包括任何实益拥有人)提供一份通过引用方式并入本招股说明书附录但不随本招股说明书附录一起交付的任何或所有文件的副本，包括通过引用方式具体并入该等文件的证物。如需任何文件，请联系比奥纳诺基因公司。加州圣地亚哥，Suite100，Towne Centre Drive9540Towne Centre Drive9540Towne Centre Drive，Suite100，California 92121；

本文中包含的任何陈述或通过引用并入或被视为并入本文档的文件中的任何陈述，在本文件或任何其他随后提交的被视为通过引用并入本文档的文件中包含的陈述修改或取代陈述的范围内，将被视为被修改或取代。

下表列出了除承销折扣及佣金外，吾等因发行注册证券而须支付的估计成本及开支。除了美国证券交易委员会注册费，所有显示的金额都是估计值。

我们是根据特拉华州的法律成立的。特拉华州一般公司法第145节规定，特拉华州的公司可以赔偿曾经、现在或可能成为任何受威胁、待决或已完成的诉讼、诉讼或法律程序的当事人的任何人，无论是民事、刑事、行政还是调查(由该公司提出的诉讼或根据该公司的权利提起的诉讼除外)，理由是该人是或曾经是该公司的高级人员、董事、雇员或代理人，或正在或曾经是应该公司的高级人员、董事高级人员、另一公司或企业的雇员或代理人。赔偿可包括费用(包括律师费)、判决、罚款以及该人实际和合理地为和解而支付的与该诉讼、诉讼或法律程序有关的金额，只要该人真诚行事，并以他或她合理地相信符合或不反对该公司的最大利益的方式行事，并且就任何刑事诉讼或法律程序而言，该人没有合理理由相信其行为是非法的。任何曾是或现在是或被威胁成为由该法团提出或根据该法团的权利而受到威胁、待决或已完成的诉讼或诉讼的一方的人，可因该人是或曾经是该法团的董事、高级职员、雇员或代理人，或正应该法团的要求作为董事高级职员而服务，或因该人是或曾经是该法团的董事职员或代理人而对该法团作出弥偿。, 另一公司或企业的雇员或代理人。赔偿可以包括该人实际和合理地与该诉讼或诉讼的抗辩或和解相关的费用(包括律师费)，只要该人本着善意行事，并以他或她合理地相信符合或不反对该公司的最大利益的方式行事，但如果该高级人员或董事被判定对该公司负有责任，则在未经司法批准的情况下不得进行赔偿。如果高管或董事在上述任何诉讼中胜诉，公司必须赔偿他或她实际和合理地产生的费用(包括律师费)。

我们修订和重述的公司注册证书，以及修订和重述的章程，规定在特拉华州公司法允许的最大程度上对我们的董事和高级管理人员进行赔偿。特拉华州公司法总则第102(B)(7)条允许公司在其公司注册证书中规定，董事或公司高级职员不应因违反作为董事或高级职员的受托责任而对公司或其股东承担个人责任，但下列责任除外：

我们经修订和重述的公司注册证书，经修订后，包括有关我们董事的这项规定。任何人员或董事在最终处置之前就任何该等诉讼、诉讼或法律程序进行抗辩所产生的费用，将由我们在董事或其代表向我们交付承诺后支付，如果最终确定该董事或人员无权获得我们的赔偿，则将偿还所有预付款项。

特拉华州公司法第174条除其他外规定，董事故意或疏忽批准非法支付股息或非法购买或赎回股票，可能要对此类行为负责。董事在违法行为被批准时或者在违法行为被异议时缺席的，可以通过在违法行为发生时或者在缺席的董事收到违法行为的通知后立即将其对违法行为的异议载入董事会会议记录的方式来逃避责任。

在特拉华州公司法允许的情况下，我们已经并继续与我们的每一位董事和高管订立单独的赔偿协议，要求我们赔偿此等人士因任何诉讼、诉讼或法律程序(包括派生诉讼)而实际和合理地招致的任何及所有费用和开支(包括律师、证人或其他专业费用)，无论是实际的或威胁的，任何此等人士可能因此人是或曾经是董事或高管，或正在或曾经担任董事高管，或正在或正在行事或担任高管，而被列为一方，本公司或本公司关联企业的员工或代理人。根据这些协议，我们无须就某些事项提供赔偿，包括：

赔偿协议还规定了在根据该协议提出赔偿要求的情况下适用的某些程序。

我们有一份保险单，为我们的高级管理人员和董事提供某些责任方面的保险，包括根据证券法或其他方面产生的责任。

根据我们可能签订的某些承销协议，在某些情况下，承销商有义务赔偿我们的董事、高级管理人员和控制人的特定责任，包括证券法下的责任。

以下签署的登记人特此承诺：

但在以下情况下，本条第(1)(I)、(1)(Ii)和(1)(Iii)款所述的承诺不适用：注册书采用表格S-3或表格F-3，且这些段落要求包括在生效后修正案中的信息包含在注册人根据交易所法案第13条或第15(D)条提交给美国证券交易委员会的报告中，这些报告通过引用并入本注册说明书中，或包含在根据规则424(B)提交的招股说明书中，该招股说明书是本注册说明书的一部分。

根据经修订的1933年《证券法》的要求，注册人证明其有合理理由相信其符合提交S-3表格的所有要求，并已于2023年3月9日在加利福尼亚州圣地亚哥市正式安排本注册声明由其正式授权的签署人代表其签署。

根据修订后的1933年《证券法》的要求，本注册声明已由下列人员以指定的身份和日期签署。